Альдерано Чибо вызвал Палуцци и приказал ему покончить со шпионской сетью в Латерано и прибегнуть для этого к любым необходимым методам и средствам. Палуцци, как и приказывал ему Чибо, прибег ко всем методам и средствам, которыми располагал, включая и монахов «Черного Ордена».
Первым попал в руки «Черного Ордена» один из агентов «сети Сципиона». Утром 11 мая 1687 года два человека, принадлежавшие к Священному Альянсу, следовали за неким писарем, который работал в библиотеке Ватикана. Этот монах занимался изготовлением копий документов Государственной канцелярии, которые затем раздавались различным членам курии. Священный Альянс обнаружил, что этот писарь специально запрашивал определенные документы, в особенности те, которые имели отношение к Франции. Агенты понтифика стали подсчитывать число копий, которые делались этим монахом, и число копий, которые затем раздавались по назначению. Речь всегда шла о документах, классифицируемых как «деликатные материалы» и имевших отношение к Франции и Людовику XIV. И одна копия всегда оказывалась неврученной или просто исчезала.
Когда обо всем этом доложили кардиналу Палуцци, тот распорядился взять писаря живьем. 19 мая монах был задержан и доставлен в расположение разведки для допроса. Под пыткой агент Сципиона назвал имена двух других шпионов, принадлежавших к разведывательной сети, которая работала в Риме на Людовика XIV.
21 мая изуродованное пытками тело монаха было найдено свисающим с одного из мостов через Тибр. На теле имелся маленький кусочек черной ткани с двумя красными полосками крест-накрест. Грозная рука церкви нанесла удар врагу. Но на свободе оставались еще два шпиона.
Вечером 23 мая агенты Священного Альянса собирались задержать одного священника, который работал в подчинении у Альдерано Чибо, но тот сумел ускользнуть от преследователей и попросил убежища во французском посольстве. Пользуясь отменой папой Иннокентием XI права убежища на территории дипломатических миссий в Риме, шесть монахов «Черного Ордена», скрывая свои лица, проникли во дворец Фарнезе и силой увели священника с собой.
Во время допросов этого священника выяснилось, что под условным именем Сципион скрывался монах, который давно уже являлся членом Священного Альянса и благодаря его французским корням был завербован агентами Людовика XIV. Сципион был сыном гражданина Beнеции и флорентийки, которая воспитывалась во Франции во времена Мазарини. По всей видимости, Сципион как агент Священного Альянса специализировался на устранении врагов церкви при помощи яда.
26 мая 1687 года восемь членов «Черного Ордена» вошли со шпагами в руках в комнату гостиницы, находившейся недалеко от папского дворца в Риме. За операцией наблюдали, сидя в черной карете с эмблемой понтификата на дверцах, кардиналы Палуццо Палуцци и Альдерано Чибо. Заранее был отдан приказ о том, чтобы в окрестностях гостиницы не было ни одного дозора папской гвардии. Было нежелательно, чтобы кто-либо оказался свидетелем устранения Сципиона.
Шедшие впереди монахи уже поднимались по узкой лестнице, когда перед ними вдруг возник Сципион — со шпагой в руках и в боевой позиции. Битва была недолгой по причине количества нападавших, которые заставили агента Людовика XIV отступить. Он выпрыгнул из маленького оконца и упал с высоты нескольких метров, но ею уже ждал другой отряд «Черного Ордена». Один из монахов вонзил шпагу в шею шпиона, который, обливаясь кровью, пытался подняться, чтобы продолжать борьбу. Но ему нанесли три точных удара шпагой. Один удар рассек ему сердце пополам. Шпион умер прежде, чем упал.
Затянутой в перчатку правой рукой кардинал Палуцци очертил в воздухе крест, задернул занавеску, и карета уехала. А тайны церкви, скрытые теперь от посторонних глаз, снова обрели надежную сохранность. Тела Сципиона и монаха, вырванного из пределов французской миссии, были найдены висящими на одном из мостов через Тибр как предупреждение всем гражданам Рима и иностранцам, которые вздумали бы усомниться в том, что у Божьего правосудия длинная рука, и в его орудиях — Священном Альянсе и «Черном Ордене».
Парижский двор реагировал на инцидент с агентами Священного Альянса во французском посольстве сурово. Людовик XIV приказал своему новому послу въехать и Рим в ноябре 1687 года в сопровождении хорошо вооруженного полка. Иннокентий XI решил отлучить послан ника французского монарха и не давать ему аудиенции В начале 1688 года папа через своего нунция в Париже довел до сведения Людовика XIV, что как он. так и его министры должны считать себя включенными в церковные цензуры.