В 1880-х годах была сильная холера на юге России и свирепствовала особенно в городе Новомосковске, Екатеринославской губернии. Население по телеграфу обратилось к отцу Иоанну с просьбой помолиться. Получен был ответ: «Молюсь за вас». И с того дня холера прекратилась.
Протоиерей Филипп Лузгин рассказывает: «Молитвенным предстательством отца Иоанна спасена была моя 9-летняя дочь от неминуемой смерти. Дочь заболела дифтеритом. Врач, после долгих усилий спасти ее от смерти, уходя откровенно сказал: «Вряд ли дочь ваша перенесет эту болезнь, будьте готовы ко всему». Я тогда жил в г. Лепеле. Потеряв надежду на врачебную помощь, я поспешил на почту и дал телеграмму отцу Иоанну Кронштадтскому, прося его молитв об исцелении болящей Пелагии. Когда утром пришел врач и осмотрел горло болящей, то с радостью сказал: «Дорогие батюшка и матушка, ваша дочь получила полное исцеление, но сознаюсь, что не через мою медицинскую помощь, а это она чудесно спасена от смерти. Скажите откровенно, что вы делали?» Я и сказал, что телеграммой просил молитвенной помощи отца Иоанна Кронштадтского. И врач сказал: «Да, он великий пред Богом угодник».
Но к святому Иоанну обращались не только с просьбами об исцелении, многие просили совета и молитвенной поддержки Кронштадтского пастыря, надеясь изменить свою жизнь к лучшему. Наделенный от Бога даром прозорливости, отец Иоанн не отказывал и в такой помощи.
В отсутствие отца Иоанна приехала в Дом Трудолюбия какая-то молодая женщина откуда-то издалека, из Сибири. Она страшно волновалась, ожидая его, и много плакала, боясь, что ей придется уехать, не повидавшись с ним. Тетка моя, видя ее страдания, пожалела ее и уговорила переждать еще денек. Она взяла ее в свою комнату ночевать, а на другой день как раз вернулся батюшка. Он имел усталый вид и как будто куда-то торопился. Тетушка в коротких словах стала изливать перед ним свои скорби, а та женщина ничего не говорила, стояла сзади и только плакала от возбуждения и счастья. Батюшка, стоя к ней вполоборота, сказал: «Вот что, выходи ты замуж за того, кто сейчас к тебе сватается. Он будет тебе добрым мужем и детям твоим хорошим отцом». Затем повернулся и вышел. Молодая женщина, пораженная словами батюшки, бросилась тетушке на шею, целовала ее и говорила: «Затем я и ехала из такой дали, боялась, ради детей, выходить за него замуж». Насколько отец Иоанн оказался прозорлив, он сразу ответил ей на незаданный вопрос! Осчастливленная женщина спокойно и радостно вернулась к себе домой.
София Николаевна Жигмановская свидетельствует: «Мой отец, богатый офицер, Николай Михайлович Трубачев. Он вел беспечный образ жизни и часто кутил с Великим Князем Николаем Михайловичем. Постепенно состояние его стало уменьшаться, а кутежи и пьянство продолжались. Когда мне было 7 лет, а папе было около 30 лет, он исчез, и никто не знал, куда он девался. Потом оказалось, что он пошел пешком в Кронштадт к отцу Иоанну. Придя туда, он пошел в Андреевский собор. После службы, когда папа вышел из собора и находился в толпе, отец Иоанн, выйдя из боковых дверей алтаря, сел в карету и проезжал мимо. Неожиданно отец Иоанн остановил карету, подозвал из толпы моего отца и сказал ему: «Ты прошел такую даль, садись, поедем ко мне, мне нужно с тобой побеседовать» и посадил с собою и повез к себе. Очевидно отец Иоанн прозрел все Духом Святым. Отец Иоанн сказал отцу, что он очень хорошо сделал, что пришел к нему пешком, долго беседовал с отцом и с той поры отец перестал пить и курить».
Осознавая свое призвание, отец Иоанн не ждал, когда страждущие и нуждающиеся в утешении придут к нему – он сам стал ездить по всей Российской Империи, легко откликаясь на приглашение посетить ту или иную епархию. Не считая регулярных – еженедельных поездок в столицу, отец Иоанн Кронштадтский объехал всю европейскую часть России и западные губернии, включавшие в себя современную Прибалтику, Украину, Белоруссию. Во время этих поездок также совершались многочисленные чудеса и исцеления.
В г. Архангельске, после молебна в часовне св. Николая, жена одного состоятельного человека осталась стоять на коленях и стала грызть лежавшую на аналое икону Святителя Николая. Ее стали уговаривать, но она не унималась, тогда ее оттащили и свезли домой. Состоятельный человек, ее муж не жалел денег на врачей, но больная не получила от них решительно никакой помощи. Случайно приехал в Архангельск отец Иоанн. Муж больной просил отца Иоанна приехать к больной. Отец Иоанн спросил его: «Умеешь ли молиться?» и заставил его молиться вместе. Затем прошел к больной, положил ей руку на голову, прочел молитву и уехал. Больная заснула и, когда проснулась, была совершенно здорова.