Тексты были распределены между членами этой отборной группы, причем Кросс и Скеан получили библейский материал, а остальные занимались различными внебиблейскими сочинениями. Очевидно, было понято, что эти ученые обладают правом на официальную публикацию текстов, относящихся к их конкретным «участкам». Бросается в глаза, что в списке отсутствует имя какого-либо еврейского ученого. Иорданское правительство настояло на том, чтобы никого из них не включали. В течение 1950-х гг. группа смогла провести продолжительное время в Иерусалиме благодаря щедрости Дж. Д. Рокфеллера-младшего, который в течение шести лет выделял средства в поддержку ее деятельности. В этих благоприятных условиях утомительная работа по очистке, сортировке, прочтению и идентификации тысяч фрагментов продвигалась в высоком темпе. Кросс оставил памятное описание той работы:
В отличие от нескольких свитков из пещер 1 и 11, которые дошли в хорошем состоянии, лишь с небольшими лакунами, манускрипты из пещеры 4 находятся в состоянии прогрессирующего разрушения. Многие фрагменты настолько хрупкие и ломкие, что к ним едва можно прикоснуться кисточкой из верблюжего волоса. Большинство деформированы, изогнуты или сморщены, покрыты минеральными отложениями, почернели от влаги и времени. Проблемы по очистке, распрямлению, идентификации и соединению их вместе огромны. Фрагменты, когда их покупают у представителей племени, обычно поступают в разных коробках, сигаретных упаковках, коробках из-под фотопленки или обуви, в зависимости от размера фрагментов. Грубые руки бедуинов осторожно обращаются с драгоценной кожей и папирусом, поскольку стоимость материала оценивается очень точно. Бедуины часто использовали вату или оберточную бумагу, чтобы отделить и предохранить клочки свитков; а иногда к обрывкам, которые могли дать трещину или распасться, они прикладывали кусочки клейкой бумаги. После тайных раскопок в пещере 1 владельцы не разрывали большие листы или столбцы, чтобы продать их по частям.
В 1957 г. началась работа над составлением конкорданции всех слов, встретившихся в сотнях текстов, которые идентифицировала команда. Это делалось ради удобства редакторов, которым часто требовалось выяснить, где в других фрагментах могло встретиться слово. Следует заметить, что фрагменты продолжали поступать в музей до конца 1950-х гг. К 1960 г., когда поддержка Рокфеллера прекратилась, команда сумела проделать огромную часть мучительной редакторской работы и идентифицировала более 500 текстов из собрания пещеры 4. Результаты их усилий на тот момент были зафиксированы в конкорданции.
Но их труды, какими бы замечательными они ни были, не привели к быстрой публикации фрагментов свитков и их появлению на библиотечных полках. Тем не менее все участники команды подготовили предварительные издания некоторых текстов. Они выходили регулярно в научных журналах в 1950-х и начале 1960-х гг. В течение 1960-х гг. издательство «Оксфорд юниверсити пресс» опубликовало еще два тома из серии Discoveries in the Judaean Desert: том 4, The Psalms Scroll of Qumran Cave 11 (1 lQPs) (редактор Дж. А. Сандерс); и том 5, Qumran Cave 4, I (4Q158-186) (редактор Джон Аллегро). Последний том был первым в серии, посвященной текстам из пещеры 4. В1967 г. на Ближнем Востоке разразилась Шестидневная война, которая привела к захвату Израилем Восточного Иерусалима и Палестинского археологического музея. Именно тогда Израиль конфисковал свитки у Иордании (которая национализировала их в 1961 г. и сделала то же с музеем в 1966 г.) и в результате стал их собственником, хотя вопрос о юридическом праве на тексты продолжает оставаться неприятной, пусть и теоретической, проблемой. Когда израильские власти взяли под контроль музей и его экспонаты, де Во проследил, чтобы была соблюдена первоначальная договоренность с членами команды, занимавшейся пещерой 4, и, очевидно, было поставлено только одно новое условие: чтобы из полного названия серии «Оксфорд юниверсити пресс» Discoveries in the Judaean Desert of Jordan были удалены последние два слова.
Оценивая то, что происходило в конце 1960-х гт. и позже, можно ясно увидеть, что проект публикации текстов из пещеры 4 терял набранный темп. Следующий том Discoveries in the Judaean Desert появился лишь в 1977 г. (4Q128-57, под редакцией де Во — который умер в 1971 г. — и Милика). Прошло еще пять лет, прежде чем был опубликован том 7 (4Q482-520, под редакцией Байе). Даже учитывая задержку в несколько лет между временем, когда редакторы отдали свои манускрпипты в печать, и датой публикации, проект продвигался не слишком быстро.
Продолжались заслуживающие внимания публикации вне рамок официальной серии. В 1976 г. вышел труд Милика The Books of Enoch, в который он включил отредактированные тексты, фотографии и обширные комметарии к большинству манускриптов Еноха из четвертой пещеры. Затем в 1977 г. (английское издание в 1983 г.) под редакцией Ядина появилось трехтомное издание Храмового свитка, соотнесенного с пещерой 11. Необычные работы Милика и Ядина иллюстрируют еще один факт кумранских исследований: с течением времени ученые перестали удовлетворяться подготовкой транскрипций и коротких комментариев к текстам; они предпочли писать пространные комментарии в дополнение к основной редакторской работе. Это изменение в количестве комментариев должно было негативно сказаться на любом графике публикаций, который мог существовать.
С годами начали происходить изменения и в официальной команде ученых. Странным был случай с Джоном Аллегро. Он заслужил благодарность многих людей, передав свои тексты в печать намного раньше любого из его коллег (Discoveries in the Judaean Desert, vol. V, 1968, предварительные издания в 1950-х гг.), но он, по-видимому, слишком часто жертвовал качеством в угоду скорости. Одним из следствий было то, что Страгнелл написал 114-страничную рецензию, в которой он предложил детальные, построчные исправления к работе Аллегро. Это указывает на напряженность, которая возникла между этими бывшими партнерами по команде. Отношения Аллегро с группой продолжали ухудшаться. Он публично заявил, что группа, в которой доминируют католики, не дает хода материалу, поскольку он может повредить христианству. Он едва ли улучшил свою репутацию, когда отправился искать сокровища Медного свитка, а также опубликовал без разрешения его перевод, до выхода официального издания. Позже он подорвал свою репутацию в еще большей степени, написав The Sacred Mushrooms and the Cross (1970), книгу, о которой сожалел и друг и враг. В ней он попытался связать истоки христианства с эффектами галлюциногенного наркотика псилоцибин. За нее извинился даже издатель, а учитель Аллегро, сэр Годфри Драйвер, был одним из академиков, кто отверг ее аргументы.
Как упоминалось выше, Хунцингер отказался от своей должности. Де Во умер 10 сентября 1971 г., и главным редакторм вместо него стал Пьер Бенуа, который, как и де Во, был директором Библейской школы в Иерусалиме. Патрик Скеан, умерший 9 сентября 1980 г., передал свои материалы Юджину Ульриху из университета Нотр-Дам, который через некоторое время также получил часть текстов Кросса. Бенуа предпринял попытки установить график публикации текстов членами команды, но эти усилия, видимо, не были восприняты серьезно. Бенуа умер 23 апреля 1987 г., и главным редактором в том же году стал Джон Страгнелл, член первоначальной команды. Приготовления к назначению преемника делались уже в 1984 или 1985 г.