Юный царь глубоко проникся пониманием своей особой роли и великой ответственности. С целью упорядочения русской жизни в 1547-51 он несколько раз созывал соборы духовенства, на которых решались важнейшие вопросы церковного и государственного устройства. "Отцы наши, пастыри и учители, обращался Иоанн к иереям и святителям, - внидите в чувства ваши, прося у Бога милости и помощи, истрезвите ум и просветитесь во всяких богодухновенных обычаях, как предал нам Господь, и меня, сына своего, наказуйте и просвещайте на всякое благочестие, как подобает быть благочестивым царям, во всех праведных царских законах, во всяком благоверии и чистоте, и все православное христианство нелестно утверждайте, да непорочно сохранит истинный христианский закон. Я же единодушно всегда буду с вами исправлять и утверждать все, чему наставит вас Дух Святой; если буду сопротивляться, вопреки божественных правил, вы о сем не умолкайте; если же преслушник буду, воспретите мне без всякого страха, да жива будет душа моя и все сущие под властию нашею".
Соборы прославили новых русских святых, от которых народ ждал заступничества и благословения на нелегком пути своего служения, утвердили новый Судебник - сборник законов, определявших отправление правосудия в России, подробно остановились на благоустройстве внутренней церковной жизни. Обличая беспорядки и бесчиния, рассуждали о богослужении и уставах церковных, об иконописании (требуя от иконописцев, кроме мастерства, неукоризненной жизни), о книгах богослужебных, о просфорах и просфорницах, о благочинии в храмах, о чине совершения Таинств, об избрании и поставлении священнослужителей, о черном и белом духовенстве, о суде церковном, о содержании храмов и причетов, об исправлении нравов и обычаев.
Особенно ясно благодатное состояние русского общества отразилось в знаменитом "Домострое".
"Царя бойся и служи ему верою, и всегда о нем Бога моли, - поучает "Домострой". - Аще земному царю правдою служиши и боишися е, тако научишися небесного Царя боятися". Долг служения Богу есть одновременно и долг служения царю, олицетворяющему в себе православную государственность - эта мысль прочно укоренилась в сознании русского человека. В Служебнике второй пол. XVI в. сохранилась молитва, которая рекомендовалась как образец покаяния для служилых людей. "Согреших пред Богом и по Бозе пред государем пред великим князем - русским царем, - исповедовал кающийся. - Заповеданная мне им (царем) слова права нигде же сотворих, но все преступих и солгах и не исправих. Волости и грады от государя держах не право, а суд - по мзде и по посулу. Ох мне, грешному, горе мне, грешному! Како мене земля не пожрет за мои окаянныя грехи - преступившего заповедь Божию, и закон, и суд Божий, и от государя своего заповеданное слово".
Этому гласу покаяния вторит "Домострой": "Царю... не тщится служить лжею и клеветою и лукавством... славы земной ни в чем не желай... зла за зло не воздавай, ни клеветы за клевету... согрешащих не осуждай, а вспомни свои грехи и о тех крепко пекися", "А в котором либо празднике... да призывают священнический чин в дом свой... и молят за царя и великого князя (имярек), и за их благородные чада".
В 1589 Богу, наконец, было угодно дать русскому народу свидетельство о том, что Россия правильно поняла свой долг. За три года до того в Москву прибыл для сбора милостыни Антиохийский патриарх Иоаким. Благочестивый царь Феодор Иоаннович, прозванный за очевидную святость жизни "освятованным" царем, высказал тогда церковному собору и боярской думе свое желание установить патриаршество на Руси. Обладавший пророческим даром, царь как бы предвидел испытания, ожидавшие народ по пресечении династии Рюриковичей, и торопился дать православному русскому царству в лице патриарха опору, которая должна была удержать его от разрушения. Переговоры с Антиохийским патриархом были поручены Борису Годунову. Иоаким согласился с желанием Феодора и обещал обсудить дело с другими патриархами. Те, решив уважить просьбу русского царя, положили было отправить в Россию для участия в поставлении Иерусалимского первосвятителя. Однако "чин особого смотрения" Божия о России требовал, видно, чтобы преемственность русского служения была явлена миру во всей полноте и непререкаемости. Нужды Константинопольской (бывшей Византийской) церкви, гонимой султаном Амуратом, потребовали приезда в Москву самого патр. Константинопольского Иеремии, знаменитого своей духовной ученостью и страданиями за Церковь. Он прибыл в Москву в июле 1588, сказав Феодору: "Слышав о таком благочестивом царе, пришел я сюда, чтобы помог нам царь в наших скорбях". С собой Иеремия привез соборное определение об открытии патриаршества на Руси.
В храме Успения Богоматери в Кремле в приделе Похвалы Ее созван был многочисленный собор русских пастырей, представивший царю имена трех кандидатов в патриархи. Положившись на суд Божий, бросили жребий - он пал на митр. Московского Иова. 23 января 1589 в Успенском соборе был торжественно поставлен первый русский патриарх. Он принял поставление от патриарха Византийского. И более того - в Соборной уставной грамоте, узаконившей патриаршество на Руси, всему миру объявлялось, что "ветхий Рим пал от ереси", что "новый Рим", Константинополь, порабощен безбожными племенами агарянскими и что поэтому Третий Рим есть Москва. Тогда же положено было быть в России четырем митрополитам, шести архиепископам и восьми епископам.