Много отец Феофан потрудился в Олонецкой епархии и на ниве борьбы с расколом. Он ознакомился с положением и жизнью Олонецкого раскола, который здесь крепко утвердился, особенно в форме даниловщины, филипповщины, аристовщины и странничества. Архимандрит Феофан вырабатывает ряд мер борьбы с расколом, назначает особую для этого комиссию, в которую входили миссионер отец Мелетий, его помощник и трое благочинных с их помощниками. Все они трудились под непосредственным руководством отца Феофана, который часто беседовал с ними, давал им советы и указания.
«Архимандрит Феофан приглашает к себе священников тех приходов, которые были сильно заражены расколом, и, познакомившись с этими пастырями, дает им наставления, как бороться с расколом, как ослаблять его пропаганду и сохранять от нее православных. Советует приглашенным вести самый строгий образ жизни, чтобы не было укора со стороны раскольников и соблазна для православных; богослужение совершать старательно, по уставу; чаще научать прихожан истинам православной веры и убеждать твердо держаться этого учения; вести собеседования с раскольниками и обличать их заблуждения. Для усовершенствования в этом деле следует выписывать в церковные библиотеки и читать противораскольнические и религиозно–нравственные КНИГИ» [202].
Для более успешной противораскольнической деятельности отец Феофан открыл в Палеостровском монастыре библиотеку, в которой была собрана раскольническая и противораскольническая литература, жизненно необходимая для работы миссионеров. Чтобы подготовить пастырей, способных к борьбе с расколом, архимандрит Феофан с благословения духовного начальства организовал в Олонецкой семинарии миссионерский класс.
В семинарской библиотеке в то время не было даже основных раскольнических книг. Имея это в виду, отец Феофан просил преосвященного Аркадия разрешить перенести в семинарию те раскольнические книги, которые сохранились в соборе, и, кроме того, вместе с преподавателем раскола и сектоведения Цитовым обратился в правления академий с просьбой прислать ему имеющиеся в духовных академиях лишние книги. Из академий в ответ на эту просьбу было выслано для семинарской библиотеки много старопечатных и рукописных книг по расколу. Сверх того, библиотека пополнялась книгами, приобретенными на деньги. В результате при семинарии стала функционировать достаточно полная противораскольническая библиотека.
В борьбе с раскольнической пропагандой будущий святитель придавал важное значение умению священников правильно и благоговейно совершать церковное богослужение. Для этого он задумал открыть при семинарии классы практического богослужения и церковного пения.
Подготовляя будущих пастырей к борьбе с расколом Церкви, архимандрит Феофан не оставлял без своего воспитательного влияния и их будущую ниву. Утвердить подрастающее поколение в истинах Православия и раскрыть перед ним заблуждения раскольников — было одной из главных задач его противораскольнической деятельности. Эту задачу архимандрит Феофан осуществлял через сельские приходские школы, преподаватели которых сообщали ученикам нужные сведения о расколе и, главным образом, о том его толке, который существует в данной местности. На основе материала, собранного у местного духовенства, в помощь преподавателям этих школ под наблюдением архимандрита Феофана было составлено особое руководство, специально приспособленное для сельских школ.
Из всего этого видно, насколько далеко за пределы непосредственных обязанностей ректора семинарии простиралась деятельность архимандрита Феофана в этой должности.
Однако все эти заботы, особенно административные и хозяйственные, тяготили отца Феофана, поскольку отвлекали от главного его стремления — к нравственному совершенствованию и аскетическим подвигам. В связи со строительством семинарского здания — делом, которое его очень беспокоило, он писал 20 марта 1856 года С. О. Бурачку: «Нерешительность моя теперь в высшей степени одолевает меня. Сколько вопросов! — И страху? Ну вот и беда! Недаром я писал вам о позывах бежать от ректуры» [194, с. 654].