Проблема, однако, состояла в том, что в ту эпоху было очень трудно идеально согласовать работу всех деталей механизма — в том числе ввиду разделявших заговорщиков больших расстояний и медленных средств связи. Между тем секретные службы Елизаветы начали замечать первые признаки так называемого «заговора Ридольфи». Первый сигнал тревоги получила сама королева в мае, когда великий герцог Тосканский, по вероисповеданию протестант, известил Лондон о возможном заговоре против королевы известного флорентийского агента Священного Альянса по имени Роберто Ридольфи. Затем несколько английских шпионов обнаружили сундучок с шестьюстами ливрами, которые были посланы герцогом Норфолком Марии Стюарт. Один из агентов Священного Альянса был схвачен 11 апреля в Дувре с зашифрованными письмами. В Шотландии после падения Думбартона обнаружились компрометирующие заговорщиков документы.
Другие письма и документы были изъяты у некоего посланца герцога Альбы королевой Наварры Жанной де Альбер, которая жила во Франции под защитой французской короны. Эти документы, вероятно, были переправлены Елизавете. В августе 1571 года английской «контрразведке» уже были известны имена всех участников заговора и роль в этом заговоре каждого из них. Ловушка была готова захлопнуться.
Любопытно, что в апреле того же года английская королева сделала, или попыталась сделать, шаг в направлении свободы вероисповедания. Она созвала заседание парламента с революционной идеей поставить на рассмотрение вопрос «свободы веры при приоритете верности королеве». В представленном в парламент документе говорилось:
«Ее величество желает, чтобы стало известно, что все ее подданные, доколе они будут соблюдать законы и не совершат никаких явных их нарушений, не будут ни потревожены, ни подвергнуты каким-либо притеснениям. Ее величество не желает ни насиловать их совесть, ни идти против свойственного ей от природы милосердия».
Но для принятия окончательного решения нужен был откровенно антикатолический парламент Документ, полученный из палаты, явно демонстрировал королеве, каким будет решение:
«Та мысль, что люди могут иметь право придерживаться различных мнений в вопросах религии, опасна для государства. Для поддержания монархии нужны единый Бог, единый король, единая вера. Разъединение ослабляет, соединение укрепляет».
Елизавета высказала свое неудовлетворение этим текстом, но вопрос тем не менее был закрыт, и королева ничего не могла поделать.
Благодаря обнаружению «заговора Ридольфи» и маневрирования Священного Альянса, имевшего целью свержение с трона Елизаветы, Мария Стюарт оказалась в страшной опасности. Ловушку, расставленную заговорщикам, в конце концов захлопнул пират Джон Хокинз. Этот корсар сумел уверить Ридольфи, что готов сражаться на стороне Филиппа II и Марии Стюарт в качестве командующего английским католическим флотом. С точки зрения Ридольфи, это могла быть эффектная акция, которую можно было использовать в пропагандистских целях, дабы заставить поверить, что в самой Англии назревает восстание граждан против Елизаветы. Однако Ридольфи не знал, что на самом деле Хокинз действовал как агент английской тайной канцелярии, по распоряжению Сесиля и в интересах королевы.
В одном из отчетов Хокинза Елизавета I Английская могла прочитать:
«Мне приказали присоединить мой флот к флотам герцога Альбы и тому, который герцог Медина готовит в Испании. Все вместе мы должны вторгнуться в Англию и вернуть королеву Шотландии на трон. Эти предатели с Божьей помощью выроют яму сами себе. Подписано: Джон Хокинз, слуга ее величества королевы Елизаветы, да хранит ее Бог многие годы. 4 сентября 1571 года».
7 сентября был арестован герцог Норфолк, девятого — епископ Росский. На следующий день Марию Стюарт заперли в одном из самых мрачных помещений замка Шеффилд.
Герцог Норфолк, заточенный в лондонском Тауэре, продолжал отрицать какую бы то ни было причастность к «заговору Ридольфи», даже авторство отосланных папскому шпиону писем, которые были написаны его собственной рукой. Королева лично запретила подвергать Норфолка пыткам, поэтому следователи всерьез взялись за епископа Росского.