Таким образом, Григорий и Афинодор остались в Кесарии и сделались учениками Оригена. Теперь началось самое обучение. Прежде всего Ориген приступил к подготовке почвы для будущего посева. Он подверг своих новых учеников самому тщательному испытанию, чтобы определить действительные познания их, очистить от заблуждений, приучить к упорядоченности и отчетливости в мышлении, обуздать неразумную стремительность; вместе с этим для учеников должна была наглядно выясниться недостаточность их собственных познаний и необходимость дальнейшего научения. Этот процесс подробно описан св. Григорием в его благодарственной речи Оригену. Св. Григорий говорит, что Ориген поступал с ними, как земледелец с землей, соленой, сожженной, каменистой и песчаной, невозделанной и бесплодной, или же с землею, которая, хотя и не совсем бесплодна и, по крайней мере, не лишена растительности, даже тучная, однако не обработана, оставлена в пренебрежении, поросла тернием и диким кустарником; или же как садовник с деревом, которое нуждается в прививке, не обрезано, не полито, запущено и задушено многими лишними ростками, которые бесцельно вырастают на нем и взаимно мешают достигать совершенства; так и Ориген овладел св. Григорием и со свойственным ему искусством осмотрел, проник не только в то, что видимо всем и усматривается на поверхности, но и глубоко вскопал и исследовал самые внутренние основания души. Он предлагал вопросы, разбирал его ответы; когда находил в нем что-нибудь пригодное и небесполезное, то останавливался на нем и начинал „вскапывать, перепахивать, поливать“, прилагал все свое искусство и заботливость и тщательно возделывал; терния и волчцы обрезывал и удалял своими обличениями и запрещениями. Когда ученик обнаруживал неуравновешенность и непокорность, он посредством сократического метода, доказательствами из его собственных уст успокаивал его и приводил в повиновение. Св. Григорий сознается, что сначала ему было тяжело и не безболезненно, потому что он не привык еще к таким приемам и не упражнялся в том, чтобы подчиняться доводам разума (§§ 98–98).
Очистив таким образом почву и подготовив св. Григория к усвоению истинно–научных знаний, Ориген начал сообщать различные части философии и прежде всего логику и диалектику; он приучал его всегда держаться поставленной цели, ни в каком случае не уклоняясь с прямого пути, заставлял не без рассуждения соглашаться с тем, что бы ни попадалось, но точно исследовать не только то, что бросается в глаза и с виду кажется истинным, не только внешнюю сторону, но главным образом внутреннюю сущность каждой вещи, самому стараться убедиться в достоинстве ее и только тогда соглашаться с внешним впечатлением и высказывать суждение относительно каждого отдельного явления. Этим он развивал в св. Григории по законам логики способность критически оценивать отдельные выражения и обороты речи (§§ 99–106). В этом отношении Оригену, по–видимому, пришлось бороться с некоторыми привычками Григория, усвоенными им в школе ритора (ср. § 107).
Рядом с этим формальным развитием шло и обогащение Григория положительными знаниями и прежде всего из области естествоведения. „Я был изумлен, — говорит св. Григорий, — величием и чудесами, а также разнообразным и премудрым устройством мира, и я дивился, хотя и без разумения, и совершенно поражен был глубоким благоговением, но, подобно неразумным животным, не умел ничего объяснить“(§ 109). Ориген исследовал и объяснял каждый предмет в отдельности до самых первоначальных элементов, потом делал обобщения как относительно отдельных предметов, так и всей их совокупности, пока своим научением и ясными доводами не вложил в его душу разумного удивления пред священным управлением вселенной и совершеннейшим устройством природы (§§ 110–112). Точная геометрия и парящая в высотах астрономия завершали эту часть учебного курса, — геометрия со своими ясными и несомненными основаниями составляла как бы опору и крепкий фундамент для всего, а астрономия возводила до высочайших областей: „чрез обе названные науки он, как бы посредством лестницы, возвышающейся до небес, делал для меня доступным небо“, — говорит св. Григорий (§§ 113–114).