Средоточением христианской жизни отец Иоанн считал молитву. Он, по завету Спасителя, воспринимал храм Господень прежде всего как дом молитвы и призывал людей молиться искренно, сердечно, глубоко, с верою в чудодейственную силу молитвы. «Всегда твердо верь и помни, что каждая мысль твоя и каждое слово твое могут несомненно быть делом». Ему была дарована сила христианина – дар помогающей и исцеляющей молитвы. Многих спасла его молитва.
В книге «Моя жизнь во Христе», вышедшей в свет в 1894 году, отец Иоанн рассказывает о плодах молитвы. «Младенцы Павел и Ольга по беспредельному милосердию Владыки и по молитве моего непотребства исцелились от одержавшего их духа немощи. Девять раз ходил я молиться с дерзновенным упованием, надеясь, что упование не посрамит, что толкущему отверзется, что хоть за неотступность даст мне Владыка просимое; что если неправедный судия удовлетворил наконец утруждавшую его женщину, то тем более Судия всех, праведнейший, удовлетворит мою грешную молитву о невинных детях, что Он призрит на труд мой, на упование мое. Так и сделал Владыка: не посрамил меня, грешника. Прихожу в десятый раз, – младенцы здоровы». Такова была сила молитвы этого великого пастыря. Относился он к молитве и Слову Божию с глубоким уважением, которое внушал и другим: «Во время молитвы и при чтении слова Божия надо иметь благоговение к каждой мысли, к каждому слову, как к Самому Духу Божию, Духу Истины».
Замечательны его слова о молитве священника за людей: «Какое высокое достоинство, честь, счастье – молиться за людей, за это драгоценное стяжание и достояние Божие! С какою радостью, бодростью, усердием, любовью надо молиться Богу – Отцу человеков о людях Его, купленных Ему кровью Сына Его!»
Почти ежедневно совершал отец Иоанн Божественную литургию в Андреевском соборе, где был штатным священником. «Есть люди, для которых литургия – все на свете», – писал отец Иоанн. Сам он решился как можно чаще совершать литургию, а в последние 35 лет своей жизни служил ежедневно, кроме тех дней, когда утро заставало его в пути или когда тяжело болел. Объяснял он это так: «Если бы мир не имел Пречистого Тела и крови Господа, он не имел бы главного блага, блага истиной жизни – живота не ймате в себе (Пн. 6,53)». Потому «Христос Спаситель и установил Таинство Причащения, чтобы изварить (т. е. очистить) нас огнем Своего Божества, и искоренить грех, и сообщить нам Свою святость и правду, сделать нас достойными райских селений и радости неизреченной. Какая безмерная благость и премудрость, какое милосердие и снисхождение к падшему верующему человеку, какое примирение грешника со Всесвятым! Какое очищение нечистых самой Пречистой и Всеочищающей Кровью Божией!» Отец Иоанн призывал тех, кто редко приступает к приобщению Святых Христовых Тайн, иногда, как бы в оправдание себе, говоря: «Мы не готовы, мы не достойны». «Такая мысль, – пишет отец Иоанн, – иногда подлинно происходит от смирения, и тогда она, конечно, не повредит союзу таких душ со Христом, подобно как не повредило тому смиренное суждение Петра, который сказал Христу: Выйди от меня, Господи! Потому что я человек грешный (Лк. 5, 8). Но надлежит осматриваться, чтобы под благовидным покровом имени смирения не притаилась наша холодность к вере и нерадение об исправлении жизни. Ты не готов – не ленись приготовиться. Ты недостоин – не достоин ни один человек общения со Всесвятым, потому что ни один не безгрешен; но как всякому, так и тебе предоставлено веровать, каяться, исправляться, быть прощену и уповать на благость Спасителя грешных и Взыскателя погибших. Ты говоришь, что недостоин. Таинства – есть долг Тайнодействователя, а не причастника Таинства. Пусть ты недостоин, но неужели же ты хочешь и остаться недостойным? Смотри: если ты беспечно оставляешь себя недостойным общения со Христом в этой жизни, то тем самым не подвергаешь ли ты себя опасности остаться недостойным общения с Ним и в Жизни Будущей? И если ты страшишься своего недостоинства, как и должно быть, и хочешь избавиться от него, то избавишься ли, удаляя себя от Христа, от Его благости, от Его жизни? Не лучше ли, не вернее ли, посильно исправляя свое недостоинство, прибегать ко Христу в Таинстве, чтобы принимать от Него и силу к более совершенному исправлению и преуспеванию в благоугождении Богу?