По результатам беседы в Нью-Дели у Виллебрандса сложилось впечатление об архиепископе Никодиме как о лояльном советском гражданине, который, однако, в первую очередь заботился о благе Церкви13. И в этом он не ошибался. Новый глава ОВЦС МП понимал, что симбиоз Церкви и государства в том виде, как он сложился в годы правления Сталина, изжил себя и необходимо искать новые решения, которые бы позволили РПЦ выжить в эпоху новых гонений. Совет по делам РПЦ был реформирован, и вместо чекиста Карпова, уволенного в 1960 году, его возглавил партийный чиновник Владимир Куроедов. Более того, на Всесоюзном совещании уполномоченных Совета 21 апреля 1960 года он критически охарактеризовал работу предшественника: «Главная ошибка Совета по делам православной церкви заключалась в том, что он непоследовательно проводил линию партии и государства в отношении церкви и скатывался зачастую на позиции обслуживания церковных организаций. Занимая защитнические позиции по отношению к церкви, совет вел линию не на борьбу с нарушениями духовенством законодательства о культах, а на ограждение церковных интересов»14.
После возвращения из Индии архиепископ Никодим составил специальную записку – «Мысли в отношении Католической Церкви», датированную 21 марта 1962 года. В них впервые были изложены аргументированные доводы в пользу направления на Ватиканский Собор наблюдателей от Русской Церкви15. Главным мотивом записки была озабоченность по поводу изоляции, в которой может оказаться Русская Церковь, если Константинополь и другие восточные Патриархаты примут приглашение направить на собор своих наблюдателей, в то время как русских наблюдателей там не будет: «Весь католический мир станет смотреть на Константинополь как на главный центр Православия»16.
Встреча Вселенского патриарха Афинагора с папой Римским Павлом VI. Иерусалим. 5 января 1964 г.
Этот аргумент мог подействовать на советское руководство, видевшее в патриархе Константинопольском Афинагоре, личном друге президента США Г. Трумэна, агента американского влияния. Присутствие на соборе делегации Русской Церкви могло, с точки зрения советской политики, стать противовесом этому влиянию. Архиепископ Никодим уже знал, что с 14 по 20 февраля 1962 года с целью выяснения православной позиции по вопросу о направлении наблюдателей на Собор Виллебранде посещал Стамбул и Афины и встречался с патриархом Афинагором. Патриарх положительно воспринял идею о направлении православных наблюдателей, однако, прежде чем дать окончательный ответ Риму, хотел узнать мнение других Православных Церквей. В феврале того же года патриарх Афинагор направил письмо по этому поводу в Москву, но получил неопределенный ответ. Не исключено, что именно записка председателя ОВЦС, адресованная, в первую очередь, Совету по делам Русской Православной Церкви, могла повлиять на решение советских партаппаратчиков. В начале лета 1962 года главный инспектор Совета Н. Филиппов направил в вышестоящие инстанции рапорт о II Ватиканском соборе, высказывая как чисто политические аргументы, так и аргументы архиепископа Никодима в пользу участия наблюдателей Русской Церкви на соборе. Так началось участие архиепископа Никодима в большой политической игре. Оставаясь в тени, он сумел достучаться до среднего звена сотрудников ЦК КПСС, у которых был непосредственный доступ к высшему руководству. Решение о посылке наблюдателей на Ватиканский Собор было принято вопреки мнению руководства Совета по делам РПЦ.
Вскоре после первой победы прошла беседа архиепископа Никодима с Виллебрандсом во время сессии Центрального комитета Всемирного Совета Церквей в Париже 11 августа 1962 года. Протоиереем Виталием Боровым, принимавшем участие в беседе, был составлен об этой встрече краткий меморандум на неполных двух машинописных страницах. Более развернут был рапорт Виллебрандса по результатам его парижских встреч с генеральным секретарем ВСЦ Виссерт Хуфтом и архиепископом Никодимом, хранящийся в Ватиканском архиве. Разговор епископов носил, по сравнению со встречами в Нью-Дели, более предметный характер и касался непосредственно вопроса о направлении наблюдателей на Собор. К этому времени патриарх Алексий I уже получил от ЦК КПСС положительное решение. Переговоры продолжались, и вскоре Виллебранде с официальной миссией, но по туристической визе, прибыл в Москву 27 сентября и находился в СССР до 2 октября 1962 года. 28 сентября он посетил Отдел внешних церковных сношений, где встретился с некоторыми иерархами Русской Православной Церкви и сотрудниками Отдела.