По приведенным свидетельствам видно, что в отдаленные времена можно было увидеть могилу апостола в старом соборе Св. Петра. Существует широко распространенное мнение, что могилу обнесли стеной в период варварских нашествий с целью защитить ее от готов, вандалов и сарацин, и с тех пор ее никто не видел, за исключением короткого промежутка перестройки базилики в 1594 году.
Церковь Константина заметно обветшала задолго до XVI века. Деревянную кровлю проели крысы, южная стена, выстроенная на основе цирка Нерона, стала оседать. Именно поэтому было принять решение возвести новый храм. В 1594 году, когда архитектор Джакомо делла Порта работал над гробницей Петра, участок земли вокруг могилы открыли и стал виден ее свод — впервые за восемьсот лет. Папа Климент VIII призвал трех кардиналов — Беллармине, Антониано и Сфондрато — и вместе с ними отправился в базилику. Архитектор держал факел над отверстием, а папа и три кардинала смотрели вниз; они увидели золотой крест высотой в человеческий рост, который Константин и Елена установили на могиле апостола в 326 году. Говорят, в свете факела они смогли даже прочитать надпись: «Constantinus Augustus et Helena Augusta hanc domum regalem simile fulgori coruscans aula circumdat» — «Константин Август и Елена Августа окружили это царское жилище двором, сверкающим великолепием». Один из свидетелей утверждает, что папа приказал тщательно заделать отверстие в его присутствии; другой сообщает, что папа размышлял о возможности допускать к крипте верующих, как было в древние времена, но отказался от этой идеи из-за опасений, что любые модификации гробницы святого Петра могут привести к серьезным бедствиям.
Эти же опасения тридцать два года спустя приобрели характер суеверия, широко распространившегося за пределы Ватикана по всему Риму. Установка балдахина работы Бернини потребовала прочного основания для четырех несущих колонн, и в июне 1626 года, когда Бернини начал раскопки в районе крипты, он практически сразу же наткнулся на человеческие останки. Взрыв суеверий был вызван тем, что вслед за этим произошло несколько смертей среди тех, кто участвовал в работах, причем люди умирали один за другим, а потом заболел папа Урбан VIII, и тогда римляне потребовали немедленного прекращения реконструкции. От папы ждали решения — принять которое было не так-то просто, — отказаться от постройки навеса или продолжить работы; Урбан, «сознавая, что намерения у него самые благие и что все совершаемые действия не имеют иной цели, кроме желания воздать честь и славу Господу», осмелился продолжить раскопки. Выяснилось, что под алтарем собора, вокруг могилы апостола, находятся несколько слоев захоронений, в которых нашли не только скелеты мучеников, но и останки, датируемые более ранними временами, с явными следами огня. К счастью, Р. Убальди, каноник собора Св. Петра, составил детальный отчет о строительных работах; он хранился в архивах Ватикана и оставался неизвестным широкой публике вплоть до 1891 года, когда его обнаружил профессор Армеллини. Убальди сообщает:
Были обнаружены две усыпальницы, и каждая из них содержит по два тела. Формы и контуры вполне различимы, а головы обращены к алтарю. Тела облачены в длинные одежды до пят, темные, почти черные от времени, и обмотаны пеленами, как младенцы; пелены покрывали и головы. Эти тела лежали бок о бок. Сами усыпальницы, стоило к ним прикоснуться, рассыпались в прах, и за исключением нескольких фрагментов одежды ничто не уцелело после прикосновения. Невозможно составить ясное или хотя бы приблизительное представление об именах похороненных или об их внешности, но традиция говорит определенно, что рядом с телом святого Петра хоронили первых патриархов и отцов нашей Церкви, чья кровь стала семенем, из которого произросла святая и великая республика…
По мере продолжения работ обнаруживали все новые останки, которые осторожно перекладывали в гробы из кипариса, едва заканчивался очередной этап раскопок, а потом ставили как можно ближе к тем местам, которые они занимали на протяжении минувших веков.
Убальди продолжает:
Стали копать там, где должно стоять второе основание, напротив первого, прямо перед исповедальней. Не более чем в трех или четырех футах в глубину нашли массивный гроб из мраморных плит, но поскольку он не сильно мешал закладке опоры, сочли необходимым лишь срезать его заднюю стенку. Когда стенку отрезали, все поразились, увидев внутри пепел и значительное количество костей, слипшихся вместе и обгоревших. Всем пришло на ум воспоминание о знаменитом пожаре времен Нерона, за три года до мученичества святого Петра, когда христиан ложно обвинили в поджоге и признали виновными в преступлении, а затем доставили в цирк при Садах Нерона, расположенный как раз на Ватиканском холме, и там подвергли мучениям.