Эксперимент начался с объявления в газете, в котором молодым мужчинам предлагалось за небольшую плату две недели прожить в тюремных условиях в роли «охранника» или «заключенного». «Тюрьма» была создана на территории Стэнфордского университета, в подвале здания психологического факультета. Помещение состояло из коридора и нескольких небольших кабинетов. Часть из них была превращена в камеры. Из комнат вынесли мебель, поставили простые деревянные кровати, двери заменили решетками. Чулан в коридоре стал одиночным изолятором. В конце коридора несколько дополнительных комнат отвели для охранников и наблюдателей. Во всех помещениях было смонтировано аудио- и видеонаблюдение, так чтобы все события фиксировались.
Роли «заключенных» и «охранников» были распределены случайным образом. Те, кому выпала роль «охранников», должны были работать в три смены по 8 часов. После работы они возвращались домой. «Охранникам» объяснили, что целью эксперимента является симуляция тюрьмы в рамках практических и этических ограничений. Главной их задачей было поддержание порядка и дисциплины. Для этого, в частности, они должны были регулярно пересчитывать «заключенных». Никто не должен был пропасть. «Заключенным» специальных инструкций не давали. Предполагалось, что все время они проведут в камерах. Может быть, именно из-за отсутствия обязанностей большее число участников изначально изъявляли желание быть именно «заключенными». Впрочем, энтузиазм тех, кому выпала эта роль, скоро убавился. Организаторы постарались, чтобы условия эксперимента не сильно отличались от реальности.
Утром первого дня экипаж полицейских произвел задержание «подозреваемых». Это оказалось довольно неожиданным. Будущим «заключенным» были предъявлены обвинения, на них надели наручники и с завязанными глазами на полицейской машине привезли в помещение «тюрьмы». Там «охранники» по протоколу провели прием поступивших: их обыскали, раздели догола, обрызгали из баллончика с дезодорантом, якобы для дезинфекции, одели в новую тюремную форму. Этой формой были робы с номерами, под которыми запрещалось что-либо носить. На щиколотку «заключенным» надели цепочку с замком, а волосы закрыли нейлоновой шапочкой. Выполнение процедур предназначалось для того, чтобы придать еще большего реализма тюремной обстановке, а форма и присвоение номеров способствовали «деперсонализации» «заключенных».
«Деперсонализации» были подвергнуты и «охранники». Им были выданы одинаковые рубашки цвета хаки, деревянные полицейские палки, свистки и черные очки. Эти атрибуты носили символический характер. Палки применять запрещалось, однако все это должно было способствовать вживанию волонтеров в свои роли, а также формированию новой идентичности. Как показал эксперимент, это произошло даже быстрее и радикальней, чем могли предположить организаторы. Пожалуй, наиболее явно это стало проявляться во время «пересчетов».
Эта рутинная процедура формально предназначалась для проверки наличия всех «заключенных» на месте. Первые пересчеты также предназначались для ознакомления заключенных со своими номерами. Но «охранники», ощутив свою власть над «заключенными», превратили процедуру в психологическое истязание. С шутками и издевками они заставляли «заключенных» десятки раз повторять номера, в разных порядках, с разными интонациями, пропевая их, делая различные жесты. «Заключенные» недоумевали. Однако любые попытки сопротивляться этим издевательствам стали вызывать агрессию. «Охранники», освоившись со своей ролью, осознавшие собственную безнаказанность, заставляли десятками раз повторять одно и то же. Тех, кто не выполнял команды или делал это неохотно, раздевали догола, заставляли приседать или отжиматься. Через некоторое время и это стало казаться недостаточным: «охранники» стали ставить на отжимающихся ноги или заставляли других «заключенных» садиться сверху. Пересчеты, которые должны были длиться десять минут, стали растягиваться на часы.