Към 200 г. пр. Хр. селевкидският владетел на Сирия завладява Израил. През 175 г. пр. Хр. на престола го наследява Антиох Епифан. Решен да увеличи влиянието си в Юдея и в Египет, през 170 г. пр. Хр. той напада Египет и Йерусалим. Садукейският първосвещеник Ония III, близък приятел на Птолемей IV, повежда еврейските си сили в подкрепа на египетската армия срещу селевкидите. Обаче сирийските сили имат надмощие и Ония е принуден да избяга в Египет приблизително по същото време заедно с много от свещениците си. Междувременно храмът в Йерусалим е завладян от свещеници, които не са садокити и са съюзници на сирийския владетел.
През 169 г. пр. Хр. Антиох отново напада и този път заграбва съкровищата на храма. На следващата година отново нахлува в Египет, но все по-могъщите римляни го изтласкват навън. Те искат да защитят изключително важните зърнени доставки за Рим. След това, през 167 г., Антиох забранява еврейското богослужение в храма и вместо това посвещава светилището на Зевс. Това негово действие най-сетне става причина останалите в Израил евреи да вдигнат въстание, предвождано от Макавей.
След като се озовава в изгнание, Ония се опитва да поддържа законно храмово богослужение. Той намира един отдавна изоставен храм в Бубастис, в египетската делта, и моли Птолемей да го вземе и да го възстанови като еврейски храм. Птолемей удовлетворява молбата му. Говори се, че храмът е построен по същия план като Храма в Йерусалим. Важното е, че след като започва богослужението, само този храм се обслужва от свещеници от законното садукейско коляно. В този смисъл е вярно, че това е единственият легитимен еврейски храм. Но тъй като се намира извън Юдея, статутът му е спорен. Всъщност твърде вероятно е намерението да е било тези служби да се изпълняват в Египет само докато Храмът в Йерусалим бъде върнат на законното свещеничество; когато това стане, жреците веднага ще се поставят на разположение и ще се върнат. За жалост това никога не става, ето защо този храм и неговото садукейско свещеничество продължават богослужението през следващите около двеста години.
Поради това изобщо не е ясно дали тази египетска организация е незаконна и не отговаря на еврейския закон. Традицията на равините е съхранила дебати относно храма и най-вече обсъждания за това дали е правилно да се изпълняват клетвите в египетски храм, а не в Йерусалим, и дали е възможно свещеник от египетския храм да служи в Йерусалимския храм. Тези спорове разкриват, че религиозни специалисти, които са по-близо до този период от днешните учени, намират подкрепа и за двете гледни точки. С други думи, каквото и да казва по въпроса Тората, нищо не представлява явно отхвърляне на храма на Ония.
В такъв случай е правилно да надникнем в историята на този храм и да се опитаме да разберем защо съществуването му се смята за толкова деликатен проблем, който трябва да бъде маргинализиран до такава степен, че днес съвсем малко хора са чували за него. И защо от 1929 г. никакви археолози не са проявявали интерес към това място? Защо освен това то не е било системно разкопавано въпреки факта, че там е намерен фрагмент от надпис на староеврейски? Археологът Флиндърс Питри също съобщава, че е намерил там еврейски надгробни камъни и откъс от текст, в който се е споменавало името Авраам.
Една непосредствена възможност е политическите съображения да са направили мястото нежелано допълнение към египтологията. За жалост това предизвикателство може да улесни тези, които искат завинаги да погребат обекта, да го направят. Мястото Тел ел Йехудие (Могилата на Юдея) се намира на трийсетина километра от Кайро, било е сериозно ограбено и скоро ще бъде покрито от покрайнините на разрастващия се град Шибин ал Канатир. Времето за каквито и да било действия бързо изтича.
Историята на този храм е разказана от еврейския историк Йосиф Флавий. В най-ранния си труд „Еврейската война“ той описва строителството на храма в Египет от първосвещеника Ония, син на бившия свещеник Симон и приятел на Птолемей IV. Значи това е свещеникът, известен на историята като Ония III, който е от законното садукейско коляно.
Около петнайсет години по-късно Йосиф пише труда си „Еврейски древности“. Само че в тази книга той променя подробности от историята: той приписва строителството на храма в Египет на Ония IV - син на Ония III. Това спомага не само за преместването на строителството на храма към по-късна дата, но - това вероятно е по-важно за целта на Йосиф — за негов основател е посочен някой, който не е първосвещеник от коляното на Садок. Ония IV е военен командир в египетската армия, каквито са били и двамата му синове след него. Като променя този факт, Йосиф отнема легитимността на еврейския храм в Египет. Защо му е да прави това?