Триумфальный успех Лютера и выборы Карла V доказали, что немецкая нация окончательно сформировалась. Осознав свои достоинства, она не терпела, когда их недооценивали. Унижения пробудили ее гордость. Империя, создавшая народ из множества народностей, стала божественным предназначением немцев. Имперская история сплотила эту общность, а память о славных днях еще прочнее укрепило ее в дни поражений, испытаний и унижений. Однако историческая переплавка не завершилась. Местные особенности навсегда сохранились в княжествах. Империя стала душой германской нации, но ее тело было недостаточно сильным. Императорам оказалось не под силу сформировать единое государственное устройство, а князья медлили, собираясь с силами. На заре нового времени у каждого немца было две родины; одна – княжество или городок, подданным или гражданином которого он являлся; другая – patria communis, Рейх, империя, родина драматических и великих событий.
Однако темных дней было намного больше. Энтузиазм, вызванный Лютером, пошел на спад; согласие между национальным героем и его народом разрушалось. Гуманисты следовали идеям Эразма, защищавшего право свободной воли, но ее существование отрицал реформатор Лютер. Крестьяне, путавшие духовную свободу «евангелистов», с личным освобождением, были разгромлены. Католицизм сохранил очаги влияния, позднее усиленные контрреформацией. Именно Карл V, пробуждавший столько надежд, тормозил ход Реформации и, наконец, сделался приверженцем католической веры. В 1555г. на рейхстаге в Аугсбурге был заключен Аугсбургский религиозный мир (56), признавший лютеранство легитимной религией и гарантировавший свободу вероисповедная для имперских сословий (57) по принципу «чья страна, того и вера». Карл V отказался подписать это соглашение и вскоре сложил с себя полномочия императора. Аугсбургский мир позволил преодолеть кризис, вызванный Реформацией, и восстановить работоспособность имперских институтов. Хотя конфессиональный раскол сохранился, политически империя обрела единство. В течение последующего полувека католические и протестантские субъекты империи сотрудничали в органах управления, что позволяло поддерживать в Германии мир и социальное спокойствие.
Отречение Карла V и раздел владений Габсбургов в 1556г., в результате которого Испания, Фландрия и Италия достались его сыну Филиппу II, а австрийские земли и пост императора – брату Фердинанду I, также способствовали стабилизации положения в империи, устранив опасность прихода к власти убежденного католика Филиппа II. Фердинанд I, один из авторов Аугсбургского мира, взявший курс на укрепление империи через тесный союз с князьями и повышение эффективности имперских учреждений, по праву считается фактическим основателем империи нового времени. Преемник Фердинанда I император Максимилиан II /1527-1556, император с 1564г./ симпатизировал протестантству, и в период своего правления сумел, опираясь на имперских князей обеих конфессий, поддерживать в империи территориальный и религиозный порядок, решая конфликты при помощи правовых механизмов. Главными тенденциями развития второй половины XVI – начале XVII веков были оформление и обособление трех конфессий – католицизма, лютеранства и кальвинизма. В современной историографии этот период получил название «Конфессиональная эпоха».
К концу XVI века, однако, наметились тенденции, заложенные в половинчатости условий Аугсбургского мира. Они были связаны с территориально-политическим расширением радикального кальвинизма, враждебного и лютеранам, и католикам, а также с набиравшей силу Контрреформацией. Под ее воздействием началось преследование протестантов в австрийских землях и некоторых имперских городах. К католицизму вернулись многие церковные княжества и города западной и южной Германии, а также Баден-Баден и Пфальц-Нойбург. Кроме того, оформление организационных структур и немецких княжеств и начало формирования государств современного типа входили в противоречие с сохранявшимися имперскими институтами. Уже в 1588г. работа Имперского суда была парализована, а с начала XVII века из-за конфликтов между конфессиями потерял работоспособность имперский рейхстаг.