Одним из первых его мероприятий была конституция Sede vacante, "При незамещённом первосвятительском престоле", от 20 января 1904 года; в ней авторитетно указывалось на отсутствие каких бы то ни было прав правителей государств заявлять вето на конклавах. Запрещалось произносить такое вето под страхом отлучения от Церкви. Это постановление Пия X было вызвано вышеупомянутым выступлением Австрийского императора.
Несколько дней после своего восшествия на папский престол, Пий X возвёл в кардинальское достоинство и назначил "Государственным Секретарём" - высшим в Католической Церкви ответственным лицом после папы-совсем ещё молодого епископа Рафаила Мерри дель Валь. Этим актом новый папа показал, что он ценит выше всего святость и что он не связан националистическими предрассудками. Владыка Рафаил был действительно прелатом глубокой, чисто священнической, жизни, он был как бы овеян благодатью; он был испанцем, а мать его 1 была англичанкой. До самой смерти Пия X, кардинал Мерри дель Валь был его верным сотрудником и безропотно нес тяжкое бремя "государственного секретаря , то есть представителя Церкви в сношениях с разными правительствами и главами государств.
На послов при Св. Престоле новый папа произвёл огромное впечатление. Они были поражены не только его святостью, его простотою и отеческой приветливостью, но и его отчётливым пониманием подчас весьма сложных международных вопросов. Прусский посол сказал однажды кардиналу Мерри дель Валь: "Есть что-то загадочное в этом папе, достаточно на него посмотреть, чтобы испытать чарующее впечатление". А верующие сразу увидели в нем как бы "старца старцев", как выражался о папе Константин Леонтьев.
ГОНЕНИЕ НА ЦЕРКОВЬ ВО ФРАНЦИИ
Первым тяжким крестом, который выпал на долю нового папы, страстотерпца как и все великие римские первосвятители, были попытки французских антиклерикалов уничтожить Церковь во Франции. Парламентское большинство и правительство этой страны давно уже были в руках масонов, отъявленных врагов христианства и Церкви, в особенности "Ватикана". С 1880 года не прекращались проявления этой враждебности: травля в печати, препятствия делаемые епископам в управлении епархиями, конфискации церковного имущества, постепенная "ликвидация" монашеских орденов, принудительная воинская повинность для всех священников и т. д. В народных массах велась систематическая и упорная пропаганда, неизменной целью которой был отрыв французской Церкви от Рима, превращение её в независимую от папы национальную Церковь.
В июле 1904 года премьер-министр Комб, достигший печальной знаменитости своим воинствующим атеизмом, в одной своей речи хвастался тем, что он закрыл 13.900 католических школ и готов закрыть ещё оставшиеся (около 3000). Безбожное правительство под различными предлогами вмешивалось в чисто канонические вопросы и, наконец, прямо запретило непосредственные сношения епископов со Св. Престолом. Ложи яростно оспаривали право папы назначать епископов.
30 июля 1904 года французское правительство в грубейшей форме порвало дипломатические сношения с Ватиканом.В нунциатуре был сделан обыск с целью найти какой-либо предлог для дальнейших преследований духовенства. Узнав об этом новом "подвиге" атеистов, Пий X сказал своему сотруднику, кардиналу Мерри дель Валь: "Будем взирать на распятие и смело идти вперёд, ибо мы на хорошей дороге". В декабре 1905 года французским парламентом был принят закон об "отделении Церкви от государства".
Мы теперь все знаем, что обозначает эта старая лживая формула: под ней понимается порабощение Церкви государством и использование её для антирелигиозных целей. Весь смысл этого закона был в замене католической Церкви независимой от Рима национально-государственной лже-Церковыо. По этому закону, республика вскоре приступила к изгнанию монахов и монахинь из монастырей, конфискации благочестивых пожертвований и вкладов, распродаже имущества некоторых церковных учреждений и т. д.