Лишь на девятый год служения о. Алексия народ пошел в храм святителя Николая в Кленниках.
В Синодальный период частое причащение не приветствовалось — обычно все исповедовались и причащались лишь раз в году — Великим постом. Но о. Алексий, подобно отцам Иоанну Кронштадтскому и Валентину Амфитеатрову, советовал обращавшимся к нему чаще приступать к исповеди и причастию. Вообще в Никольском храме, где настоятельствовал о. Алексий, можно было в любой день исповедаться и причаститься. Со временем это стало Москве известно.
Скорбящие, обремененные горестями жизни, опустившиеся люди потянулись в этот храм. От них пошла молва про его доброго настоятеля.
Как-то раз после ранней литургии, в будний день к о. Алексию подошел пьяный в ободранной одежде и сказал: «Я совсем погиб, спился. Погибла душа моя. Спаси, помоги мне. Не помню себя трезвым. Потерял образ человека». [1, с. 29] В ответ о. Алексий обнял его и сказал: «Голубчик, пора нам с тобой уже перестать пить винцо-то». [1, с. 29] После этого Василий — так звали пьяного — просил молитв батюшки. Тогда о. Алексий ведет его к амвону и при открытых царских вратах начинает торжественный молебен. По окончании молебна батюшка трижды осенил Василия крестом и, дав ему просфору, троекратно поцеловал. А некоторое время спустя в Никольский храм зашел благообразный, прилично одетый мужчина и просил о. Алексия отслужить благодарственный молебен. — Это был Василий. — Он бросил пить, нашел хорошую работу и устроил свою жизнь.
Другой случай, когда стоящему на посту городовому показалось подозрительным хождение неизвестной в очень ранний час по берегу Москвы-реки. Подойдя, он узнал, что женщина впала в отчаяние от тягот жизни и пришла топиться. Он убедил ее оставить это намерение и пойти на Маросейку к о. Алексию.
Постоянно накапливаемый опыт со временем дал о. Алексию возможность почти с первого взгляда понимать человека и видеть то, в чем он нуждается именно в данный момент.
Смерть жены
Супруга о. Алексия, матушка Анна Петровна, всегда была слабого здоровья. Сложные условия жизни еще более расстроили ее здоровье. Со временем материальное положение семьи выправилось, но к тому времени матушка уже была тяжело больна — у нее началась сердечная водянка с большими отеками и мучительной одышкой. Ее состояние было таким, что она уже не могла без одышки и отеков нагнуться и обуться.
Отец Алексий горячо молился о ее здоровье. Уходя в храм, он боялся, что она может умереть в его отсутствие. Она жестоко страдала и стала просить о. Алексия перестать ее вымаливать. Скончалась Анна Петровна 29 августа 1902 года в день Усекновения главы Предтечи и Крестителя Господня Иоанна.
Смерть жены потрясла о. Алексия. Надгробное слово по супруге он произносил, обливаясь слезами. Эта скорбь не оставила его до кончины — уже много лет спустя он не скрывал, что после смерти супруги чувствует себя осиротевшим, поскольку лишился спутницы жизни, знавшей все его слабости и любившей его.
Первое время по кончине жены о. Алексий страшно убивался. Вот как он сам говорил об этом: «Господь посещает наше сердце скорбями, чтобы раскрыть нам сердца других людей. Так было в моей жизни. Случилось у меня большое горе — лишился я подруги жизни после многих счастливых лет совместной жизни. Господь взял ее — и для меня померк весь свет. Заперся я у себя в комнате, не хотел выходить к людям, изливал свою скорбь пред Господом». [1, с. 35]
В то время в Москву приехал о. Иоанн Кронштадтский. Купеческая семья Беловых, жившая на Маросейке, была знакома с о. Иоанном по делам благотворительности. Они пригласили о. Иоанна Кронштадтского к себе. Сделано это было для встречи с кронштадтским пастырем о. Алексия.
«Вы пришли разделить со мной мое горе?» — спросил о. Алексий, когда вошел о. Иоанн. «Не горе твое я пришел разделить, а радость, — ответил о. Иоанн, — тебя посещает Господь. Оставь свою келью и выйди к людям; только отныне и начнешь ты жить. Ты жалуешься на свои скорби и думаешь — нет на свете горя больше твоего, а ты будь с народом, войди в чужое горе, возьми его на себя и тогда увидишь, что твое несчастье мало, незначительно в сравнении с общим горем, и легче тебе станет». [1, с. 35]
При этом о. Иоанн посоветовал о. Алексию обратиться к молитве, сказав: «Обратите внимание на молитву, она облегчит ваши жизненные скорби и даст много утешения другим». [1, с. 36]
После встречи с праведным Иоанном Кронштадтским о. Алексий был приглашен сослужить с ним в одной из московских церквей. Благодать Божия, обильно почивающая на кронштадтском пастыре, по-новому осветила жизненный путь о. Алексия. Сказанное ему он принял как возложенное на него послушание. Батюшке о. Алексию открылись новые горизонты.