24 апреля 1585 года, через две недели после смерти Григория XIII, кардинал и францисканец Феликс Перетти был избран новым понтификом. Перетти, принявший имя Сикст V, был человеком, очень похожим на папу Пия V. Даже советником Конгрегации инквизиции он стал благодаря поддержке этого понтифика. И за его избранием вновь видна была рука Филиппа II.
На самом деле именно этот папа установит самые тесные связи с Конгрегацией иезуитов и будет использовать их как своего рода ударную силу везде, куда они будут посланы для защиты веры, какой бы ни была их миссия. Сикст V положительно смотрел на использование иезуитов в качестве военной силы, но не одобрял их теологические взгляды.
Глава иезуитов Клавдий Аквавива знал, что, если Сикст V хочет продолжать использовать иезуитов для «особых миссий», он должен отступить от своих теологических позиций. Сикст V со своей стороны сознавал, что, если он будет продолжать оказывать давление на орден, Аквавива пойдет в контратаку, то есть запросит членов ордена об их мнении по поводу послушания папе и взглядов Святейшего Отца.
Папа устроил демонстрацию и предупредил главу иезуитов, когда в 1590 году приказал заменить название «Общество Иисуса» на название «Орден Игнатия». Использование иезуитами имени Иисуса казалось Сиксту V, как и многим кардиналам той эпохи, чем-то оскорбительным. Когда произносилось имя могущественного ордена, они должны были обнажать и склонять головы, потому что в названии присутствовало имя Иисуса. Однако, несмотря на папское решение, ни один глава иезуитов так никогда и не принял нового названия.
Весной 1586 года было положено начало так называемому «заговору Бабингтона», целью которого было возвращение на шотландский престол Марии Стюарт и даже, возможно, уничтожение Елизаветы I — с тем чтобы католическая королева могла получить короны обоих королевств. На самом деле в конце XVI века и для англичан, и для шотландцев, как католиков, так и протестантов, поднять руку на коронованную голову было больше чем преступление — это было святотатство. Мария Стюарт была повинна в святотатстве по отношению к Елизавете, ибо участвовала в «заговоре Бабингтона». Елизавета была повинна в святотатстве по отношению к Марии Стюарт, послав ее на казнь после раскрытия заговора.
В августе все заговорщики были арестованы. Боллард, Сэвидж и сам Бабингтон были заключены в Тауэр. Суд над Марией Стюарт состоялся 14 октября 1586 года в замке Фотерингей в графстве Нортгемптон. Ее судили и 25 октября признали виновной в страшном предательстве, подстрекательстве и помощи заговорщикам, которые хотели лишить жизни королеву Елизавету. Суд вынес экс-королеве смертный приговор.
На этот приговор ни с чьей стороны не последовало особенно бурной реакции. Генрих III Французский был слишком занят борьбой с двумя другими Генрихами: Генрихом Наваррским и его протестантами и Генрихом де Гизом и его сторонниками-католиками. Филипп II был занят во Фландрии. Папа Сикст V решил промолчать, так как Яков VI Шотландский дал ему понять, что, возможно, после того как он будет признан наследником английского престола и станет по смерти королевы Елизаветы королем объединенного королевства Англии и Шотландии, он вернет католическую религию в эти земли. Имея перед собой такую перспективу, понтифик решил отозвать из Англии агентов Священного Альянса.
1 февраля Елизавета подписала документ, дающий разрешение на казнь Марии Стюарт. Неделю спустя, 8 февраля 1587 года, помазанная на царство королева Шотландии вошла в большой зал замка Фотерингей, посреди которого был сооружен эшафот. Мария Стюарт, королева с рождения, решила пойти на казнь как королева. Граф Шрюсбери и граф Кент выступили во время этой казни как представители королевы Англии.
Произнеся краткую молитву по-латыни и вымолвив: «In Те Domine confido, ne confundar in aeternum» [15], Мария положила голову на плаху, которую обхватила обеими руками. Палач поднял топор и опустил его на белую шею Марии Стюарт. Но удар пришелся по черепу. Следующий удар угодил в затылок, но после третьего удара голова отделилась от тела. Тогда палач схватил голову за волосы, чтобы поднять ее, — и в руке у него остался парик, а голова, седая и почти облысевшая голова постаревшей женщины, скатилась на деревянный пол. Видя это, кто-то воскликнул: «Боже, храни королеву».
Елизавета I Английская поставила точку в шотландском вопросе, но Филипп II и папа Сикст V не смирились так просто с казнью католической королевы. И Непобедимая Армада, и агенты Священного Альянса были поставлены на службу во имя веры и против еретической королевы.