15 октября 1080г. Рудольф одержал победу над императорскими войсками в битве при Вайсе-Эльстере, но там же его настигла смерть. Король дошел до южной части Италии, одержал победу над армией графини Матильды и сразу же в 1083г. обосновался в Риме. Гвиберт стал Климентом III и тут же короновал Генриха IV императором на Пасху 1084г. Григорий VII нашел пристанище в замке Св. Ангела и был освобожден нормандцами, но в результате устроенной ими резни внезапно потерявший популярность папа был вынужден вместе с ними покинуть город. В их окружении он умер в мае следующего года. Но ставший императором Генрих IV не одержал полной победы над своими противниками. Беспорядок в империи достиг высшей точки. В одной из хроник Аугсбурга приводится сравнение с персонажами комедии Платона: «два папы, два короля, два епископа, два герцога…».
Необыкновенную жестокость удара по сложившейся системе представлений усилила война. В этот период Григорий VII имел огромное преимущество перед императором – возможность рассчитывать на влияние многих церковных писателей, развивавших и распространявших его тезисы. Среди них были: Бернольд Констанцский, Бонизон из Сутри; Гебхард, архиепископ Зальцбургский; Манегольд фон Лаутенбах. Посредниками и пропагандистами на стороне папы были монастыри: в частности – Райхенау, Санкт-Блазен, Шаффхаузен и Хирсау. Писатели также служили Генриху IV. Один из них рассматривал спор в исторической перспективе: империя была передана от римлян к франкам, а от франков к германцам. Она олицетворяла необходимое единство христиан. Рано или поздно по воле Господа все королевства должны были войти в ее состав. Папа с его духовной миссией оставлял королю заботы о наказании еретиков и гонителей церкви.
После смерти Григория VII Святой престол пустовал почти два года. Никто не осмеливался занять это место. Аббат Монте-Кассино, на которого пытались насильно надеть папское одеяние, согласился занять престол лишь через 10 месяцев, в марте 1087г. Просвещенный библиофил, он правил под именем Виктора III меньше года. Казалось, Генрих IV мог торжествовать. Однако бывший настоятель монастыря Клюни, француз по происхождению Урбан II возобновил борьбу с идеями и рвением подстать Григорию. Он привлек на свою сторону сына императора Конрада, короля римлян с 1088г., который через пять лет короновался в Милане королем Италии и организовал Ломбардскую лигу, объединившую богатые города этого региона. Конрад объявил себя смиренным сыном церкви и в 1095г. занял переходы через Альпы, препятствуя отцу обуздать себя. Тогда же Урбан II прибыл во Францию и призвал к крестовому походу. Престол папы мобилизовал силы всего христианского мира для выполнения этого предприятия. Генрих IV также заявлял в 1103г. о своем намерении повести людей в Святую землю. Но теперь не император, а папа возглавлял христиан. В 1099г. Урбана II сменил монах Пасхалий II, убежденный сторонник григорианских тезисов.
Четвертьвековые конфликты в Германии умерили пыл воюющих сторон. Генрих IV собирался установить мир во всей империи, предусмотрев одинаковое наказание для нарушителя независимо от его социального статуса. Но это рискованное решение не нравилось вельможам, извлекавшим пользу из междоусобиц. Конрад умер в 1101г., и Генрих, коронованный отцом, Генрихом IV в Ахене под именем Генриха V, почувствовал необходимость союза с Церковью и непопулярность отцовских новшеств. Он вступил в переговоры с папой, пообещав ему свою поддержку, но не получил уступок, и собрал у себя всех, кому надоело следовать за отлученным монархом-отцом. Генрих-сын заключил Генриха-отца в замке Бекльхайм. В 1105г. император был вынужден отказаться от престола и передал сыну символы власти. Он сумел выбраться из этой западни и сбежать, но через несколько месяцев, в начале февраля 1106г. умер, истощенный тридцатью годами безжалостной борьбы.
Преданный двумя сыновьями, Конрадом в 1095г. и Генрихом десятью годами позже, Генрих IV был трагической фигурой. Он не смог уловить ритма титанической битвы, и воплотить то, что он предчувствовал. Память о нем позже поддерживалась антиримской позицией, особенно ярко выраженной в Германии. Можно привести параллель с Бисмарком, утверждавшим, что он «не пошел бы в Каноссу» для того, чтобы покончить с Kulturkampf /этим термином Вирхов в 1873г. впервые обозначил борьбу прусского и отчасти общеимперского германского права против католической партии Центра и в целом – против притязаний католической церкви при Пие IX/.