Знания для того времени кадеты получали отменные. Математика и астрономия, кораблестроение и такелажное дело, иностранный язык и танцкласс, картография и «художества». Командиры академии были люди широких, державных взглядов, обычно неутомимые и предприимчивые труженики во благо русского флота. Вначале это были петровские вельможи А. А. Матвеев, графы Ф. М. Апраксин, А. Л. Нарышкин, Д. Вильстер, князь В. А. Урусов, П. К. Пушкин, А. И. Чириков, А. И. Афросимов и А. И. Нагаев.
А. И. Нагаев принимал с самого начала деятельное участие в образовании Морского шляхетного корпуса и восемь лет был его директором. Собственно, директором Нагаев не был, но управлял на его правах восемь лет. Человек он был решительный, наводил порядки твердой рукой и даже вошел в столкновение с Адмиралтейств-коллегией, исключив «за неприлежностью» 60 учеников, «не способных к наукам» и дурного поведения, взамен них принимал иных, направленных из герольдий. Нагаев сформировал новый состав учителей и представил Адмиралтейств-коллегии список морских офицеров: Петр Чаплин, Григорий Спиридов, Харитон Лаптев, Евстафий Бестужев, Иван Голенищев-Кутузов, Егор Ирецкий, Иван Шишков и другие. Этот же состав с небольшими изменениями застал и Ушаков.
В 1760 году Нагаева сменил капитан 1-го ранга А. М. Давыдов, «привести корпус в должный порядок» Адмиралтейств-коллегия поручила Ф. С. Милославскому, хлопотавшему об увеличении средств, расширении прав директора, об улучшении преподавания иностранных языков, работы типографии и отводе места для корпусного огорода… Моряки должны были сами себя прокормить в то неустойчивое время. Однако в 1762 году деятельность Морского корпуса чуть не прекратилась. Петр III повелел собрать из кадетских корпусов (сухопутного, морского) один, поручив его «в управление Главного директора Ивана Петровича Шувалова». Передача служащих и воспитанников в единый корпус была остановлена через несколько месяцев, уже по восшествии на престол Екатерины. Нет нужды описывать, как довольны были будущие морские офицеры этому и сколь горячо приветствовали решение императрицы, высказанное в Сенате «отделить Морской корпус от сухопутного».
В 1762 году Морской шляхетный кадетский корпус принял под директорство капитан 2-го ранга Иван Логинович Голенищев-Кутузов, ставший позднее адмиралом и даже президентом Адмиралтейств-коллегии. Под его началом Кадетский корпус начал расцветать.
Таким образом, Ушаков захватил как бы два периода: когда вообще ставился вопрос о целесообразности существования Морского кадетского корпуса и период его расцвета. Захватил он плац-парадную муштру при Петре III и заботливое желание педагогов и командиров приобщить кадет к самым последним достижениям мореходных наук.
Голенищев-Кутузов оказался недюжинным организатором. Он взялся организовать теоретическое обучение, совершенствовать практические навыки. Пригласил лучших преподавателей, очертил круг их обязанностей. В первую очередь определил обязанности профессора математики и навигации, от которого потребовал «обучать кадет высшим наукам», «учителям давать наставления», а «ученикам большой астрономии читать лекции в математических классах». Из учеников большой астрономии выросли будущие преподаватели, а из математических классов после различных перемен выросли офицерские классы при Морском корпусе (впоследствии Николаевская морская академия).
Кадет обучали французскому, английскому и немецкому языкам, так как «и знание иностранных языков очень нужно для морского офицера в его службе, ибо морской офицер в своей службе имеет частые сношения с иностранцами и, кроме того, для достижения совершенства в своем искусстве должен читать иностранные книги о мореплавании, каких книг на русском языке, кроме самого малого числа их, вовсе нет». До этого обучение языкам велось из рук вон плохо и, по словам И. Л. Кутузова, «от начала корпуса с 1752 года ни единого офицера, знающего иностранные языки, из оного не выпущено». Возможно, и преувеличивал, дабы подчеркнуть свое рвение, новый директор, но доводы его были убедительны, и Адмиралтейств-коллегия увеличила число учителей иностранных языков. Кутузов «демократизировал» корпус, обратившись с просьбой оставить при нем 50 учеников из низших сословий, из так называемой «русской школы». Директор видел в них «рвения великие» и предлагал производить самых способных в учителя, других в типографские служители при Морском корпусе, мастера для инструментальной мастерской, «адмиралтейства» или «для художеств».