На самом деле д’Андурайн была только маленьким колесиком в огромной машине, которую Ватикан и организация «Одесса» соорудили для того, чтобы помогать нацистам и военным преступникам бежать по одному из двух путей, образовывавших так называемый «Ватиканский коридор». Один путь шел через Швейцарию — Францию — Испанию — Гибралтар — Марокко в Южную Америку, и Маргарита д’Андурайн отвечала за определенный участок этого пути — переправу беглецов через Гибралтар в Марокко. А оказавшись там, военные преступники пересаживались на торговые суда, которые отправлялись и Аргентину, Уругвай, Бразилию, Перу или Чили.
Ночью 5 ноября 1948 года безжизненное тело Маргариты д’Андурайн было найдено в водах залива Танжер. Английские секретные службы, расквартированные в Гибралтаре, провели расследование этого убийства. По их мнению, существовало три возможности. Во-первых, Маргариту д’Андурайн могли убить члены организации «Одесса», которые хотели заставить молчать женщину, слишком много знавшую о том, куда отправлялись такие нацистские иерархи, как Эйхман, Копс, Прибке, Менгеле пли Фишбок.
Из допросов, которые проводили англичане и американцы, следовало, что эта женщина была связана с неким Пончини, человеком высокого роста, смуглолицым и очень похожим на ее вероятного любовника: их видели имеете на разных празднествах и в казино. Разрабатывая try версию, англичане занялись человеком по имени Ганс Абель, бывшим агентом разведки Рейха, с целью проверить, мог ли он осуществить убийство сорокасемилетней шпионки.
Согласно второй версии, которую считали наиболее вероятной американцы, это убийство могло быть делом рук какого-нибудь агента секретных служб Израиля. Эту версию подкрепляет и книга историка Ричарда Дикона «Секретные службы Израиля» (The Israeli Secret Service).
Дикон считал, будто американцы знали, что некий израильский агент в Танжере раскрыл созданную Ватиканом Пия XII систему содействия нацистским военным преступникам, прямо или косвенно виновным в массовых убийствах евреев в Европе во время недавней войны. Израильтяне собрали множество доказательств в Тетуане, в испанском секторе Марокко, с помощью одного испанца, который предоставлял убежище многим нацистским преступникам, которых потом графиня Маргарита д’Андурайн переправляла на своей яхте через Гибралтарский пролив. Этот испанец рассказал израильтянам, что д’Андурайн входила в организацию «Одесса» и помогала нацистским военным преступникам скрыться в Южной Америке.
Всю эту информацию передали в Тель-Авив, и оттуда поступил приказ ликвидировать сотрудницу «Одессы». В конце октября 1948 года три израильских агента прибыли на грузовом судне в некий марокканский порт. Сойдя на берег, они поселились в небольшой гостинице в Танжере. Вечером 4 ноября один из них заметил, что яхта Маргариты д’Андурайн входит в порт. Сама шпионка стояла у руля.
В ту же ночь и она, и три израильских агента исчезли. Тело шпионки нашли на следующую ночь в водах залива. Американские секретные службы подозревали, что убийство шпионки, работавшей на «Одессу», могло быть делом рук израильских спецслужб.
Третий возможный сценарий убийства Маргариты д’Андурайн выдвинули также наблюдавшие за ней французские секретные службы. По сообщениям французских агентов, Маргариту д’Андурайн видели в обществе «мужчины привлекательной наружности, высокого и смуглолицего» — описание, которое весьма соответствовало отцу Никола Эсторци, агенту Священного Альянса, известному под именем Посланник. За несколько недель до этого Эсторци видели в нунциатуре в Мадриде, где он, по всей видимости, получал инструкции от своего начальства.
Для Эсторци не составляло труда завести дружбу с такой любительницей мужчин, как Маргарита д’Андурайн. Вечером предшествовавшего убийству дня шпионку видели в одном из популярных ресторанов Танжера с мужчиной, по описанию очень похожим на агента Священного Альянса. На следующее утро Эсторци исчез, а тело Маргариты д’Андурайн со следами сильного удара по голове нашли плавающим в водах Танжерского залива. В докладе французских спецслужб говорилось, что эту женщину мог казнить какой-нибудь агент — член таинственной организации или секты, известной как Assasstniи тесно связанной с секретными службами Ватикана. По версии «Второго бюро», д’Андурайн ликвидировали потому, что она слишком много знала о так называемой операции «Монастырь», осуществлявшейся Священным Альянсом совместно с Джеймсом Энглтоном, шефом OSS (Отдел иностранных служб) — отдела американской разведки в Италии, предшественника ЦРУ, который дал многим нацистским военным преступникам возможность скрыться в Южной Америке.