8 мая 1958 года состоялось совещание работников отдела пропаганды, науки, школ и ВУЗов, культуры ЦК КПСС, Всесоюзного общества по распространению политических и научных знаний, Госполитиздата, газет и журналов, ЦК ВЛКСМ, Совета по делам РПЦ и Совета по делам религиозных культов. В результате этого совещания появилась записка Отдела пропаганды и агитации ЦК КПСС по союзным республикам «О недостатках научно-атеистической пропаганды». В записке был подвергнут резкой критике Совет по делам РПЦ, возглавляемый Георгием Карповым. Если в 1949 и 1954 годах Карпову удалось противостать нападкам Суслова, то в этот раз ему пришлось подчиниться новому курсу.
Уже летом 1958 года Совет разработал ряд документов, ограничивающих деятельность Русской Церкви, в частности – «О монастырях в СССР» и «О налоговом обложении доходов предприятий епархиальных управлений, а также доходов монастырей». Эти документы легли в основу решений Правительства, принятых осенью 1958 года. А 4 октября 1958 года ЦК КПСС благодаря непрекращающемуся натиску главного идеолога Суслова принял секретное постановление: «О записке отдела пропаганды и агитации ЦК КПСС по союзным республикам «О недостатках научно-атеистической пропаганды»». Таким образом Суслову удалось на этот раз привлечь внимание высшего партийного руководства к проблемам религии. Секретное постановление ЦК КПСС и решения правительства привели к тому, что Совету по делам РПЦ было рекомендовано «…в шестимесячный срок изучить вопрос о возможности сокращения количества монастырей и скитов и внести в Совет Министров согласованные предложения по этому вопросу»10. Так разворачивалось новое наступление на Русскую Церковь, которое привело к массовому закрытию монастырей, а также сотен храмов на территории всего СССР.
В течение 1958 года шли постоянные переговоры между патриархом Алексием и Карповым о резком сокращении монастырей и скитов. Совет по делам Русской Православной Церкви считал, что их слишком много – пятьдесят восемь монастырей и семь скитов. Возобновляя борьбу с религией, власти вновь резко подняли налоги на строения, а Совет требовал прекратить дотации монастырям из Москвы. Переговоры привели к тому, что было принято обоюдное решение сократить в течение двух лет двадцать два монастыря и семь скитов. Карпову было направлено письмо, подписанное патриархом, митрополитом Николаем (Ярушевичем) и протопресвитером Николаем Колчицким. В нем говорилось: «…находим, что при создавшихся условиях, когда выявлена необходимость продолжить сокращение количества монастырей, как это было в предыдущие годы до 1958 года, план сокращения, намеченный Советом, является наиболее безболезненным разрешением этого вопроса, вообще несомненно затрагивающего положение многих монашествующих, лишая их привычного положения в насиженных гнездах – монастырях. Безболезненность плана заключается главным образом в том, что предположено сократить не так уж много из общего количества существующих в настоящее время монастырей; что намечено, насельников сокращаемых монастырей перевести в остающиеся монастыри, и что главное, самое закрытие монастырей предполагается произвести не сразу, а постепенно – в течение ближайших лет. Этим достигается то, что не так остро будет воспринято как самими монашествующими, так и вообще верующими это сокращение…»11
Это была капитуляция представителей «старой гвардии», окружавшей тогда патриарха Алексия I церковной иерархии, перед новым натиском богоборцев. Вряд ли они представляли, к чему приведет это соглашение. Им казалось, что пора арестов и репрессий священнослужителей по надуманным обвинениям позади. Ведь по-прежнему их принимали в Совете по делам РПЦ, их не исключили из состава партийной номенклатуры, они по-прежнему могли выезжать за границу и яростно бороться за мир во всем мире. Пора иллюзий все еще продолжалась. Патриарху и митрополиту Николаю (Ярушевичу) казалось, что подобными уступками они отвоевывают позиции Церкви. Далекие от реальной жизни, они не понимали, что наступила новая эпоха. В апреле 1959 года Георгий Карпов, следуя секретной инструкции, предоставил правительству СССР согласованный план сокращения монастырей. Однако план этот не был принят. Началось своеобразное соревнование – каждая союзная республика принялась закрывать монастыри по своему собственному плану, не согласованному с Советом по делам Русской Православной Церкви. Готовились аресты епископов, несогласных с политикой коммунистов .