Оттон III был вынужден вернуться в оставленный им Рим скорее, чем ожидал. Римляне изгнали папу Григория V, поставив на его место Филогета, еще недавно преподававшего греческий язык сыну Феофано. Зачинщиком этих событий стал посланец Византии, в октябре 996г. пытавшийся восстановить власть басилевса в Риме. Задержанный немецкими делами западный император, присоединился к своему кузену Григорию V в Павии лишь через год. Он поручил регентство своей тете, аббатисе Кведлинбургской Матильде, принявшей титул matricia, кальку слова «патриций». Снова женщину наделили высокими полномочиями. Римский мятеж был жестоко подавлен. Изуродованный Филогет был низвержен, а предводитель римской аристократии Кресценций – обезглавлен. Совершив задуманное, правитель тут же всё поменял. Хотя «Константинов дар» запрещал императору находиться в городе, где жил преемник Святого Петра, Оттон устроил себе жилище на Палантине, древней обители Цезарей. В обновленный штат придворных, наряду с римскими аристократами вошли немецкие дворяне. Были эллинизированы титулы. Городские должности, находившиеся до того в юрисдикции папы, перераспределил император, а самые важные из них – префектуру города и командование милицией – передал доверенным лицам. После смерти Григория V в 999г. Оттон III возвел на его место Герберта, взявшего имя Сильвестра II /понтификом при Константине был Сильвестр I/.
В январе 1001г., в торжественной речи были ясно определены отношения между императором и папой. Там было сказано, что бесхозяйственность пап полностью обесценила подделанный «Константинов дар». Оттон также отказался подтвердить Ottonianum – привилегию, данную его дедушкой Папскому престолу. Вместе с папой он стал управлять христианским миром, возглавляя синоды со своей стороны. Рим был столицей мира, прародительницей всех церквей, и на пороге второго тысячелетия император утвердил новую печать, надпись на которой кратко звучала: Aurea Roma /Золотой Рим/. Поскольку Константин называл себя равноапостольным, Оттон III провозгласил себя «рабом апостолов» или «рабом Иисуса Христа». Это означало, что Христос дал ему право расширять и укреплять свое господство. Империя и христианство для Оттона слились воедино.
Убежденный в порочности Рим, правитель был полон решимости его очистить. Он сразу признал самостоятельность новых христианских объединений по отношению к церковным структурам. При этом Оттон III не попирал независимость государств, правители которых приняли крещение. Однако немецкие прелаты Майнца, Магдебурга и Зальцбурга намеревались подчинить своей власти новые церкви. Польша первой извлекла выгоду из этой смелой политики. С согласия папы Оттон сделал Гнезно архиепископским центром, избавив польскую Церковь от германской зависимости. Болеслав Храбрый был назван «братом и соратником империи, другом и союзником римского народа». Церковь и Государство Польши нашли, таким образом, собственное место в христианстве.
После посещения Оттоном Венгрии было подтверждено обращение венгерского короля в христианство, сын которого Вайка был крещен в 994г. в Кельне в присутствии Оттона III, ставшего его крестным отцом. После этого Вайк, принявший имя Стефана, стал воевать с противниками христианства. Была основана церковная провинция, гарантирующая религиозную самостоятельность Венгрии.
Венецианский дож просил Оттона стать крестным его детей, и под влиянием Венеции христианство распространялось вдоль далматского берега. Так сформировалась семья христианских князей; их земли теперь простирались до Вислы до Карпат. Оттон III стал правителем империи, включающей германцев и итальянцев, и духовным главой государств, где соседствовали славяне и мадьяры. Это единство не разрушало разнообразия. Для Оттона тысячный год стал знаком надежды.