Весной 1587 года, ровно через два месяца после казни Марии Стюарт, Уолсингем уже вовсю занимался укреплением обороны Англии и подготовкой страны к войне, а его агенты в разных стратегических точках Европы сообщали ему, что Филипп II готов запустить «Предприятие».
В качестве контрмеры Елизавета дала своему верному Фрэнсису Дрейку дозволение выступить с эскадрой из почти двадцати кораблей для того, чтобы не допустить воссоединения частей испанской Армады вне портов Испании. Английским кораблям надлежало затруднять снабжение испанских судов, а ежели оные направятся к берегам Англии или Ирландии, то преследовать их и топить. Агенты Священного Альянса сообщили в Испанию, что корабли Фрэнсиса Дрейка почти готовы выйти из порта Плимут и что, согласно имеющимся сведениям, Дрейк собирается нападать на порты и побережье в районе Эль Ферроля.
Вечером 2 апреля двадцать кораблей без всякого предупреждения вышли в море. А Елизавета уже раскаивалась в своем решении. Она предложила Уолсингему отправить Дрейку срочную депешу, что ему запрещается нападать на испанские порты. Первый посланец Уолсингема прибыл в Плимут утром 3 апреля, когда мачты английских кораблей еще виднелись на горизонте. Второй посланец был перехвачен агентами папы. Узнав, что предполагают сделать англичане, они спешно сообщили о своем открытии в Мадрид и Рим, но и для Елизаветы I, и для Филиппа II было уже слишком поздно. Дрейк изменил свои намерения. Он решил повернуть корабли и, вместо того чтобы атаковать Антильские острова или какой-нибудь порт в Галисии или Бискайском заливе, двинулся на Кадис. Фрэнсис Дрейк направил огонь артиллерии флагманского корабля «Исабель Буэнавентура» и судов сопровождения на укрепленный город и вход в порт и всего за несколько часов сумел потопить более тридцати испанских судов, которые готовились присоединиться к Армаде. Чтобы уничтожить военные склады и запасы города, кораблям Дрейка хватило тех двух часов, что длилась военная операция.
Когда пришло известие о нападении на испанскую крепость, папа Сикст V сказал: «Мы восхищаемся этим Дрейком, который сумел сделать столь многое столь малыми средствами». Но в Мадриде эта новость вызвала несколько иную реакцию. Народ на улицах говорил: «Пока наш король выжидает, королева-еретичка действует».
Осуществленная Фрэнсисом Дрейком операция «Кадис», с какой точки зрения на нее ни взглянуть, являет собой пример абсолютного совершенства. Но, несмотря на ущерб, нанесенный как казне, так и гордости Испании, подготовка Армады лишь задержалась на год. Между тем агенты Священного Альянса открыто продолжали свою деятельность в Нидерландах под защитой герцога Пармского, всемогущего губернатора, назначенного Филиппом II.
Одной из лучших их операций была операция в Гертруденберге. Весной 1588 года, пока шли переговоры о подписании мирного договора, папские агенты сумели спровоцировать бунт солдат-наемников, охранявших крепость Гертруденберга, стратегически важный пункт на южном берегу реки Маас. Первую линию обороны держали германские наемники, вторую — наемники-голландцы, а третью, самую важную, английские и ирландские наемники-протестанты. Агентам Священного Альянса удалось вызвать брожение в умах этих людей, так как они уже почти четыре месяца не получали никакого жалованья. Папские шпионы произносили на площади голландского города речи против «тех власть имущих, чьи телеса с удобством расположились на тронах Европы, но чьи глаза оказываются закрытыми тогда, когда приходит время платить тем, кто эти троны охраняет».
Англия отказывалась погасить свой долг в двести десять тысяч флоринов, то есть почти двадцать две тысячи фунтов стерлингов, которые должны были быть выплачены наемным солдатам из гарнизона Гертруденберга, ссылаясь на то, что это дело Генеральных Штатов. А Генеральные Штаты, в свою очередь, утверждали, что солдаты, завербованные в Англии, были более преданы королеве Елизавете, чем делу протестантизма в Нидерландах. Уолсингем знал, что за бунтом наемников стоял папа Сикст V и, следовательно, герцог Пармский и сам Филипп II.
Глава английской разведки понимал, что заплатить рано или поздно придется, иначе стратегически важный город попадет в руки испанцев. В конце концов, когда наемников почти уже удалось убедить сдать крепость испанцам за сумму, равную невыплаченному жалованью, из Штатов прибыло послание, в котором сообщалось, что они готовы погасить долг. Испанская армия едва не овладела имевшей важное военное значение крепостью без единого выстрела, благодаря только усилиям агентов Священного Альянса.