В ходе расследования он сумел идентифицировать почти девяносто семь высокопоставленных лиц в административной, политической, финансовой сферах и в Ватикане, которые имели отношение к текущим счетам за границей, в особенности в Лондоне, Швейцарии и США. В его список входили люди, пользовавшиеся когда-то доверием папы Павла VI, а теперь — Иоанна Павла II, такие, как Массимо Спада и Луиджи Меннини.
Прокурор Амбросоли нашел неопровержимые доказательства причастности Банка Ватикана к незаконным операциям Микеле Синдоны. Согласно расчетам Амбросоли, в мае 1979 года империя Синдоны должна была потерпеть крах с потерей примерно 757 миллиардов лир.
Вместе с прокурором Джорджо Амбросоли работали Борис Джулиано, суперинтендант полицейского корпуса Палермо, и начальник службы безопасности Рима полковник Антонио Вариско. Джулиано заинтересовался Синдоной, когда случайно нашел в бумажнике убитого мафиозо два чека, которые показывали, что банкир мафии перевел «грязные» деньги, вырученные от транспортировки героина, на банковский счет на Карибских островах. Вариско же проводил подробное исследование корней ложи Р2. Амбросоли обнаружил, например, как перешел в другие руки Католический банк в Венето и как некий агент Священного Альянса в одной восточной стране (возможно, Казимир Пржидатек) провез в двух чемоданах девять с половиной миллионов долларов, которые предназначались в качестве комиссионных Роберто Кальви, Полу Марцинкусу и кардиналу Джону Коди.
Амбросоли был убит 11 июня 1979 года в подъезде своего дома профессиональным убийцей Уильямом Арико. И снова разные свидетели рассказывали полиции, что за несколько дней до убийства по соседству видели какого-то человека высокого роста с каштановыми волосами, который делал какие-то записи в своем блокноте. Это описание вполне подходило к работавшему на Марцинкуса агенту понтификальной разведки Пржидатеку.
13 июня двое людей расстреляли у светофора полковника Антонио Вариско.
20 июня Борис Джулиано, как всегда по утрам, зашел и «Люкс Бар» в Палермо выпить кофе. Когда он шел к кассе, чтобы расплатиться, к нему сзади подошел какой-то человек и выстрелил ему в шею. Прежде чем выскочить из бара, убийца положил на тело убитого белую гвоздику. Через много лет следствие установило, что «белая гвоздика» была знаком, который использовала инквизиция в Риме в те годы, когда кардинал и генерал инквизиции Микеле Гизлиери, будущий Пий V, наводил ужас на Вечный город. Белыми гвоздиками анонимные доносчики помечали дома людей, которых следовало арестовать и подвергнуть пыткам в тюрьмах Святого Дела.
Хотя Амбросоли и не смог завершить свое расследование, собранное им объемистое досье послужило доказательством обвинений на процессе против Микеле Синдоны, который вскоре должен был открыться в Нью-Йорке. И Роберто Кальви, и Пол Марцинкус всегда утверждали, что не получали никаких комиссионных за продажу Католического банка Венето. Суд над Синдоной за разорение Франклин-банка состоялся в начале февраля 1979 года.
Высокопоставленные члены курии, такие, как Пол Марцинкус, и именитые кардиналы, такие, как Джузеппе Каприо и Серджо Герри, готовы были дать показания в защиту Синдоны. Но за несколько часов до начала допроса свидетелей в посольстве Соединенных Штатов Америки в Риме кардинал Агостино Касароли, по-видимому по распоряжению Иоанна Павла II, приказал Марцинкусу, Каприо и Герри «не раскрывать рта». Позже Ватикан через Государственный секретариат распространил коммюнике, в котором говорилось:
«Может создаться прецедент весьма опасный и противоречивый. Слишком много было разговоров. Нам очень неприятно, что правительство Соединенных Штатов не признает Ватикан дипломатически, ибо Ватикан есть правовое государство».
Очевидно, Касароли спас Ватикан от скандала, не подозревая, что нарушает прямой приказ Иоанна Павла II, который поручил Марцинкусу, Каприо и Герри сделать заявление в пользу Синдоны. Верный Касароли узнал об этом только через несколько лет.
Наконец, 23 марта 1980 года банкир мафии Микеле Синдона был признан виновным по девяноста пяти пунктам, среди прочего в мошенничестве, составлении заговоров, клятвопреступлении, подделке банковских документов и незаконном присвоении фондов, находившихся в его банках. Синдону заключили в Исправительный центр «Метрополитано», где он должен был ожидать приговора. А пока он проводил время в камере, поменяв свой костюм стоимостью 1500 долларов на апельсиновую робу заключенного, Роберто Кальви и Пол Марцинкус продолжали сомнительные операции. Одной из самых прибыльных для Ватикана компаний была «Беллатрикс», с центром в Панаме.