«Тишайший» передал писание патриарху. Последствия не заставили себя долго ждать. Аввакум был арестован и посажен в Спасо-Андроников монастырь. Просидев в темном подвале четыре томительных недели, протопоп был приведен в Успенский собор, где Никон хотел его расстричь.
Насилу царь упросил оставить знакомца-протопопа в сущем сане. Тогда Никон сослал Аввакума с семьей в Сибирь. Осенью 1653 года с женой и четырьмя детьми протопоп отправился в дальний путь в Тобольск.
Земляк Аввакума, сибирский архиепископ Симеон, хорошо знавший протопопа, определил его к тобольскому Вознесенскому собору, где ссыльный священник ревностно служил, «браня от писания и укоряя ересь Никонову».
Однако 27 июня 1655 года из Москвы пришел указ: Аввакуму с семьей ехать под стражей в более строгую ссылку – на Лену, в Якутский острог. Но протопоп доехал только до Енисейского острога, где его ждало новое повеление: с воеводой Афанасием Филипповичем Пашковым идти в Забайкалье – в Даурию.
Под началом у Пашкова было более четырех сотен казаков и стрельцов, которым для дальнего похода нужен был священник. Летом 1656 года отряд отплыл из Енисейска на сорока ладьях.
Для Аввакума и его семьи началось самое тяжкое из выпадавших доселе испытаний. Светские власти и раньше не любили протопопа за прямоту и строгость. Скоро возненавидел его и воевода.
На Ангаре караван Пашкова встретил странников, в числе которых были две вдовы «одна лет в 60, а другая и больше», собиравшиеся постричься в инокини. Пашков для потехи пожелал выдать бедных женщин замуж.
Аввакум вступился за вдов и тут же был наказан: воевода заставил его покинуть суденышко и идти пешком по непролазной тайге. Затем Пашков вызвал протопопа к себе, «рыкнул, яко дикий зверь» и велел дать 72 удара кнутом.
Во время истязания Аввакум непрестанно молился и сохранял самообладание. Изувеченный протопоп был закован в кандалы и брошен в казенную ладью. Всю дальнейшую дорогу до Братского острога Аввакума везли в цепях.
В октябре отряд прибыл в острог на зимовку, и протопопа заточили в «студеной башне», по преданию, в той самой, что ныне находится в музее-заповеднике «Коломенское». Лишь к Рождественскому посту страдальца перевели в теплую избу. Но и здесь держали, как преступника, скованным и отдельно от семьи.
Весной 1657 года отряд Пашкова продолжил поход и переплыл Байкал, а летом двинулся вверх по реке Хилке. С протопопа сняли цепи, но теперь он был обязан наравне с казаками тянуть суда и участвовать в других работах. Но, в отличие от казаков, Аввакуму приходилось еще и заботиться о семье.
Когда отряд дошел до озера Иргень, пришлось тащить волоком сани. Но Пашков отнял у протопопа работников, а прочим запретил к нему наниматься. Священник сам сделал нарту и потянул вместе с сыновьями.
На четвертое лето похода запасы провизии кончились, начался голод. Семье Аввакума пришлось есть конину, сосновую кору, траву и коренья, а порой – лесных зверей, падших лютой зимой или убитых волками.
Два сына протопопа умерли от голода и тягот пути. Но среди всех несчастий Аввакум сумел сохранить ревностную веру и истовое благочестие.
В 1662 году Аввакуму пришло разрешение возвратиться из ссылки на Русь. Протопоп с домочадцами и брошенными Пашковым больными казаками двинулся в обратный путь, который занял около двух лет.
Вернувшись на «большую землю», Аввакум был расстроен, видя, что в церквах служат по новым книгам. Тяжкие думы одолели протопопа. Ревность о вере схлестнулась с заботами о жене и детях. Аввакум рассуждал: «Что сотворю? Проповедаю ли слово Божие или скроюсь где? Понеже жена и дети связали меня».
Однажды протопопица, увидев мужа печальным, тревожно спросила:
– Что, господине, опечалился еси?
– Жена, что сотворю? Зима еретическая на дворе. Говорить ли мне или молчать? Связали вы меня! – с сердцем сказал протопоп.
Но в супруге он нашел достойную сподвижницу.
– Господи, помилуй! – воскликнула Марковна. – Что ты, Петрович, говоришь? Аз тя и с детьми благословляю: дерзай проповедати слово Божие по-прежнему, а о нас не тужи. Дондеже Бог изволит, живем вместе, а егда разлучат, тогда нас в молитвах своих не забывай. Силен Христос, и нас не покинут! Поди, поди в церковь, Петрович, обличай блудню еретическую!
Ободренный поддержкой любимого человека, Аввакум, «до Москвы едучи, по всем городам и по селам, во церквах и на торгах кричал, проповедуя слово Божие и уча, и обличая безбожную лесть».