Однако Филипп II не хотел совершить ошибку единственно ради удовлетворения какой-либо из сторон. Испанский монарх не слишком стремился возвести на английский престол королеву-полуфранцуженку. Да и брата, которому не очень доверял, он не хотел допускать к Короне столь могущественной державы. Кроме того, Филипп II, вероятно, не очень склонен был идти навстречу папе, ибо тогда слишком многие возомнили бы, что его руку направляет Рим.
Беспрерывные войны в Нидерландах стоили королю Филиппу огромных денег, Рим же требовал все больше и больше, не слишком много давая взамен. В Лондоне не был известен тот факт, что испанский монарх видел в Елизавете Английской агрессора и, следовательно, с политической точки зрения — удобный для нападения объект. Подписав Нонсачский договор, Англия открыто вмешалась в нидерландские дела; Елизавета дала зеленый свет разбойничьим операциям пиратских кораблей Фрэнсиса Дрейка на побережье Испании.
Священный Альянс разъяснил папе, что, казнив Марию Стюарт и устранив таким образом центр притяжения, вокруг которого способны были объединиться католики Шотландии и Англии, Елизавета лишила испанского короля стимула для начала военной операции, которая уже не могла завершиться освобождением Марии. С устранением католической королевы у Рима не осталось ни одной лазейки для восстановления католицизма на Британских островах. Яков VI не перестал быть защитником протестантизма, несмотря на осторожные послания к нему Сикста V, в которых папа касался видимого непротивления короля Елизавете по поводу казни его матери.
Яков VI хотел стать законным наследником Елизаветы и после ее смерти сделаться королем Англии и Шотландии. Он убедил Сикста V не возмущать католиков до тех пор, пока он, Яков, не будет объявлен законным наследником престола, а для этого понтифик должен был отозвать со двора Елизаветы всех агентов Священного Альянса, пытавшихся лишить английскую королеву жизни. Яков VI осторожно дал понять папским агентам, что, возможно, когда на его голову возложат две короны, он сможет вернуть оба королевства в лоно католической веры или, по крайней мере, дать больше религиозных свобод католикам Англии и Шотландии — чего на самом деле так никогда и не осуществил.
Первые сообщения о «Предприятии» относятся к концу 1585 года. Но только в начале 1586 года английские разведывательные службы узнали через различных информантов о подготовке огромной флотилии для военных действий против Англии. Английский посол в Париже писал Уолсингему:
«Испанская партия тут, во Франции, похваляется, что не пройдет и трех месяцев, как на Англию будет совершено нападение, и что для этого готовится специальная флотилия из множества военных кораблей. Мне трудно в это поверить, ибо сроки слишком невелики».
Со своей стороны Уолсингем наполовину верил сообщениям дипломата. Глава разведки Елизаветы подозревал, что Филипп II действительно создает огромный флот, но послать его собирается не против Англии, а против Нидерландов — во всяком случае, с целью оказать поддержку герцогу Пармскому. Тем не менее существовала и вероятность того, что испанские корабли направятся в Шотландию или Ирландию, и тогда Англия должна будет дать им вооруженный отпор. Филипп II в свою очередь считал, что после нападения его флота на Англию напуганная Елизавета в поисках достойного выхода из положения вынуждена будет вступить в переговоры с Мадридом. Но испанский монарх не знал истинного нрава английской королевы.
Весной 1587 года, ровно через два месяца после казни Марии Стюарт, Уолсингем уже вовсю занимался укреплением обороны Англии и подготовкой страны к войне, а его агенты в разных стратегических точках Европы сообщали ему, что Филипп II готов запустить «Предприятие».
В качестве контрмеры Елизавета дала своему верному Фрэнсису Дрейку дозволение выступить с эскадрой из почти двадцати кораблей для того, чтобы не допустить воссоединения частей испанской Армады вне портов Испании. Английским кораблям надлежало затруднять снабжение испанских судов, а ежели оные направятся к берегам Англии или Ирландии, то преследовать их и топить. Агенты Священного Альянса сообщили в Испанию, что корабли Фрэнсиса Дрейка почти готовы выйти из порта Плимут и что, согласно имеющимся сведениям, Дрейк собирается нападать на порты и побережье в районе Эль Ферроля.