Иоанн Сергиев много думал о добродетелях всепрощения, смирения и всепобеждающей любви и приходил к убеждению, что здесь – сила и центр христианства, что к Богу и торжеству Его правды ведет один путь – путь смиренной любви.
Он любил бродить по аллеям академического сада, который напоминал ему любимые северные архангельские леса, и размышлять о Жертве, принесенной на Голгофе Спасителем; он до слез жалел людей, которые не знают Христа, и рвался к ним проповедовать светлое Христово Царство. Он желал принять монашество и идти миссионером в далекий Китай или в глубь Северной Сибири, или в Америку. Но он видел, что и в столице, и ее окрестностях очень много работы истинному пастырю стада Христова. Он молился, чтобы Господь разрешил его сомнения, и увидел себя во сне священником, служившим в каком-то неизвестном соборе. Иоанн Сергиев увидел в этом сне указание Божие на то, что ему нужно быть священником.
Через несколько недель завершился четвертый год его студенчества. Вскоре Иоанн Ильич встретился с дочерью протоиерея К.П.Несвицкого из Кронштадта, Елизаветой Константиновной. Он сделал ей предложение, и по окончании курса они обвенчались.
В 1855 году Иоанн Сергиев окончил Академию. Позднее он с благодарностью говорил о приобретенных там знаниях: «При слабых физических силах я прошел три школы – низшую, среднюю и высшую, постепенно образуя и развивая три душевные силы: разум, сердце и волю. Высшая духовная школа имела на меня особенно благоприятное влияние. Богословские, философские, исторические и другие науки, широко и глубоко преподаваемые, уясняли и расширяли мое миросозерцание, и я, Божией благодатью, стал входить в глубину богословского созерцания. Прочитав Библию с Евангелием и многие творения святителя Иоанна Златоуста, святителя Филарета Московского и других церковных витий, я почувствовал особенное влечение к званию священника и стал молить Господа, чтобы Он сподобил меня благодати священства и пастырства словесных овец».
«Обильно открыл Ты мне, Господи, истину Твою и правду Твою. Через образование меня науками открыл Ты мне все богатство веры, и природы, и разума человеческого. Уведал я Слово Твое – слово любви, проходящее до разделения души же и духа нашего. Я изучил законы ума человеческого и его любомудрия, строение и красоту речи. Проник отчасти в тайны природы, в законы ее, в беседы мироздания и законы мирообращения; знаю населенность земного шара, сведал о народах отдельных, о лицах знаменитых, о делах их, происшедших своей чередой в мире, отчасти познал великую науку самопознания и приближения к Тебе – словом, многое, многое узнал я, так что с< вещая разума человеческого показа ми суть”.
Слава Тебе, Господи! Но я хочу знать больше, дух мой жаждет знания. Сердце мое не удовлетворяется, не сыто. Учусь и буду учиться».
С таким настроением готовился Иоанн Сергиев к принятию священного сана, к выходу на общественное служение, имея в душе и сердце апостольское повеление:
Вникай в себя и в учение; занимайся сим постоянно: ибо, так поступая, и себя спасешь и слушающих тебя (1 Тим. 4,16).
10 декабря 1885 года в соборе Петра и Павла в Санкт-Петербурге Преосвященный Христофор, епископ Ревельский, рукоположил Иоанна Сергиева во диакона, а 12 числа того же месяца – во иерея.
Молодого священника направили в Андреевский собор города Кронштадта: отец Иоанн занял место ключаря вместо своего, незадолго до этого скончавшегося, тестя – протоиерея Константина Петровича Несвицкого.
Началась самостоятельная, полная событий и переживаний пастырская деятельность. «Я поставил себе за правило сколько возможно искренне относиться к своему делу и строго следить за собой, за своей внутренней жизнью». Эти слова характеризуют всю жизнь отца Иоанна, его цели, устремления, правила и принципы.
Он поставил целью прежде всего заслужить любовь паствы, потому что только ее сердечное отношение может стать прочной поддержкой и утешением в трудном деле священничества. В сердце его сложился образ духовной деятельности: хранить в чистоте совести дары Духа Святого, сообщенные через рукоположение архипастырское; совершать богослужение ежедневно, приносить бескровную Жертву и молитвы о верующих; по прохождении земного пути предстать на Страшный Суд Вседержителя и дать отчет о делах не только своих, но и делах паствы, наставлять которую в деле спасения было ему поручено.
За первой литургией отец Иоанн обратился к своей пастве с такими словами: «Сознаю высоту моего сана и соединенных с ним обязанностей, чувствую свою немощь и недостоинство, но уповаю на благодать и милость Бога, немощная врачующую и оскудевающая восполняющую. Знаю, что может сделать меня более или менее достойным этого сана и способным проходить это звание. Это – любовь ко Христу и к вам, возлюбленные братья и сестры мои. Да даст и мне любвеобильный ко всем Господь искру этой любви, да воспламенит ее во мне Духом Святым».