Вокруг новопоставленного иеромонаха, вследствие необычности всего его поприща и пострига, развивалась большая молва, рос интерес к его личности, что, естественно, мешало устроению его духа. Он просился обратно в Дионисиев-Глушицкий монастырь, но владыка Стефан удерживал его желание, так как готовил его к ответственной деятельности. В январе 1832 года, когда иеромонаху Игнатию еще не исполнилось и 25-ти лет, преосвященный Стефан назначил его настоятелем в Пельшемский Лопотов монастырь, дав ему звание строителя. Должен был начаться новый период жизни и деятельности подвижника Божия. Все, приобретенное им в светских науках и в знании о законах внутренней жизни иноков, должно было послужить теперь воссозиданию обители в должности ее настоятеля.
Лопотовым монастырем иеромонах Игнатий управлял свыше двух лет, восстанавливая его внешне и внутренне. Сам в это время помещался в ветхой сторожке у Святых врат, нес великие труды, но радовался душою, как это явствует из его писем того времени к друзьям. Сюда же вернулся из Псковской губернии и друг строителя Игнатия Михаил Чихачев, которого настоятель со временем постриг в рясофор, продолжая, таким образом, оставаться его духовным отцом и руководителем.
Состояние монастырей молодой строитель знал по опыту, а потому восстанавливал все постепенно, относясь к братии, по слову отца игумена Марка, «с отеческой строгостью и с материнской любовью»[41]. Административные способности он унаследовал от отца, а знания его как инженера помогали ему в созидании построек монастыря, пришедшего в полный упадок. Владыка Стефан, утешаясь деятельностью настоятеля, довольно скоро возвел иеромонаха Игнатия в сан игумена.
Находясь сравнительно недалеко от родного дома, игумен Игнатий имел возможность посещать Покровское и общаться со своей матерью, которая была серьезно больна. Она скончалась летом 1832 года, примирясь с сыном и обретши в нем непостыдное упование. Сын-иеромонах сам совершил ее отпевание.
Вместе с тем здоровье настоятеля не выдерживало сырого и болотистого климата монастыря со множеством испарений, почему верный друг Чихачев решил хлопотать о переводе игумена Игнатия в иные климатические условия. Поездка Чихачева в Петербург и беседа его с митрополитом Филаретом Московским уже приводила к тому, что игумену Игнатию давался в управление Николо-Угрешский монастырь под Москвой. Однако во всем необычная судьба избранника Божия — будущего епископа Игнатия — сложилась иначе: сам император вмешался в имеющее быть его назначение под Москву. Игумен Игнатий был срочно вызван в Петербург, где ему было предложено восстановление Троице-Сергиевой пустыни, расположенной неподалеку от Петербурга, в должности ее настоятеля. Игумен Игнатий принял распоряжение, признавая, как всегда и во всем, действие ведущего его судьбу Промысла Божия. Это была та обитель, которую в бытность свою студентом Инженерного училища он избегал посещать, поскольку она не имела тех духовных достоинств, которые он всегда искал.
1 января 1834 года игумен Игнатий был возведен в Казанском соборе Петербурга в сан архимандрита и здесь же принял настоятельство Сергиевой пустыни. Его ожидали неописуемые труды по восстановлению обители — внешнему и внутреннему. Самое местоположение монастыря было неудобным. Он стоял на перепутье людных дорог, ведущих из столицы в сторону Петергофа. Наконец, и климат обители, расположенной на берегу Финского залива, был сырым, насыщенным туманами. Строения монастыря находились в таком состоянии, что настоятель должен был поселиться в здании инвалидного дома, где и расположился в двух комнатах со своей братией, состоящей из восьми человек. Восстановление монастыря началось тут же по приезде отца Игнатия и продолжалось четыре года. Первым был возобновлен храм преподобного Сергия.
Внутренний порядок в жизни обители также требовал неусыпного внимания отца настоятеля. Было восстановлено уставное церковное богослужение, хоровое пение, благочиние во внешнем поведении монахов, которых ко времени приезда нового настоятеля было всего 13 человек. Все это пришлось архимандриту Игнатию взять на свои плечи и как администратору, и как руководителю духовной жизни. В его внешних трудах большой опорой для него был его друг, инок Михаил Чихачев.