В Польше укрепил свою власть Казимир, претензии которого на Силезию император в 1055 году отклонил. Однако, поскольку Казимир как свойственник Ярослава Киевского и короля Андраша Венгерского был в состоянии добиться ее силой, император в 1054 году приказал князю Бржетиславу возвратить Казимиру Бреслау и другие города Силезии за 500 марок серебром и 30 марок золотом ежегодной дани, с тем чтобы установить между обеими странами длительный мир. После смерти Бржетислава в 1055 году его старшему сыну Спитиневу императором была пожалована в лен Бавария. Жестокости Спитинева по отношению к моравам и насильственным действиям против собственных братьев положила конец его ранняя смерть в 1061 году. Лютичи в 1056 году одержали победу над императорской армией.
Генрих III, очевидно, осознавал возможность таких неудач и ненадежность своих ленников на востоке. Вероятно, сразу же после войны с Абой Венгерским он создал новую систему пограничной защиты, основав несколько марок, прикрывающих его земли со стороны Богемии и Венгрии. Королевские министриалы стали управляющими имперскими владениями и одновременно их защитниками. Многочисленные дарения земельных наделов — королевских гуф — министриалам в этих марках говорят о сознательном планировании соответствующих мер: оно более существенно для оценки императора, чем отдельные поражения, роковым образом приведшие к ранней его смерти. Столь же планомерной кажется и начавшаяся, видимо, в 1040–1041 годах масштабно задуманная закладка Нюрнбергской крепости как хозяйственного центра и военного опорного пункта для проведения кампаний против Богемии.
В отличие от своего отца, Генрих в свои поздние годы сокращал власть герцогов, ограничивая их права или вверяя герцогства фамилиям из других земель. В Баварии, которой он некоторое время управлял сам, за смещенным в 1053 году герцогом Конрадом последовали еще несовершеннолетние сыновья императора Генрих и Конрад, а после смерти Конрада — императрица Агнесса. Швабия была передана в 1048 году Бабенбергу Оттону III Швейнфуртскому. Каринтия оставалась без властителя восемь лет: защиту границы осуществляли верные императору маркграфы и министриалы. В 1047 году Каринтия перешла к графу Вельфу III, родственнику Люксембургов по материнской линии; его власть была ограничена отделением пограничных марок (позднейших Штирии, Крайны, Истрии).
В обоих герцогствах, где продолжали сохраняться династии, авторитет императора не мог быть абсолютным. В Саксонии архиепископ Унван Бременский в 1020 году выступил посредником в заключении прочного мира между императором и Биллунгами. Архиепископ и герцог сообща вступили в союз с королем Магнусом Норвежским, который в 1045 году одержал крупную победу над полабскими славянами при Шлезвиге. Когда славянский князь Готшалк установил затем с помощью Бремена христианскую власть над ободритами, на севере, казалось, установился мир. Однако возведение тюрингского графа Адальберта Гозекского в архиепископы в 1045 году снова разогрело старую вражду Биллунгов, которые вследствие своего надменного нрава пришли в раздражение и увидели для себя угрозу в его усилиях расширить права и власть своей церкви. До этого папа Лев IX включил в компетенцию Бременской церкви Швецию, Данию, Норвегию, Исландию, Финляндию, Гренландию и славянские страны между Пене и Эйдером, но не выполнил желания Адальберта возвести его архиепископство в ранг северного патриархата. Создание в своей церковной провинции двенадцати епископств, которое позднее планировал Адальберт, по-видимому, было «задумано как предпосылка для учреждения патриархата» (X. Фурман). После того как в 1035 году распалась связь северных держав с Англией, подчинение скандинавских королей своего рода патриархату Адальберта, вопреки их стремлению самим управлять своими церквями, должно было теснее связать север с империей. Вплоть до Исландии и севера восточного побережья Швеции Адальберт рассылал своих миссийных епископов для миссионерской деятельности, которую лишь власть империи делала возможной и пределы которой она одновременно должна была расширять. С помощью Готшалка Адальберт смог осуществить свои миссионерские планы в отношении ободритов, в чьих землях он наряду с Ольденбургом основал епископства Мекленбург и Ратцебург. В своей преданности императору и империи Адальберт добивался сохранения мира с Биллунгами, которые, в свою очередь, ненавидели его как друга и фаворита императора. Богатыми дарениями ему, а также епископам Хильдесхейма и Хальберштадта, равно как и созданием богатых лесами и рудниками королевских имений вокруг Гослара Генрих III ограничивал власть Биллунгов. После того, как было раскрыто посягательство на жизнь императора, они уже до конца своих дней не оказывали больше никакого сопротивления.
В Лотарингии, границы которой во времена императора Конрада защищались единственным могущественным герцогом, помилование герцога Готфрида не привело к миру. В конце 1046 года епископ Вацон воспрепятствовал вторжению в Лотарингию короля Генриха Французского. Связанный с большими потерями для империи военный поход против графа Голландского позволил составиться заговору между ним, герцогом Готфридом и графом Балдуином V Фландрским. Лотарингия вновь была опустошена. Только после того, как герцогу Готфриду в январе 1049 года нанесли поражение имперские епископы Лотарингии, к власти пришел возвысившийся после его низложения эльзасский граф Герхард, родственник императора и родоначальник лотарингской династии (правившей в Лотарингии до 1735 года). Чтобы получить поддержку в борьбе против своего могущественного вассала Балдуина, король Генрих Французский в 1049 году позволил себе заключить союз с Генрихом III. Генрих объединился также с Эдуардом III Исповедником, королем Англии с 1042 года, и, благодаря посредничеству епископа Адальберта, — со Свеном Эстридсеном, с 1047 года преемником короля Магнуса в Дании. Оба они блокировали своими флотами фландрские гавани. Отлучение от церкви Готфрида и Балдуина папой Львом IX во время нахождения его в императорской армии вынудило Готфрида в июне 1049 года покориться императору, а после опустошительного военного похода Генриха через Фландрию заставило подчиниться и Балдуина, которому, однако, повторные военные кампании императора не помешали в последующем вновь вторгаться в Лотарингию.
Смена правления почти не коснулась канцелярии. Хотя при дворе Генриха уже и начинали играть свою роль маркграфы, графы и министриалы, опорой его власти оставались епископы, которым он неоднократно жаловал имения и права. Он, так же как и его отец, отбирал епископов почти исключительно по их политическим способностям, так что и при нем некоторые из них тоже подвергались нападкам за не соответствующее их духовному сану поведение. Генрих тоже назначал и отстранял от должности епископов и аббатов по своей собственной воле, хотя, в отличие от своего отца, отвергал симонию. Новым стало то, что установленному им церковному господству было впервые оказано сопротивление. Епископ Вацон Люттихский (Льежский), нередко в интересах империи отправлявшийся в военные походы, осудил смещение архиепископа Видгера Равеннского судом германских епископов и императора, хотя осудить следовало бы исполнение Видгером своей должности. Вацон разделяет причитающуюся императору «fides» («верность») и причитающееся папе «oboedientia» («повиновение»); он ставит «sacra auctoritas pontificum» («священную волю понтифика») выше, чем «regalis potestas» («королевскую власть»). Он отвергает весь ход событий начиная с 1046 года в том же духе, в каком с еще большей ожесточенностью делает это северофранцузский или лотарингский аноним в сочинении «De ordinando pontifice» («О том, как должно управлять понтифику»). Ни знаменитая люттихская школа, ни более оживленная духовная жизнь в Лотарингии не «объясняют», почему именно в это время фальсифицированное собрание канонов и декреталий{26} Исидора Меркатора (Псевдоисидора) начинает оказывать более сильное, чем прежде, воздействие — как убедительностью своего языка, так и безоговорочностью своих требований. Отказ Галинарда, аббата монастыря св. Бенье в Дижоне, друга и постоянного спутника Льва IX, принести присягу королю при своем возведении в архиепископы Лиона в 1046 году объяснялся послушанием уставу бенедиктинцев, запрещавшему монахам приносить клятвы, и не должен расцениваться в политическом смысле. Даже сам Генрих III это понимал и уважал его поступок. С аббатом Гвидо Помпосским, советов которого он просил по поводу итальянских дел, с Петром Дамиани и клюнийскими аббатами Одилоном и Гуго императора связывали дружеские отношения. Гуго он сделал крестным отцом своего родившегося в 1050 году сына и наследника Генриха IV и, видимо, советовался с ним также по делам управления Бургундией. Он одаривал монастыри, собирал во многих местах реликвии, чтобы преподнести их своим монастырям св. Симона и св. Иуды (святые дня его рождения) в Госларе. Генрих, скорее всего, преднамеренно основал их в Саксонии, отдаленной от вотчины Салиев и им противостоявшей, и именно там учредил школу, своего рода питомник духовенства, императорских канцлеров и будущих епископов. Как это основание, так и введение во многих церквях по всей империи ежегодных поминальных торжеств имели политико-династический смысл. Об искренней набожности Генриха говорят и проповедь мира, произнесенная им в Констанце, и его празднование победы на поле битвы в Менфё и позднее в Регенсбурге «босым и во власянице», как сообщает анналист.