Но патриарх и бояре еще не теряли надежды: ждали великого собора, коему надлежало быть в Москве через шесть недель по смерти Феодора; то есть велели съехаться туда из всех областных городов людям выборным: духовенству, чиновникам воинским и гражданским, купцам, мещанам. Годунов хотел, чтобы не одна столица, но вся Россия призвала его на трон, и взял меры для успеха, всюду послав ревностных слуг своих и клевретов: сей вид единогласного свободного избрания казался ему нужным - для успокоения ли совести? Или для твердости и безопасности его властвования? Борис жил в монастыре, а государством правила Дума, советуясь с патриархом в делах важных; но указы писала именем царицы Александры и на ее же имя получала донесения воевод земских. Между тем оказывались неповиновение и беспорядок: в Смоленске, в Пскове и в иных городах воеводы не слушались ни друг друга, ни предписаний Думы. Носились слухи о нападении хана крымского в пределы России, и народ говорил в ужасе: "Хан будет под Москвою, а мы без царя и защитника!" Одним словом, все благоприятствовало Годунову, ибо все было им устроено!
В пятницу, 17 февраля, открылась в Кремле Дума Земская, или Государственный Собор, где присутствовало, кроме всего знатнейшего духовенства, синклита, двора, не менее пятисот чиновников и людей выборных из всех областей, для дела великого, небывалого со времен Рюрика: для назначения венценосца России, где дотоле властвовал непрерывно, уставом наследия, род князей варяжских и где государство существовало государем; где все законные права истекали из его единственного самобытного права: судить и рядить землю по закону совести. Час опасный: кто избирает, тот дает власть и, следственно, имеет оную: ни уставы, ни примеры не ручались за спокойствие народа в ее столь важном действии; и сейм кремлевский мог уподобиться варшавским: бурному морю страстей, гибельных для устройства и силы держав. Но долговременный навык повиновения и хитрость Борисова представили зрелище удивительное: тишину, единомыслие, уветливость во многолюдстве разнообразном, в смеси чинов и званий. Казалось, что все желали одного: как сироты, найти скорее отца - и знали, в ком искать его. Граждане смотрели на дворян, дворяне - на вельмож, вельможи - на патриарха. Известив собор, что Ирина не захотела ни царствовать, ни благословить брата на царство и что Годунов также не принимает венца Мономахова, Иов сказал: "Россия, тоскуя без царя, нетерпеливо ждет его от мудрости Собора. Вы, святители, архимандриты, игумены, вы, бояре, дворяне, люди приказные, дети боярские и всех чинов люди царствующего града Москвы и всей земли Русской! Объявите нам мысль свою и дайте совет, кому быть у нас государем. Мы же, свидетели преставления царя и великого князя Феодора Иоанновича, думаем, что нам мимо Бориса Феодоровича не должно искать другого самодержца". Тогда все духовенство, бояре, воинство и народ единогласно ответствовали: "Наш совет и желание то же: немедленно бить челом государю Борису Феодоровичу и мимо его не искать другого властителя для России".
Восстановив тишину, вельможи в честь Годунова рассказали духовенству, чиновникам и гражданам следующие обстоятельства: "Государыня Ирина Феодоровна и знаменитый брат ее с самого первого детства возрастали в палатах великого царя Иоанна Васильевича и питались от стола его. Когда же царь удостоил Ирину быть своею невесткою, с того времени Борис Феодорович жил при нем неотступно, навыкая государственной мудрости. Однажды, узнав о недуге сего юного любимца, царь приехал к нему с нами и сказал милостиво: "Борис! Страдаю за тебя как за сына, за сына как за невестку, за невестку как за самого себя!" - поднял три перста десницы своей и промолвил: "Се Феодор, Ирина и Борис; ты не раб, а сын мой". В последние часы жизни, всеми оставленный для исповеди, Иоанн удержал Бориса Феодоровича при одре своем, говоря ему: "Для тебя обнажено мое сердце. Тебе приказываю душу, сына, дочь и все царство: блюди или дашь за них ответ Богу". Помня сии незабвенные слова, Борис Феодорович хранил яко зеницу ока и юного царя, и великое царство". Снова раздались крики: "Да здравствует государь наш Борис Феодорович!" И патриарх воззвал к Собору: "Глас народа есть глас Божий: буди, что угодно Всевышнему!"
В следующий день, февраля 18-го, в первый час утра, церковь Успения наполнилась людьми: все, преклонив колена, духовенство, синклит и народ, усердно молили Бога, чтобы правитель смягчился и принял венец; молились еще два дни, и февраля 20-го Иов, святители, вельможи объявили Годунову, что он избран в цари уже не Москвою, а всею Россиею. Но Годунов вторично ответствовал, что высота и сияние Феодорова трона ужасают его душу; клялся снова, что и в сокровенности сердца не представлялась ему мысль столь дерзостная; видел слезы, слышал убеждения самые трогательные и был непреклонен; выслал искусителей, духовенство с синклитом, из монастыря и не велел им возвращаться. Надлежало искать действительнейшего средства: размышляли - и нашли. Святители в общем совете с боярами установили петь 21 февраля во всех церквах праздничный молебен и с обрядами торжественными, со святынею веры и отечества, в последний раз испытать силу убеждений и плача над сердцем Борисовым; а тайно, между собой, Иов, архиепископы и епископы условились в следующем: "Если государь Борис Феодорович смилуется над нами, то разрешим его клятву не быть царем России; если не смилуется, то отлучим его от Церкви; там же, в монастыре, сложим с себя святительство, кресты и панагии, оставим иконы чудотворные, запретим службу и пение во святых храмах; предадим народ отчаянию, а царство - гибели, мятежам, кровопролитию, - и виновник сего неисповедимого зла да ответствует пред Богом в день Суда Страшного!"