Положение императора Рудольфа II /1522-1612, император в 1576-1612/ было подорвано конфликтами внутри Габсбургского дома, неудачами в австро-турецкой войне 1593-1606гг. и восстанием в Венгрии. В 1608г. Рудольф был вынужден отказаться от Австрии, Венгрии Моравии, оставив за собой лишь императорский титул и Чехию. Ослабление императорской власти привело к образованию протестантскими князьями в 1608г. Евангелической унии и учреждению в 1609г. Католической лиги. Противостояние между конфессиями углублялось, и в 1618г. в Праге вспыхнуло восстание против нового императора и короля Чехии Фердинанда II /1578-1637, император с 1619г./. Мятеж поддержала Евангелическая уния, в конфликт включились оба конфессиональных лагеря Германии, а затем иностранные государства, в результате чего началась Тридцатилетняя война /1618-48/.
Первоначально успех в войне сопутствовал императору. В 1621г. курфюрст Пфальца и лидер Евангелической унии Фридрих V был лишен своих владений и титула курфюрста, переданного герцогу Баварии и главе Католической лиги Максимилиану I. После разгрома датских войск в 1625-26гг. Фердинанд II попытался провести политическое переустройство империи. В результате эдикта 1629г. преобладание в империи перешло к католической партии, что вызвало отпор как протестантских субъектов империи, обратившихся за помощью к Швеции и Франции, так и католических курфюрстов, недовольных ущемлением их прав на участие в управлении Германией. Это привело к эскалации конфликта. В 1630г. на территорию империи вторглась шведская армия, разгромившая войска Католической лиги и на несколько лет оккупировавшая северную часть Германии. В 1633г. был создан Гейльбронский союз протестантских княжеств империи под руководством Швеции, что означало демонтаж имперских институтов в Северной Германии и угрожало распадом империи. Однако в 1634г. испано-имперской армии удалось нанести сокрушительное поражение шведам при Нёрдлинге и перейти в наступление.
В мае 1635г. между протестантскими и католическими субъектами империи был заключен Пражский мир, в соответствии с которым упразднялись все союзные объединения в Германии, в том числе Католическая лига и Гейльбронский союз, введение в силу Реституционного эдикта (58) откладывалось на сорок лет, а все немецкие князья, независимо от конфессиональной принадлежности, обязывались объединить свои войска с армией империи для совместной борьбы со шведами. Вновь сложился союз ведущих немецких государств с императором; дезинтеграционные процессы были остановлены.
Консолидация империи обеспокоила Францию, которая в мае 1635г. вступила в войну на стороне шведов. Сначала империи удавалось сдерживать франко-шведское наступление, но в 1639г. произошел перелом – французы прорвались в Швабию, а Пражская система начала распадаться: в 1640г. из войны вышел Бранденбург, в 1642г. была разгромлена Саксония. В 1645г. начались мирные переговоры между императором, Францией, Испанией и Швецией при активном участии имперских сословий в Мюнстере и Онсабрюке. Их ход определялся развитием военных действий: в 1648г. шведы захватили часть Праги, а Испания была вынуждена признать независимость Нидерландов. В октябре 1648г. был заключен Вестфальский мир, завершивший Тридцатилетнюю войну и кардинально преобразовавший Священную Римскую империю.
В территориальном плане Вестфальский мирный договор закрепил утрату империей Швейцарии и Нидерландов, которые были признаны независимыми государствами. В самой империи значительные земли попали под власть иностранных держав: Швеция получила Переднюю Померанию и земли бывших епископств Бремена и Вердена; Франция – большую часть Эльзаса, Брейзах и Филлипсбург. Была подтверждена секуляризация земель в Северной Германии /обращение государством церковной собственности в светскую/ и признано равенство на территории империи католической, лютеранской и кальвинистской церквей. Вестфальский мир принес кардинальную реформу порядка функционирования органов власти империи: религиозные проблемы были отделены от административно-правовых вопросов, и для их решения в рейхстаге и имперском суде был введен принцип конфессионального паритета, восстановивший эффективность работы этих органов.
Вестфальский мир также перераспределил полномочия между властными институтами империи: текущие вопросы, в том числе законодательство, судебная система, налогообложение и ратификация мирных договоров передавались в компетенцию рейхстага, ставшего постоянно действующим органом. Это существенно меняло баланс сил между императором и сословиями в пользу последних. В тоже время имперские княжества оставались лишенными атрибутов современного независимого государства и не могли заключать международные договоры, входящие в противоречие с интересами императора или империи.