Вечером 2 апреля двадцать кораблей без всякого предупреждения вышли в море. А Елизавета уже раскаивалась в своем решении. Она предложила Уолсингему отправить Дрейку срочную депешу, что ему запрещается нападать на испанские порты. Первый посланец Уолсингема прибыл в Плимут утром 3 апреля, когда мачты английских кораблей еще виднелись на горизонте. Второй посланец был перехвачен агентами папы. Узнав, что предполагают сделать англичане, они спешно сообщили о своем открытии в Мадрид и Рим, но и для Елизаветы I, и для Филиппа II было уже слишком поздно. Дрейк изменил свои намерения. Он решил повернуть корабли и, вместо того чтобы атаковать Антильские острова или какой-нибудь порт в Галисии или Бискайском заливе, двинулся на Кадис. Фрэнсис Дрейк направил огонь артиллерии флагманского корабля «Исабель Буэнавентура» и судов сопровождения на укрепленный город и вход в порт и всего за несколько часов сумел потопить более тридцати испанских судов, которые готовились присоединиться к Армаде. Чтобы уничтожить военные склады и запасы города, кораблям Дрейка хватило тех двух часов, что длилась военная операция.
Когда пришло известие о нападении на испанскую крепость, папа Сикст V сказал: «Мы восхищаемся этим Дрейком, который сумел сделать столь многое столь малыми средствами». Но в Мадриде эта новость вызвала несколько иную реакцию. Народ на улицах говорил: «Пока наш король выжидает, королева-еретичка действует».
Осуществленная Фрэнсисом Дрейком операция «Кадис», с какой точки зрения на нее ни взглянуть, являет собой пример абсолютного совершенства. Но, несмотря на ущерб, нанесенный как казне, так и гордости Испании, подготовка Армады лишь задержалась на год. Между тем агенты Священного Альянса открыто продолжали свою деятельность в Нидерландах под защитой герцога Пармского, всемогущего губернатора, назначенного Филиппом II.
Одной из лучших их операций была операция в Гертруденберге. Весной 1588 года, пока шли переговоры о подписании мирного договора, папские агенты сумели спровоцировать бунт солдат-наемников, охранявших крепость Гертруденберга, стратегически важный пункт на южном берегу реки Маас. Первую линию обороны держали германские наемники, вторую — наемники-голландцы, а третью, самую важную, английские и ирландские наемники-протестанты. Агентам Священного Альянса удалось вызвать брожение в умах этих людей, так как они уже почти четыре месяца не получали никакого жалованья. Папские шпионы произносили на площади голландского города речи против «тех власть имущих, чьи телеса с удобством расположились на тронах Европы, но чьи глаза оказываются закрытыми тогда, когда приходит время платить тем, кто эти троны охраняет».
Англия отказывалась погасить свой долг в двести десять тысяч флоринов, то есть почти двадцать две тысячи фунтов стерлингов, которые должны были быть выплачены наемным солдатам из гарнизона Гертруденберга, ссылаясь на то, что это дело Генеральных Штатов. А Генеральные Штаты, в свою очередь, утверждали, что солдаты, завербованные в Англии, были более преданы королеве Елизавете, чем делу протестантизма в Нидерландах. Уолсингем знал, что за бунтом наемников стоял папа Сикст V и, следовательно, герцог Пармский и сам Филипп II.
Глава английской разведки понимал, что заплатить рано или поздно придется, иначе стратегически важный город попадет в руки испанцев. В конце концов, когда наемников почти уже удалось убедить сдать крепость испанцам за сумму, равную невыплаченному жалованью, из Штатов прибыло послание, в котором сообщалось, что они готовы погасить долг. Испанская армия едва не овладела имевшей важное военное значение крепостью без единого выстрела, благодаря только усилиям агентов Священного Альянса.
Филиппу II не так легко было забыть удар, который Елизавета I нанесла ему в Кадисе. Поэтому он, как мог, ускорял начало «Предприятия». План его был прост. Испанская эскадра должна была выйти из Лиссабона и взять курс на Ла-Манш, избегая каких бы то ни было встреч с английскими галеонами, пересечь Па-де-Кале и пристать к берегу в Маргейте, севернее Кента. Там к ней должны были присоединиться войска герцога Пармского, которым следовало отплыть из принадлежавших испанцам нидерландских портов. Эта объединенная армия, насчитывавшая в совокупности тридцать тысяч человек, должна была разбить слабое английское войско и вступить в Лондон. На бумаге этот план выглядел простым и ясным, но на практике и в условиях конца XVI века все было совершенно иначе.