Имея в виду то, что наше государство — федеративное и в разных его частях существуют и сосуществуют различные конфессии, очень важно подчеркнуть, что названный Федеральный закон является актом прямого действия на всей территории РФ. Ст. 2 Закона гласит, что законодательство о свободе совести, свободе вероисповедания и о религиозных объединениях состоит из соответствующих норм Конституции РФ, ГК, из данного Федерального закона, из принимаемых на их основании иных нормативных правовых актов РФ, а также нормативных правовых актов субъектов РФ. Вместе с тем в ч. 2 ст. 2 сказано о том, что права человека и гражданина на свободу совести и свободу вероисповедания регулируются федеральным законом. Законы и иные нормативные правовые акты, принимаемые в РФ и затрагивающие реализацию права на свободу совести и свободу вероисповедания, а также деятельность религиозных объединений, должны соответствовать Федеральному закону 1997 г. В случае противоречия нормативных правовых актов субъектов РФ этому Федеральному закону по вопросам защиты права на свободу совести и свободу вероисповедания и по вопросам деятельности религиозных объединений действует указанный Федеральный закон.
Следует немного коснуться понятийного аппарата в рассматриваемой сфере. В советском законодательстве понятия "свобода совести" и "свобода (право) религиозного вероисповедания" были равнозначными. Это хорошо видно из упоминавшейся ранее ст. 52 Конституции СССР 1977 г.: ею гарантируется свобода совести, т. е. право исповедовать любую религию или не исповедовать никакой, отправлять религиозные культы или вести антирелигиозную пропаганду.
Аналогичной была и ст. 50 Конституции РСФСР 1978 г. Но при изменении данной Конституции 15 декабря 1990 г. в статье уже говорилось о том, что гарантируется "свобода совести и вероисповеданий". Принятый же 25 декабря 1990 г. Закон РСФСР именовался "О свободе вероисповеданий", а в ст. 1 его задачами объявлялось регулирование возникающих в этой области общественных отношений в целях соблюдения и единообразного осуществления на всей территории РСФСР принципов свободы совести, закрепленных в Конституции РСФСР, а также реализации права граждан на пользование этой свободой. Т. е. несмотря на то что 10 днями раньше статья Конституции получила новую редакцию и в ней говорилось о свободе совести и вероисповеданий, в Законе по-прежнему речь велась о принципах свободы совести.
Конституция 1993 г. предусматривает, что каждому гарантируется "свобода совести, свобода вероисповедания". Таким образом, на конституционном уровне теперь свобода совести хотя и связывается со свободой вероисповедания, тем не менее не отождествляется с ней, как это было ранее. В чем же дело? Очевидно, в том, что их в принципе стали считать близкими, но самостоятельными понятиями. Свобода совести имеет как бы два аспекта. Один — это свобода морально-этических воззрений человека (т. е. что считать добром и злом, добродетелью или подлостью, хорошим или плохим поступком, честным или бесчестным поведением и т. д.). Отсюда, кстати, распространенные представления о порядочности, совестливости человека. Есть некий идеал, эталон, с которым можно соизмерять каждую личность. Другой аспект свободы совести — это как раз и есть внутренняя (духовная) возможность личности выбрать себе подобный идеал и поклоняться ему. Свобода вероисповедания представляет собой возможность верить в существование такого идеала не в виде кого-то из окружающих, а в виде необычного (божественного) существа, не только самого честного, справедливого, гуманного, но и думающего о нравственной чистоте каждого из нас, помогающего нам выбрать истинный путь, удерживающего от плохих поступков, настраивающего на помощь ближнему. Поскольку подобному существу принадлежат все самые лучшие качества — это сближает, а то и идентифицирует свободу вероисповедания со свободой совести.
Вместе с тем необходимо указать на то, что Федеральный закон 1997 г. "О свободе совести и религиозных объединениях" не проводит каких-либо различий между свободой совести и свободой вероисповедания, по тексту акта они используются совместно в виде обобщенного понятия. Причем надо отметить, что в Законе предусмотрено одно право личности, охватывающее обе данные свободы. Ст. 3 именуется "Право на свободу совести и свободу вероисповедания".