Святитель Иоанн заботился не только о богослужении, но и об образовании клириков. В курсе пастырского богословия, о котором мы уже упоминали, владыка подчеркивал, что «в исключительные времена, когда люди не имеют возможности обычным способом получать знания, Бог дает исключительные дары. Но в мирные времена, когда нет никаких помех, Бог требует от людей самим потрудиться, чтобы достичь всего необходимого с помощью Божьей. Готовящимся стать священниками и пастырями Христовой Церкви нужно хорошо знать богословские науки и вспомогательные дисциплины, необходимые для того, чтобы их труд был полезен. В противном случае на них исполнится пророчество Осии: ...ты отверг ведение, то и Я отвергну тебя от священнодействия предо Мною (Ос. 4, 6)»102. Отец Илия Вень вспоминает: «В Шанхае каждый четверг бывало пастырское совещание. Если кто отсутствовал, то владыка от него требовал рапорт-объяснение. На этих совещаниях больше всего времени уделялось вопросам богослужебным. Владыка спрашивал духовенство об особенностях некоторых предстоящих служб, проверяя знания (священнослужителей)»103. Эту строгость архиерея по отношению к клиру некоторые воспринимали в штыки – до такой степени, что какой-то священник во время своей проповеди ругал владыку, указывая на него пальцем. Владыка продолжал стоять на своем месте, нисколько не реагируя на нападки своего священника. Многие возмутились таким недостойным для священника поведением по отношению к своему архиерею и просили владыку наказать его, но владыка ничего не предпринимал, говоря, что это его личное дело104.
Что касается других сторон подвижнической жизни святого, то, как пишет один из близких к нему в те годы клириков, «жизнь праведника является тайной, открытой лишь Богу, владыка жил сокровенной жизнью о Боге»105. Как и в Югославии, так и везде, где бы он ни находился до конца своей земной жизни, он никогда не спал на кровати. Он ежедневно в 4 часа утра принимал холодную ванну, даже зимой. Вкушал он пищу (при этом совсем скудную) всего лишь раз в сутки, да и то вечером. Во время Великого поста можно было видеть, что он не позволял себе даже садиться. Владыка Иоанн носил недорогую одежду китайского производства, тапочки или сандалии без носков, какая бы ни стояла погода. Приютские дети однажды очень удивились, увидев, что носки, связанные ими для владыки, носят нищие на улице.
Такая добродетельная жизнь таит в себе опасности для подвижника. Ведь православной традиции свойственно вполне обоснованное недоверие к чрезмерным аскетическим трудам, особенно у молодых неопытных монахов, рискующих впасть в прелесть. Некоторые архиереи предупреждали об этом молодого епископа в своих письмах. Но владыку Иоанна такие предостережения ничуть не обижали, что говорит о его подлинном подвижническом духе. Он пишет в ответ архиепископу Виталию (Максименко, † 1960): «О моих чрезмерных якобы трудах рассказывают много лишнего, преувеличивая действительность. Мне уже несколько иерархов писало также о том, с глубокою благодарностью принимаю наставления моих старших собратьев и постараюсь поступать благоразумно, как нужнее Церкви»106. Строгий по отношению к самому себе, он всех призывал к рассуждению, которое, согласно святым отцам, является самой большой добродетелью. Одному из священников он написал так: «Ваши труды соразмеряются с Вашими силами, дабы, не напрягши их чрезмерно, совсем потом не быть в состоянии работать»107. Молодым владыка Иоанн советовал избегать крайностей; вот что рассказывает отец Георгий Ларин: «Владыка Иоанн стал для меня идеалом, и я решил во всем ему подражать. Однажды во время Великого поста я перестал спать на кровати, а ложился на пол, перестал обедать со своей семьей, перешел на хлеб и воду и т. д. Мои родители расстроились и привели меня к доброму епископу. Услышав их жалобы на меня, он приказал служителю пойти в магазин и принести болонскую колбасу. В ответ на мои слезы – “сейчас все же Великий пост!” – мудрый архипастырь велел мне съесть принесенную колбасу и всегда помнить, что послушание родителям важнее самовольного поста... Помню, как я сердился, что он не назначил мне какого-нибудь “специального” аскетического подвига»108.