С началом военных действий Кароль Войтыла и его отец оставили свою квартиру в Денбниках и вместе с тысячами других поляков устремились на восток, держа в руках видавшие виды потрепанные чемоданы. Дороги были забиты беженцами, среди которых было много евреев — стариков поддерживали их внуки, грудных младенцев везли в колясках. Крестьяне гнали перед собой скот. Люди молились, пели, ругались. Никто не знал точно, куда идет, — все просто бежали от рвущегося вперед вермахта. Войтыла-старший, больной и слишком слабый для дальнего перехода, временами ехал на телеге или грузовике. Несколько раз Лолек и его отец вынуждены были спасаться в кюветах от немецких самолетов, обстреливавших колонну беженцев. Миновав Тарнув, они добрались до реки Сан, в 120 километрах от Кракова, и там узнали, что русские вторглись в Польшу с востока. Краков, даже оккупированный немцами, казался предпочтительнее, чем массовые расстрелы или высылка, которые обещало приближение Красной Армии. Даже под каблуком Ганса Франка Краков был домом. И потому они повернули назад.
По возвращении в Краков они увидели свисающий из-под свода Вавельского замка флаг со свастикой. За те недели, пока Войтылы не было в городе, немцы уже продемонстрировали жестокость своего правления. Специальные магазины «Nur fur Deutsche» [ «Только для немцев»] монополизировали всю мясную продукцию, свежие овощи, лучший хлеб, все масло. Покинув в первый раз после возвращения свои «катакомбы» в Денбниках, Лолек обнаружил, что, несмотря на мороз, поляки выстраиваются к четырем часам утра в очереди, чтобы купить черный хлеб. Но поначалу молодой человек с его далекими от мирской суеты помыслами воспринял возникшие трудности как малозначительные помехи. Пока что он совершенно не замечал наступления в Польше царства террора. В середине сентября Войтыла писал Мечиславу Котларчику, который все еще оставался в Вадовице:
«Vita Cracoviensis» [Краковская жизнь]. Только подумай, подумай! Она состоит из стояния в очереди за хлебом или (редко) экспедиций в поисках сахара. Ха! А еще в безнадежном желании раздобыть угля и что-нибудь для чтения. Для нас жизнь [когда-то] состояла из вечеров на улице Длуга, из возвышенных разговоров, из мечтаний и желаний. Мы мечтали по вечерам, до самой полуночи, но сейчас…
В письме Котларчику Лолек упоминает о своей попытке найти работу в Словацком театре на неполный рабочий день. Экспроприация немцами этого огромного здания для своих нужд быстро покончила с надеждами начать профессиональную театральную карьеру. Это был сильный удар, но свое подлинное лицо нацисты показали в начале ноября 1939 г., когда перешли к открытому террору. Согласно древней традиции Ягеллонский университет должен был открыть свои двери в октябре. Некоторые из его преподавателей, возможно, предчувствующие, что их ждет, начали занятия еще до начала учебного года. Студенты, среди которых был и Кароль Войтыла, записались на их осенние занятия. Но семестр продолжался очень недолго.
На 6 ноября обер-штурмбанфюрер СС Мюллер объявил свою лекцию для всех преподавателей и академического состава университета. Эта лекция должна была состояться в Шуйском зале университетского «Коллегиум Новум». Кое-кто заподозрил ловушку и не пришел, но 184 работника университета явились к назначенному часу. Когда вслед за Мюллером в зал вошел взвод солдат, присутствующие поняли, что их судьба решена. В результате Sonderaktion Krakau [Краковской специальной акции], как это называли эсэсовцы, в концентрационный лагерь Заксенхаузен были отправлены восемнадцать бывших или настоящих ректоров и пятьдесят деканов или их ассистентов. Многие из них в конечном счете погибли. Именно таким образом в одном из старейших университетов Восточной Европы нацисты осуществляли свою программу по обезглавливанию культуры. После ареста преподавателей немцы приступили к открытому грабежу университета, разрушению лабораторий и разгрому библиотек. За четыре дня до ареста профессоров Лолек писал Мечиславу Котларчику о своей мечте: создании «Афинской Польши», которую можно было бы сделать «более совершенной, чем Афины», при помощи «необъятной безграничности христианства». Но теперь пылкие юношеские мечты приходилось держать при себе, доверяя их лишь друзьям по подполью.
К концу 1942 г. Ягеллонский университет предпринял отчаянную попытку уцелеть и стал восстанавливаться нелегально. В подпольном университете было пять факультетов и все отделения, которыми университет располагал перед войной. За три года существования подпольного университета 136 профессоров, рискуя жизнью, обучали 800 студентов (среди которых был и Кароль Войтыла) — часто по вечерам на частных квартирах. Атмосфера того времени сохранилась в памяти Юлиуша Кыдрыньского, чья семья все эти годы подвергалась постоянной опасности, поскольку именно в их квартире действовало отделение подпольного университета: