И на прежних поприщах его церковно–общественного служения жизнь его была поистине хождением пред Богом. «Надо добиваться того, чтобы непрестанно ходить пред Богом, со страхом и благоговеинством. Ибо Он везде есть и во всем Своем величии», — писал преосвященный Феофан [96, с. 433]. В своей собственной жизни он постоянно добивался этого, памятуя наставление одного из подвижников иноческой жизни — святителя Филарета (Амфитеатрова), митрополита Киевского, данное ему и другим молодым ученым инокам по пострижении их в монашество.
Но, не довольствуясь тем, что предоставляло ему для этого служение общественное с его разного рода отвлечениями от всецелого посвящения себя служению Богу, исканию «единого на потребу», «он сперва удалился добровольно от дел общественного служения и водворился в пустыни, чая Бога, спасающего его от малодушия и от бури, а затем, когда увидел, что при общежительных условиях иноческой жизни в пустыни Вышенской все же многое препятствовало ему всецело предаться Богу и уединенно беседовать с Ним Единым, перешел к полному затвору» [200, с. 185–186].
Живя в затворе в Вышенской пустыни, епископ Феофан чувствовал в своей жизни «бездну милосердия Божия» [144, с. 35–36], считал «Вышу — жилищем Божиим, где Божий небесный воздух» [161, с. 261]. Уединение для Владыки было «слаще меда» [139, с. 15], и поэтому он уже частично испытывал райское блаженство. «Правда, бывали минуты, когда и он сам допускал, и другие внушали ему мысль о возвращении к общественному служению в звании епархиального архиерея, ввиду полноты сил душевных и телесных, которыми он еще обладал. Но скоро мысль о высокой цели пустынничества — о том, что в пустынном уединении он несет особого рода службу Церкви, побеждала всякую мысль о возвращении в мир» [200, с. 186].
И в 1875 году, когда из Киева поступило предложение святителю опять вернуться на епархиальную службу, то в ответном письме уже слышится твердый тон решимости не оставлять затвора: «Ваше желание, чтоб и мне воротиться на старое, неудобоисполнимое. Ибо жизнь эта — рай» [133, с. 11].
В 1879 году святителя Феофана приглашал в Японию отец Николай Касаткин. «Владыка ваш [20] пишет Тамбовскому, — сообщил святитель–затворник своим почитателям, — что отец Николай Японский просит предложить Вышенскому, не согласится ли он потрудиться в Японии. Вышенский отписал Тамбовскому, что не хочет: поясница грызет. Слепому куда ехать? А потом отписал то же и Питерскому» [144, с. 118].
Во время пребывания в затворе в Вышенской пустыни епископ Феофан боролся с мыслями и желаниями о переселении в какуюнибудь другую обитель, считая это за искушение в духовной подвижнической жизни. В ответ на приглашение для жительства в Киево–Печерскую Лавру владыка писал: «У достопочтеннейшего отца Антипы прошу святых молитв о моей грешности. Речь его хорошая о том, чтобы в Лавре была архиерейская служба; но избранный ими архиереишка никуда негож, не только в святую Лавру. Желания быть покрываему и ограждаему лаврскою святынею нельзя не иметь; но на то дело я негож. Мне одно пригоже — сидеть, да если б прибавить к сему — плакать, чего окаменелое сердце мое никак не допускает» [133, с. 20].
В 1873 году епископа Феофана пригласили переехать на Святую Гору Афон. «Мне приходит в голову — поехать на Афон для перебора отечников. Если б здесь уснуть, а там проснуться, — дело. Сейчас бы махнул. А то… у! у! у! — даль какая! Я не пячусь. За предложение пантелеимоновцев благодарствую. Но ведь туда надо направляться святым, а грешить‑то и на Выше удобно. Так какая нужда переселяться» [144, с. 44,49). «Самый лучший порядок жизни для меня тот, который теперь держу» [134, с. 43].
О затворнической жизни епископа Феофана сохранилось очень мало сведений. Сами иноки Вышенской обители мало знали о ней; даже келейник, ближайший к нему человек, и тот не был посвящен в эту жизнь, являясь только по зову и на короткое время. Однако об этом периоде жизни епископа Феофана можно составить некоторое представление частью по его письмам, по его творениям, частью по свидетельству лиц, изредка видевших его, а также по тому, что открылось в его келиях после его кончины.
Порядок обыденной жизни епископа Феофана был очень прост, но соблюдался строго. Вставал святитель очень рано. Совершив келейное правило, он шел в свою домовую церковь и там служил утреню и литургию, усердно молясь Богу обо всех живых и умерших христианах. В сумочке, висевшей возле жертвенника, найдено было по смерти епископа Феофана много записок о здравии и о упокоении, которые святитель читал на церковной службе.