Изглежда, отначало Ватиканът няма нищо против. Новият папа Лъв XIII (който е избран през 1878 г. и служи до 1903 г.) е достатъчно уверен в силата на положението на Рим, за да даде на учените достъп до ватиканските архиви. Той обаче не съзнава какво ще разкрие впоследствие ерудицията и кои църковни догми ще бъдат поставени под съмнение поради тези открития. Папата скоро разбира, че тази ерудиция сериозно застрашава самите основи на Църквата. Точно преди смъртта си през 1903 г. папа Лъв XIII предприема действия за поправяне на нанесената вреда. През 1902 г. той учредява Папската библейска комисия, за да наблюдава работата на всички учени богослови и за да се погрижи те да не се отклоняват от ученията на Църквата. Комисията е тясно свързана с Инквизицията, чието ръководство е в ръцете на същия кардинал.
Явната за всички заплаха е изразена накратко от отец Лойзи: „Исус извести идването на Царството, а дойде Църквата“. И Лойзи като други модернисти смята, че историческото проучване, водено по онова време, е направило невъзможно запазването на някои църковни догми, като основаването на Църквата от Исус, неговото непорочно зачатие и това, че е син Божи — по същество, самата божествена природа на Исус.
Изтъкнатият британски модернист Джордж Тайрел се възпротивява срещу безмилостно неограничената власт на Ватикана. „Църквата - смята той - няма основание да бъде официална Институция на истината“. Разбира се, Църквата смята за своя функция точно това.
Модернистите задават неудобен и дързък въпрос: какво трябва да се прави, когато историята или науката доведат до заключение, което е в противоречие с църковните догми? Реакцията на Църквата, изправена пред тези недвусмислени предизвикателства, е да се оттегли още по-назад зад стените на догмата си: тя разсейва всички съмнения, като отсъжда, че Църквата винаги е права, при всякакви обстоятелства, за всичко.
* *
През 1892 г. приемникът на Хоган в „Свети Сюлпис“ нарежда на учениците да престанат да посещават лекциите на модерниста Алфред Лойзи. През следващата година Лойзи е освободен от преподавателския си пост в Католическия институт и накрая е отлъчен. В действителност Ватиканът отстранява от длъжност или отлъчва много модернисти и поставя книгите им в списъка на забранените от Католическата църква книги. През 1907 г. папа Пий X издава официална възбрана срещу цялото движение, а на 1 септември 1910 г. всички свещеници и католически учители са принудени да положат клетва срещу модернизма. За да са сигурни, че непрекъснато променящият се външен свят няма да попречи на точния им богословски усет, забраняват на учениците в семинариите и теологическите колежи да четат вестници.
Преди завесата да бъде спусната през 1892 г. обаче, атмосферата в семинарията „Свети Сюлпис“ е доста шеметна. Центърът е място за учене, подтиквано от любознателност и открития. Постоянният поток от нови преводи и археологически открития непрекъснато увеличава огромното чувство на вълнение. Точно в тази среда е повикан каноник Лили в Париж, за да разгледа документа или документите, осигуряващи неоспоримо доказателство за това, че Исус е бил жив през 45 г. сл.Хр. Като вижда с очите си такова ниво на аналитично проучване, Лили сигурно се е почудил още колко време Ватиканът ще успее да задържи твърдо догматичната си позиция. Сигурно се е досетил, че Църквата скоро ще противодейства на тези открития и ще застане на пътя на свободната ерудиция. Както споделя с Бартлет, той смята, че документите, над които е работел, са стигнали до Ватикана и или са били заключени завинаги, или са били унищожени.
Когато чухме историята за това, че Исус е бил жив през 45 г. сл. Хр., ние си спомнихме за едно странно изказване в съчинение на римския историк Светоний. В своята история на римския император Клавдий (41-54 г. сл.Хр.) той съобщава, че „тъй като евреите в Рим, подбуждани от Хрестус, предизвиквали непрекъснати вълнения, той ги пропъдил от града“.