Много от местните благородници подкрепят катарите, защото центърът на движението е в собствените им земи в Лангедок, а не е в Рим като центъра на Църквата. Разбира се, Рим не е доволен.
През 1209 г. Рим подема кръстоносен поход срещу катарите и настъпва истински хаос. Северните армии, съставени от рицари и авантюристи, нападат Лангедок, разрушават много големи и малки градове, изгарят живи хиляди катари, понякога стотици наведнъж, на огромни клади. По това време разрушеният замък Монсегюр, кацнал на върха на своята наглед непревземаема скала, е възстановен като база на катарската църква. След разрушенията в по- ниските долини през 1232 г. той се превръща в център на вярата и в седалище на „епископа“ на катарите. Малко селце за катарските „съвършени“ е построено между замъка и почти отвесните високи скали на север, а останките от него и днес могат да се видят, вкопчени в склона.
Северната армия е придружавана от младия испански духовник Доминик де Гусман. Знае се малко за неговото участие в масовото принасяне в жертва на катарите през първите години от борбата, но явно е бил дълбоко въвлечен. По време на горчивата кампания той осъзнава, че ще има нужда от нова организация, за да се противопостави на онова, което според него е зловредна ерес - нов монашески орден с нов подход. Доминик основава монашеския орден на доминиканците и заедно те създават считаната днес за позорна Инквизиция. Доминик изгаря и измъчва, доминиканците следват неговия пример, като опустошават Южна Франция. Толкова силна е нуждата на Църквата да установи дисциплина и контрол над тези еретици, дръзнали да пренебрегнат Рим. Студен ужас сковава страната. Навсякъде се страхуват от доминиканската Инквизиция и я мразят. Мнозина са смазани от бой или убити, но орденът продължава безмилостно да преследва еретиците. За катарите това е битка, която не могат да спечелят.
Методите на Инквизицията са прости: заподозрените в ерес биват „подложени на разпит“, евфемизъм, зад който се крие - и дори се прави опит да бъде оправдана - действителността, че не става дума за обикновен разпит, а по- скоро за процес на болезнено изтръгване на информация, на което дори покрилото се със зловеща слава Гестапо би се възхитило заради неговата студена и безмилостна ефективност.
Заподозреният е арестуван след изобличаване или самопризнание. Никой не бърза да приключи случая, защото доминиканците много добре познават психологията и знаят, че хвърлянето в затвора и страхът могат да свършат голяма част от работата им. Накрая неизбежно се стига до мъчения. Поради „чувствителността“ към проливането на кръв инструментите, използвани от скритите под качулки инквизитори, обикновено са тъпи, нажежени до червено и ограничителни; позволено било да се чупят кости, крайници да се изкълчват или вадят от ставите, така че кръв да се пролива „случайно“, а не предумишлено, като по този начин мъчението става приемливо за измислените от Църквата правила.
Когато жертвата вече е склонна да признае — вероятно каквото и да е, само и само кошмарът да престане, - доминиканските адвокати и чиновници снемат показанията ѝ и често записват с подробности събитията, на които са били свидетели. След това жертвата бива отведена в стая наблизо и от нея се иска да потвърди, че признанието е било „спонтанно и по собствена воля“. Ако трябва направилите признание да бъдат осъдени на смърт, те биват предавани на светските власти за екзекуцията. В качеството си на християнска институция Църквата не екзекутира или поне така твърди явно без изобщо да се притеснява от това лицемерие.
Чрез тези показания доминиканците създават институционална памет, огромен архив, съдържащ данни за всичко, с което са влезли в досег. Макар да изгарят хиляди хора от онези, които заклеймяват като еретици, те обикновено го правят едва след подробен разпит. Винаги се стремят да поддържат и разширяват тази колективна памет, формираща сърцевината на властта им, защото — прагматици както винаги - те вярват, че „покръстен, който предаде приятелите си, е по-полезен от един овъглен труп“.
Инквизицията е разузнавателното управление на тринайсети век, доколкото тя поддържа подробна и сложна база данни за онова време. Тя разследва заподозрените в ерес, записва показания, отричания и признания със сложни юридически подробности и поддържа архиви на тези записи, за да може информацията да бъде извадена и ползвана много след това. В един от примерите тези архиви показват, че жена, арестувана за ерес през 1316 г., е била арестувана и преди - през 1268 г., четирийсет и осем години по-рано. Подобно възстановяване на информация е злокобно. То представлява една злонамерена система за запаметяване в служба на доминиращата власт на Църквата.