Сикст V знал, что Альдобрандини имеет опыт разведчика, дипломата и религиозного деятеля и, что еще важнее, хорошие связи в окружении Филиппа II.
Первую специальную миссию папа поручил шпиону Ипполито Альдобрандини в мае 1588 года, когда послал его в Польшу. Агент Священного Альянса должен был постараться стать посредником между двумя фракциями, которые поддерживали соответственно двух претендентов на корону после смерти короля Стефана I Батория. Альдобрандини старался добиться, чтобы оба наследника, Сигизмунд Васа и Максимилиан Габсбург, пришли к мирному соглашению, а также вырвать у них твердое обещание удерживать объятую пожаром Польшу в рамках католической веры и неукоснительного послушания папе. Сигизмунд Васа не только завладел польской короной, но и заключил с Максимилианом Габсбургом 9 марта 1589 года договор о прочном и долгом мире.
Результаты операции в Польше превратили Альдобрандини в одного из самых уважаемых и влиятельных членов Коллегии кардиналов.
Ввиду скоропостижной смерти папы Иннокентия IX М) декабря 1591 года конклав был вынужден собраться снова — в четвертый раз за менее чем семнадцать месяцев. Давление со стороны испанцев, как это случалось уже столько раз, было достаточно сильным. На сей раз Филипп II хотел видеть на престоле святого Петра папу более послушного, чем Сикст V, которого он называл «интриганом» и «чересчур независимым». В конце концов, во многом благодаря давлению испанского монарха,
30 января 1592 года старый шпион Ипполито Альдобрандини был избран папой.
Климент VIII взошел на престол святого Петра в то время, когда в Европе царило великое смятение. Нидерланды были с четырех сторон охвачены пожаром, а Морис Нассауский превращался в настоящего лидера борьбы против испанцев.
В предыдущем году Филипп II потерял Цутфен, Девентер, Ульц и стратегически важный Нимвеген. И с этого момента была обеспечена надежная защита южной части будущей Голландии. В декабре 1592 года, со смертью Александра Фарнезе, герцога Пармского, ситуация вновь неожиданно изменилась. Мадридский двор назначал на его место разных людей — среди них были граф Мэнсфилд, эрцгерцог Эрнест, граф де Фуэнтес, эрцгерцог Альберт, но все они оказывались только беспомощными свидетелями приближения конца. Постепенно будущая Голландия укрепляла свои все более четко обозначавшиеся границы в Нимвегене, в 1591 году, и в Гронингене и Гертруденбурге, который был отбит в 1593 году войсками Мориса Нассауского после длительной осады.
В том же году и очень быстро новый фронт открывается во Франции, Генрих IV, взошедший на французский престол после бегства из Парижа Генриха III Валуа, превратился в монарха. Смещенный король был убит в 1589 году монахом-якобистом, согласно некоторым сообщениям, агентом Священного Альянса. По-видимому, папа Сикст V не желал, чтобы на пути Генриха IV и Франции к католицизму возникали какие-либо препятствия, а Генрих III являл собой такое препятствие.
Генрих Бурбон, король Наваррский и кальвинист, был одним из самых ярых защитников протестантизма, за что и был осужден папой Сикстом V. Но ни Филипп II, ни папа Климент VIII не учли огромного количества французских католиков, которые признали Генриха своим королем.
Первым делом Генрих IV приказал удалить из Парижа всех испанских солдат, что было воспринято Филиппом II как серьезное предупреждение, как нечто, что могло перерасти в открытую войну между двумя странами. Агенты Священного Альянса предупредили папу Климента VIII, что ему лучше держаться в стороне, так как они знали, что Генрих IV готов был отречься от кальвинизма и принять католичество, что на самом деле и произошло. Сознавая, что, только отказавшись от протестантизма, он сможет положить конец расколу в государстве, Генрих IV, как то и предвидели агенты Священного Альянса, 25 июля 1593 года вступил в лоно католической церкви.
Вместо того чтобы принять сторону Мадрида, Климент VIII предпринял усилия к тому, чтобы католическая Франция и католическая Испания подписали Вервенский мир (2 мая 1598 года) и положили конец войне, которая уже в течение трех лет разоряла обе страны. Подписанием Вервенского мира Филипп II признавал Генриха IV законным королем и возвращал ему завоеванные испанцами северо-западные территории Франции. После многих лет испанского владычества Кале вновь становился французским. В те же самые дни Генрих IV Нантским эдиктом установил свободу вероисповедания на всей территории Французского королевства.