Всем стало ясно, что для укрощения Смуты необходимы меры не только административные, государственные, но прежде всего религиозно-нравственные, духовные. Тогда царь и Собор положили принести всенародное покаяние. В связи с этим, "для великого государева и земского дела" патриарх Гермоген пригласил в столицу своего славного предшественника - свт. Иова. "Молим со усердием святительство твое, - писал он архиерею-исповеднику, - и колена преклоняем: сподоби нас видети боголепное лице твое и слышати пресладкий глас твой... да сподобит премилостивый Бог за молитвы святые твои Российское государство жити в мире и в покое и в тишине".
Казалось, к людям вернулось понимание того, как должны решаться вопросы и укрощаться нестроения в Православном Царстве Русском. Казалось, что понимание это готово претвориться в деяния, которые положат конец усобице на Руси. Казалось, что народ прозрел и желает лишь одного - искупить свой грех.
Как писал М.В. Толстой, "Иов приехал и 20 февраля 1607 явился в соборном храме Успения, извне окруженном и внутри наполненном несметным количеством людей. Он стоял у патриаршего места в виде простого инока, но возвышаемый в глазах зрителей памятью его знаменитости и страданий за истину, смирением и святостию, отшельник, вызванный почти из гроба примирить Россию с небом. В глубокой тишине общего безмолвия и внимания поднесли Иову бумагу и велели патриаршему архидиакону читать ее на амвоне. В сей бумаге народ (и только один народ, а не царь) молил Иова отпустить ему, именем Божиим, все его грехи перед законом, строптивость, ослепление, вероломство; клялся впредь не нарушать присяги, быть верным государю; требовал прощения живым и мертвым, дабы успокоить души клятвопреступников и в другом мире; винил себя во всех бедствиях, ниспосланных Богом на Россию, но не винился в цареубийствах, приписывая убиение Феодора и Марии одному самозванцу; наконец молил Иова благословить царя, бояр, христолюбивое воинство и всех христиан, да торжествует царь над мятежниками и да насладится Россия счастием тишины.
Иов ответствовал грамотой, заблаговременно, но действительно им сочиненною, писанною известным его слогом, умилительно и красноречиво. Тот же архидиакон читал ее народу. Изобразив в ней величие России, созданное умом и счастием ее монархов, Иов соболезновал о гибельных следствиях Димитриева заклания... напомнил единодушное избрание Годунова в цари и народное к нему усердие, дивился ослеплению Народа, прельщенного бродягою, говорил: "Я давал вам страшную на себя клятву в удостоверение, что он самозванец; вы не хотели мне верить, и сделалось то, чему нет примера ни в священной, ни в светской истории". Описав все измены, бедствия отечества и Церкви, свое изгнание, гнусное цареубийство, если не совершенное, то по крайней мере допущенное народом, воздав хвалу Василию, "царю святому и праведному", за великодушное избавление России от стыда и гибели, Иов продолжал: "Вы знаете, убит ли самозванец; знаете, что не осталось на земле и мерзкого тела его, а злодеи дерзают уверять вас, что он жив и есть истинный Димитрий! Велики грехи наши пред Богом, "в сии лета последняя", когда вымыслы нелепые, когда сволочь гнусная, тати, разбойники, беглые холопы могут столь ужасно возмущать отечество!" Наконец, исчислив все клятвопреступления, не исключая и данной Лжедмитрию присяги, Иов именем небесного милосердия, своим и всего духовенства объявил народу разрешение и прощение, в надежде, что он не изменит снова царю законному, и добродетель верности, плодом чистого раскаяния, умилостивит Всевышнего, да победят врагов и возвратят государству мир с тишиною.
Действие было неописанное. Народу казалось, что тяжкие узы клятвы спали с него и что Сам Всевышний устами праведника изрек помилование России. Плакали, радовались, и тем сильнее тронуты были вестию, что Иов, едва успев доехать из Москвы в Старицу, и преставился. Мысль, что он, уже стоя на пороге вечности, беседовал с Москвою, умиляла сердца. Видели в нем мужа святого, который в последние минуты жизни и в последних молениях души своей ревностно занимался судьбою горестного отечества, умер, благословляя его и возвестив ему умилостивление неба".
Сперва показалось, что начали сбываться благие надежды, что чаша гнева Господня источает свои последние скорбные капли. Молодой, отважный полководец Михаил Скопин-Шуйский - доверенное лицо царя Василия и любимец народа - рядом блестящих побед укрепил Московское государство, утопающее в пучине крамол. Но упованиям этим осуществиться было не дано. В расцвете сил, на 23-м году жизни, юный военачальник внезапно скончался, и Смута разбушевалась с новой силой.
17 июля 1610 в Москве мятежники свели с престола царя Василия. Напрасно патриарх Гермоген с жаром и твердостью защищал законного государя, напрасно изъяснял народу, что нет спасения там, где нет благословения свыше, что измена царю есть богоборчество, что новое клятвопреступление не избавит, но лишь глубже погрузит Россию в пучину безначалия. Забылось в народе недавнее соборное раскаяние, в боярах проснулись всегдашние властные междоусобные счеты - и Москва оказалась во власти произвола и зависти, властолюбия и тщеславия, лицемерия и вражды.
Еще почти три года страданий и мук понадобилось Руси, чтобы вновь вернуться к мысли о том, что лишь покаяние в совершенных беззакониях и всеобщее, соборное избрание нового монарха, благословенное Церковью и принятое всем народом, могут спасти положение. Дважды за это время ходили русские полки освобождать столицу. Первое (рязанское) ополчение под предводительством Прокопия Ляпунова оказалось безуспешным, но на второй раз войско князя Пожарского добилось своего - Москву очистили от поляков. 27 октября 1612 капитулировал последний польский гарнизон в Кремле.
В числе других знатных пленников тогда был освобожден и отрок Михаил Романов-Юрьев, будущий Самодержец Всероссийский, основатель и первенец новой династии Русских Православных Государей. Опасаясь поляков (да и своих мятежников), он с матерью, инокиней Марфой, тут же покинул Москву, уехав в свою костромскую вотчину.