Пребывание в Риме на первых порах было возможным для посланников из Беневента благодаря денежным средствам Льва. С 1047 года норманны завоевали почти все княжество Беневент. Сетования населения на их жестокость и насилие, забота о церковном окормлении Нижней Италии, на которое претендовала также и греческая церковь, а может быть и права императора как «rex Italiae» («короля Италии»), которого Лев здесь представлял, на Капую и Беневент, побуждали Льва к его многочисленным поездкам в Нижнюю Италию. После того как Беневент изгнал своих князей и в 1051 году подчинился папскому сюзеренитету, норманнские князья Ваймар Салернский и Дрого (Дрё), граф Апулии, обещали его защищать: ведь поверенному императора должны были подчиняться и правители, и города. Однако вскоре после смерти Ваймара и Дрого брат Дрого Гумфред стал непосредственным властителем Салерно, его сводный брат Роберт Гвискар завоевал Калабрию, а Ричард Аверсский (правивший с 1049 года) выступил против Капуи. В этих условиях Лев увидел единственную возможность утвердить свои права на Беневент в войне против норманнов. От обоих императоров он ожидал поддержки, как от «обеих своих рук». Посредником между ним и императорами Константином IX Мономахом и Генрихом III был, по-видимому, греческий наместник в Нижней Италии. Генрих дополнительно к правам папы на Бамберг и Фульду вручил ему «vicariationis gratia» («как викарию») императорскую власть над почти полностью занятой в то время норманнами территорией Беневента. Однако канцлер, епископ Гебхард Эйхштеттский, задерживал формирование для папы немецкого войска. С самостоятельно навербованными в Германии и Папской области военными силами, частью состоявшими из авантюристов, Лев потерпел 18 июня 1053 года тяжелое поражение при Чивитате. Это произошло уже после того, как три норманнских князя попытались объявить его своим сюзереном, но отказались освободить завоеванные ими территории. Лев остался в Беневенте, но, по-видимому, не состоял под стражей у норманнов.
В начале понтификата Иоанна XIX (1024–1033) патриарх Византии обратился к Риму с просьбой признать свое равноправие, что вызвало сильное противодействие реформаторов. С тех пор отношения между церквями оставались напряженными. Константин IX (1042–1055) тем больше желал мира с Римом, чем больше греки вытеснялись норманнами из южной Италии. Его деятельный патриарх Михаил Керуларий (носивший сан с 1043 года) направил одному из южноитальянских епископов выдержанное в остром тоне открытое послание об определенных обрядах римской литургии, правда, не затрагивавшее догматов. Курия ответила на него столь же резкими возражениями. В январе 1054 года папа, еще из Беневента, направил своего канцлера Фридриха Лотарингского с кардиналом Гумбертом и архиепископом Амальфи в Византию, в чьей помощи он в тот момент безотлагательно нуждался. Однако, требуя согласно Константинову дару{27}, главенства римского престола, посланцы папы ввели этим патриарха в сильнейшее раздражение, и император не мог долее оставаться посредником. Отлучение Михаила от церкви 16 июля 1054 года привело к схизме, которая де-факто существовала уже давно, но все же имела шанс быть преодоленной. В результате раскол стал окончательным, сохранившись и впредь, хотя в греческих источниках ничего об этом столкновении не сообщается. Последовало ответное проклятие патриарха. Он хотел только провала переговоров, но римляне предпочли разрыв, сначала, возможно, с намерением всего лишь сместить Керулария, но при этом, конечно, со страстной убежденностью в собственной правоте.
Во время этого столкновения с Византией появились два небольших сочинения «De s. Romana ecclesia» («О св. Римской церкви»), ставших призывами к единству церкви под главенством Рима, города апостолов-мучеников Петра и Павла: папа ощущал свою высокую ответственность именно как преемник Петра. Возможно, эти сочинения были написаны Львом IX, может быть — кардиналом Гумбертом, самым активным его советником и помощником («государственным секретарем»), который предпочел разрыв с Византией, проведя в 1050 году отлучение от церкви Беренгария Турского из-за его символического толкования евхаристии, отвергая, хотя и иначе, чем Петр Дамиани, всякое рукоположение в сан симониан (даже ставших ими не по собственной вине) и расценивая симонию как ересь. Он стал кардиналом-епископом в Сильва-Кандиде, а в 1050 году — архиепископом всей Сицилии.
В это время появилась, видимо, первая правовая книга римской курии, «Diversorum sententiae patrum» («Сентенции различных отцов»), или «Collectio LXXIV titulorum» («Собрание семидесяти четырех титулов»). Она основывается на положении Лжеисидоровых декреталий о том, что главой духовной иерархии является папа. В качестве предпосылок и условий проведения реформы утверждались права членов иерархии, например иммунитет епископов. От будущих универсалистских притязаний Григория VII Лев IX еще далек.
Почтительным обхождением со Львом в Беневенте норманны положили начало последующей тесной связи с папством, которая содействовала их легализации, а тем самым и утверждению их власти — но только не в помыслах Льва, вернувшегося в Рим больным и скончавшегося там 19 апреля 1054 года. Римскому посольству под руководством субдиакона Гильдебранда император сообщил о возведении в папы еще одного имперского епископа, своего канцлера Гебхарда Эйхштеттского, который 16 апреля 1055 года занял Святой престол под именем Виктора II. Он вместе со своими легатами продолжил деятельность по очищению церкви и борьбу против симонии. Император передал ему герцогство Сполето и маркграфство Фермо, при этом, видимо, учитывались также более ранние папские права. В результате уже расширенная вокруг Беневента область папской власти, воспринимаемая императором как пограничная марка империи, представляла собой силу, направленную и против норманнов, и против дома Каносса. Это стало актуальным, когда в 1054 году Готфрид Лотарингский без ведома императора сочетался браком с Беатрисой, вдовой Бонифация, владетеля Тусции и Каноссы. Из-за этого его брат Фридрих лишился должности римского канцлера и вынужден был укрыться в монастыре. С восстановленным в правах князем Беневента Виктор II поддерживал дружеские отношения. В будущем ими планировалось совместное выступление против норманнов. Император Генрих, по-видимому, ради совместных действий против венгров, установил связи с византийской императрицей Феодорой, унаследовавшей в 1055 году престол Константина. Однако из-за частой смены царствующих особ в Византии эти, невзирая на схизму, еще не замутненные расколом политические отношения не принесли своего результата.
Весной 1055 года император отправился в Италию во второй раз. Вместе с папой и 120 епископами он провел собор во Флоренции, на котором папа запретил отчуждение церковного имущества и призвал некоторых епископов к ответу за симонию и нарушение целибата. Император и папа оставались вместе до конца года. В планах Генриха оставалось утверждение его власти над домом Каносса. Готфрид бежал в Германию, плененных Беатрису и ее дочь Матильду император увел с собой. Он и уполномоченные им посланцы во многих местах вершили свой суд. Благодаря первым городским привилегиям император поддержал города в борьбе против высшей знати и тем самым привлек их на свою сторону. Их поддержкой впоследствии пользовался и Генрих IV. Важные связи император установил благодаря помолвке своего сына с Бертой, дочерью графа Туринского. Теперь эта помолвка оказалась более важной, чем обручение сына с дочерью зарубежного князя.