Особую роль сыграл флот в Семилетней войне (1756–1763), в которой он вновь приобрел необходимый опыт и в некоторой степени восстановил заслуженную славу. В этой войне Россия после двадцатилетнего перерыва выступила как морская держава. Ее флот имел задание подавить на море Пруссию и отразить поползновение ее союзника — британского флота на Балтике.
Выход в море Балтийской эскадры адмирала Машукова показал, однако, слабую выучку, плохое качество подготовленных к плаванию кораблей, их «гнилость», неумение сберегать продовольствие, большую смертность среди моряков. Вот что, например, сказано было об этом первом выходе в море в «Материалах для истории русского флота»:
«Пройдя Готланд и Дагерот, отряд попал в туман. 3 мая ветер начал свежеть и усиливаться. На судах стали спускать нижние реи и стеньги, причем на бомбардирском корабле «Юпитер» сломало бушприт… затем сломалась у него фок-мачта, упавшая в середину корабля; при этом падении переломилась фор-стеньга и грота-рей и сломалась грот-брам-стеньга. Бурная погода продолжалась и на следующий день. На корабле «Гавриил» на баке отделило борт и покачнулись с планширями все 8 кнехтов, за которые крепится пертулень и рустов, и оказалась в них гнилость, потом разломились в трюме, около грот-мачты, ящики, из которых выкатывались ядра. В носовой части корабля позади крюйт-камеры и против грот-мачты открылась большая течь. Бомбардирский корабль «Дондер», претерпевая сильное волнение, не мог держаться на море и, заливаемый волнами при сильной качке… давал знать пушечными выстрелами о своем опасном положении. Корабль «Гавриил», подошедший для оказания помощи… попал на банку, о которую ударился так сильно, что руль приподняло на кряжах и сломало румпель… На «Селафаиле» открылась течь… на праме «Дикий бык» — трещина в бушприте».
Тяжелую трепку устроило море эскадре, выявив неподготовленность, халатность, неумение. Но такой шторм давал и опыт, превращал молодого офицера в закаленного «морского волка», а новобранца — в моряка, бывалого матроза (так называли в XVIII веке матросов). Обкатанный ветрами и штормами флот исполнил и ряд серьезных морских операций. Так, в начале кампании русские корабли бомбардировали крепость — город Мемель (Клайпеда) и способствовали ее падению, организовали бесперебойное снабжение завоеванной Восточной Пруссии и Кенигсберга.
В 1758 году флаг командующего Балтийским флотом адмирала Машукова был поднят на 80-пушечном корабле «Святой Николай», капитаном которого являлся Григорий Спиридов. Поднял свой флаг и контр-адмирал Семен Мордвинов. Адъютантом главнокомандующего был Иван Голенищев-Кутузов. С этими именами история русского флота пересечется не раз.
Флот крейсировал на Балтике, доходя до Дании, приводя в трезвое состояние союзную прусскому королю Англию, обеспечивая постоянное и регулярное снабжение Восточной Пруссии из Либавы и Ревеля.
Самой успешной операцией флота, проведенной совместно с армией, явилась бомбардировка и взятие крепости Кольберг. Первый штурм ее был неудачен, и Конференция при высочайшем дворе и ее комиссия осудила неумелые действия флота. С 76-летним Машуковым поступили «по-божески», ибо он «справедливое наше неудовольствие уже довольно чувствует». Еще больше «опечалить» его в первый момент не решились, но все-таки легко удалили с действующего флота, сделав «присутствующим» в Адмиралтейств-коллегии.
Главнокомандующим флотом стал вице-адмирал Полянский. Он получил тщательную инструкцию от Конференции, пожалуй, даже чересчур тщательную, сковывающую инициативу флота, да она как таковая не всегда и поощрялась тогда. Как бы там ни было, но русская эскадра подошла к Кольбергу и включилась в общую осаду. Первыми в сражение вступили бомбардирские суда, и «денно и нощно», как отмечалось в «окстракте» шканечного журнала, «невзирая на прежестокую от неприятеля пальбу… они в самую близость города… приходили… стараясь неприятеля разорить… и искусством и порядочным наставлением… редкие бомбы миновали желаемых мест…». Затем Полянский высадил десант.