С 1662г. рейхстаг превратился в постоянно действующий орган, заседавший в Регенсбурге. Его достаточно эффективная работа способствовала сохранению единства империи. Активное участие в работе рейхстага принимал Леопольд I, проводивший политику восстановления роли имперского престола и дальнейшую интеграцию сословий. Большую роль стала играть представительная функция императорского двора в Вене, превратившегося в центр притяжения дворян со всей Германии, а сам город стал главным центром имперского барокко. Укрепление позиции Габсбургов в наследственных землях, успешная политика династических браков и раздачи титулов и должностей также способствовали росту влияния императора. В то же время в крупнейших немецких княжествах формировался собственный разветвленный государственный аппарат, пышный княжеский двор, сплачивающий местное дворянство, и вооруженные силы, позволявшие курфюрстам проводить более независимую от императора политику. В период войн с Францией и Турцией значительно возросла роль имперских округов, с 1681г. взявших на себя функцию набора армии, сбора имперских налогов и поддержание постоянных военных контингентов в империи. Позднее сложились ассоциации имперских округов (60), что позволило организовать достаточно эффективную оборону границ империи.
Укрепление императорской власти при преемниках Леопольда I возродило абсолютистские тенденции. Уже в период правления Иосифа I (61) имперские дела фактически перешли в ведение придворной австрийской канцелярии, а эрцканцлер (62) и его ведомство были отстранены от участия в процессе управления. Во время Войны за испанское наследство императоры вновь заявили претензии на Северную и Среднюю Италию. Они стали вмешиваться и во внутренние дела немецких княжеств, что вызвало сопротивление крупных субъектов империи и их отход от поддержки императора. При Карле VI /1658-1740/ (63) политика империи определялась главным образом его претензиями на испанский престол и проблемой наследования габсбургских земель, тогда как имперские проблемы оказались на периферии внимания. Это происходило в условиях роста могущества крупных имперских субъектов, стремившихся проводить собственную независимую политику в Европе, мало учитывая интересы императора и империи. Так, император был оттеснен от дележа бывших шведский владений в империи после Второй Северной войны, а в конфликте между католиками и протестантами Пфальца в 1719-1724гг. против императора резко выступила коалиция немецких евангелических государств во главе с Пруссией и Ганновером, что едва не спровоцировало военные столкновения.
Для Карла VI большим успехом в имперской политике стало признание рейхстагом Прагматической санкции (64) в 1732г., хотя курфюрсты Баварии, Пфальца и Саксонии проголосовали против нее. В целом единство империи к середине XVIII века оказалось существенно подорванным; крупные немецкие княжества практически вышли из-под контроля императора, тенденции дезинтеграции превалировали над слабыми попытками императора сохранить баланс власти в Германии.
Уже с конца XVII века в рамках Священной Римской империи начал проявляться антагонизм двух ее наиболее влиятельных членов – Австрии и Пруссии. Австрийская монархия Габсбургов, завоевав Венгрию и получив после Войны за испанское наследство обширные владения в Италии и Нидерландах, всё более обособлялась от империи, хотя именно ее правители занимали трон императора. Интересы Габсбургов лежали, прежде всего, в юго-восточном и южном направлениях, тогда как внутриимперским делам с начала XVIII века уделялось гораздо меньше внимания. Более того, успехи централизаторской политики в наследственных землях Габсбургов попытались перенести и на империю, что встретило резкую оппозицию имперских сословий. Значительная часть владений прусского короля также лежала вне территории империи, что позволяло ему действовать на европейской политической сцене в качестве независимого государя.