Экономический подъем, создание при Фридрихе I и Фридрихе-Вильгельме I (65) эффективной бюрократической системы управления и формирование сильной армии выдвинули Пруссию на передний план среди германских государств, что повлекло обострение соперничества с Австрией. Пруссия фактически престала принимать участие в общеимперских вопросах: на ее территории не действовали нормы, охраняющие интересы сословий, не исполнялись решения имперского суда, армия не участвовала в военных кампаниях императора. В результате усиливавшегося расхождения между военно-политической мощью Пруссии и других крупных немецких княжеств и устаревшей имперской иерархией к середине XVIII века назрел острый системный кризис Священной Римской империи.
После смерти императора Карла VI в 1740г. и пресечении прямой мужской линии Габсбургов австро-прусское противостояние вылилось в открытую войну. Силезские войны между прусским королем Фридрихом II (66) и австрийской эрцгерцогиней Марией Терезией (67) завершились поражением Австрии и потерей ею Силезии. Одновременно Австрия была вынуждена вести Войну за австрийское наследство против франко-испано-баварской коалиции. В 1742г. Карл Альбрехт, курфюрст Баварии, был единогласно избран императором Священной Римской империи под именем Карла VII (68) Впервые за три столетия на престол Германии вступил не член дома Габсбургов. Военные действия Карла VII развивались неудачно: австрийцы несколько раз разоряли и захватывали Баварию, что нанесло сокрушительный удар по материальной базе императора.
Со смертью Карла VII имперский престол вернулся к Габсбургам. Императором был избран супруг Марии Терезии Франц I Лотарингский (69). Однако к этому времени империя уже находилась в глубоком кризисе. Попытки Габсбургов восстановить эффективность работы имперских структур и поставить их на службу интересам Австрии натолкнулись на решительное сопротивление княжеств во главе с Пруссией, взявшей на себя роль защитника немецких свобод от «абсолютистских» притязаний Австрии. Франц I потерпел провал в попытке восстановить прерогативы императора в сфере ленного права и создать действенную имперскую армию. Благодаря нажиму Франции на ее союзников в Германии удалось добиться объявления рейхстагом имперской войны против Фридриха II, но это не привело к перелому в войне. Более того, в конце Семилетней войны немецкие княжества окончательно перестали повиноваться императору и самостоятельно заключали сепаратные перемирия с Пруссией. А во время Войны за баварское наследство 1778-79гг., когда император попытался силовыми методами закрепить за Габсбургами Баварию, имперские сословия, ведомые Пруссией, открыто выступили против него.
Для самого императора корона Священной Римской империи неуклонно теряла привлекательность, становясь лишь средством укрепления Австрийской монархии и позиции Габсбургов в Европе. Любые попытки императоров осуществить какие-либо преобразования в застывшей структуре империи были обречены на провал из-за нежелания субъектов допустить усиление центральной власти и нарушить существующий баланс властных сил. Это ярко проявилось в период правления Иосифа II (70), вынужденного практически уйти из империи, сосредоточившись на интересах Австрии. Этим успешно воспользовалась Пруссия, выступавшая в роли защитника имперского порядка и стремившаяся взять на себя роль гаранта сохранения суверенных прав малых субъектов империи.
В 1785г. под руководством Фридриха II был создан Союз немецких князей как альтернатива имперским институтам, контролируемым Габсбургами. Австро-прусское соперничество лишило остальные немецкие государства возможность оказывать малейшее влияние на внутриимперские дела и делало невозможным осуществление реформ в духе программы «Третьей Германии», ориентированной на защиту интересов малых и средних субъектов империи. Это вело к «усталости от империи» светских и церковных княжеств, рыцарей и вольных городов, которые исторически являлись главной опорой конструкции Священной Римской империи. Устойчивость империи была окончательно утрачена.
Динамика социально-экономического развития Германии требует отдельного рассмотрения. Усиление эксплуатации крестьянства в Южной Германии, обострение социального конфликта между городским патрициатом и цеховыми рабочими, а также между низшим дворянством и имперскими князьями под влиянием идей Реформации, вызвали в 1524-1525гг. массовое народное восстание в Швабии, Франконии, Тюрингии и Тироле, вошедшее в историю под названием Великой крестьянской войны. Поражение восстания и ухудшение аграрной конъюнктуры в XVI веке привели к усилению феодальной зависимости южно-немецкого крестьянства и распространению крепостничества на другие регионы Германии. Свободное крестьянство и общинные институты сохраняли доминирующее значение лишь в Саксонии, Тюрингии, Фрисландии, Дитмаршене и некоторых областях Гессена. Если в Бранденбурге, Мекленбурге и Померании и дальше увеличивались барщинные повинности, то на западе империи значительного ухудшения положения крестьянства не наблюдалось. Противостояние между крестьянами и дворянством в XVI-XVII веках потеряло остроту во многом благодаря религиозной солидарности, развитию многообразных форм патронажа и судебных каналов защиты крестьянами своих интересов.