И Генрих, и Екатерина Медичи знают, что Колиньи может поднять против короля гугенотов по всей стране. поэтому они убеждают короля создать в Париже отряды милиции. В ночь с 23 на 24 августа, день святого Варфоломея, в столице Франции началась кровавая баня. Во всем Париже только за два дня были истреблены от пяти тысяч гугенотов, согласно одним источникам, до двадцати тысяч, согласно другим. Отряды милиции свирепствовали без каких-либо помех. Они врывались в дома гугенотов, убивали мужчин, насиловали женщин, резали детей. Потом трупы бросали в огромные костры.
Тогда же погиб и адмирал Гаспар де Колиньи. После покушения на его жизнь он укрылся в родовом замке де Шатильон. Он знал, что его могут убить в любую минуту, если ему не удастся быстро связаться с Вильгельмом Оранским. Ночью 26 августа три человека проникли в его спальню и покончили с ним девятью ударами кинжалов. Утверждается, что Колиньи был казнен агентами Священного Альянса, но это не более чем легенда.
В протестантских столицах общественное мнение немедленно увидело в том, что с тех пор называют резней Варфоломеевской ночи, результат сговора между Филиппом II, Екатериной Медичи, герцогом Альбой и папой Григорием XIII. Совершенно точно известно, что за несколько месяцев до этого агенты Священного Альянса непрестанно посылали в Рим сообщения о возможных последствиях мятежей в Париже, о том, что все это, вероятно, выльется в массовые убийства протестантов. Рим не предупредил никого. В конце концов, все убитые в те дни люди, включая стариков, женщин и детей, были еретиками.
Сообщения английского посланника Уолсингема вполне однозначны: «Не знаю, как эта трагедия не всколыхнула все королевство». Дипломата защищала от милиции королевская гвардия, присланная из дворца Карла IX. Благодаря этому удалось дать убежище находившимся в ту кровавую ночь в Париже англичанам, например Уолтеру Рейли. Чтобы несколько смягчить тягостное впечатление от случившегося, Екатерина Медичи собственной персоной измышляет версию случившегося, которую король должен отстаивать перед парламентом Парижа, а агенты Священного Альянса будут разносить по всей Европе. «Гаспар де Колиньи составил план убийства короля, его братьев и всей королевской семьи. Правительство было предупреждено как раз вовремя [подразумевается, что предупреждение исходило от агентов римского папы], благодаря милости Божьей, и во исполнение приказа короля, дабы избежать еще более кровавого государственного переворота, адмирал [Колиньи] и его сообщники были преданы казни». Так была закрыта тема гибели тысяч людей.
Хотя Мария Стюарт оставалась королевой Шотландии, число ее сторонников постоянно уменьшалось. Участие в «заговоре Ридольфи» поставило ее в двусмысленное положение перед Елизаветой. Со своей стороны Франция, вынашивавшая планы налаживания отношений между Парижем и Лондоном, уже не так стремилась оказать ей поддержку. Супруга Карла IX, Анна Австрийская, даже избрала Елизавету I крестной матерью своей новорожденной дочери. И юного еще Якова Шотландского псе больше рассматривали как полноправного монарха.
Макки сообщал из Лондона папе Григорию XIII, что англичане что-то затевают против католической Шотландии. Елизавета отправила в Эдинбург Генри Киллигроу, снабдив его конкретными инструкциями:
«Выясняется, что существование королевы Шотландии представляет такую опасность для его величества [Якова] и для его королевства, что возникает настоятельная необходимость от нее избавиться. И, хотя справедливость может восторжествовать и здесь, по ряду причин кажется разумным отправить ее в Шотландию и там предать в руки регента [Мортона], и пусть он действует против нее согласно закону, с тем чтобы никто уже впоследствии не мог подвергнуться опасности по ее вине».
Эти строки ясно показывают, что Елизавета была заинтересована в том, чтобы послать Марию Стюарт на казнь. Однако Мортон объяснил посланцу Лондона, что, если там действительно хотят помочь Шотландии, им следует лишь протянуть руку помощи, чтобы вырвать католическую занозу, сидящую в протестантской Шотландии: Эдинбургский замок все еще находится в руках сторонников экс-королевы Марии. Однако одно дело для англичан было признать Якова VI королем, и совсем другое — открыто вмешиваться в дела Шотландии.
Карл XI был занят Ла-Рошелью, Филипп II — конфликтами в Нидерландах, так что Елизавета могла быть уверена, что ни тот ни другой не поспешат на помощь Марии Стюарт. Наконец 17 апреля 1573 года английская армия перешла англо-шотландскую границу. Ламберто Макки послал в Рим экстренное сообщение о том, что у границы с Шотландией скапливается большое количество людей и артиллерии. Но сообщение шпиона попало в Рим только 28 апреля, когда было уже слишком поздно. Утром 17 мая начался артиллерийский обстрел Эдинбургской крепости. Через двенадцать дней осажденные сдались.