В отрочестве отец Иоанн не раз удостаивался чудесных явлений. С его слов игуменья Таисия рассказывает: «Однажды ночью Ваня увидел в комнате необычный свет. Взглянув, он увидел среди света Ангела в его небесной славе. Младенец смутился. Ангел успокоил его, назвавшись Ангелом Хранителем».
В 1839 году отец, с большим трудом собрав скудные средства, отвез Иоанна в Архангельское приходское училище. Однако учение на первых порах шло крайне туго: мальчик занимался целые дни и все равно не успевал. Его мучила мысль о родном доме, о нищете родителей; именно в это время он научился с особой болью ощущать чужую скорбь.
В записях отца Иоанна мы встречаем событие, похожее на эпизод из жития преподобного Сергия. «Ночью, – вспоминает он, – я любил вставать на молитву. Все спят, тихо. Не страшно молиться, и молился я чаще всего о том, чтобы Бог дал мне разума на утешение родителям.
И вот, как сейчас помню, однажды, был уже вечер, все улеглись спать. Не спалось только мне, я по-прежнему ничего не мог уразуметь из пройденного и не запоминал ничего из рассказанного. Такая тоска на меня напала, я упал на колени и принялся горячо молиться. Не знаю, долго ли пробыл я в таком положении, но вдруг что-то точно потрясло меня всего. У меня точно завеса спала с глаз, как будто раскрылся ум в голове, и мне ясно представился учитель того дня, его урок; я вспомнил даже, о чем он говорил, и легко, радостно так стало на душе, никогда не спал я так покойно, как в ту ночь. Тут засветало, я вскочил с постели, схватил книги, и – о счастье! – читать стало гораздо легче, понимаю все, а то, что прочитал, не только все помнил, но хоть сейчас и рассказать могу. В классе мне сиделось уже не так, как раньше. Все понимал, все оставалось в памяти. Дал учитель задачу по арифметике – решил, и похвалили меня даже. Словом, в короткое время я продвинулся настолько, что перестал уже быть последним учеником.
Чем дальше, тем лучше успевал я в науках, и к концу курса, одним из первых, был переведен в Семинарию».
В годы учения в Архангельской Семинарии религиозная настроенность Иоанна не ослабела. «Знаешь ли, – говорил он игумении Таисии, – что прежде всего положило начало моему обращению к Богу и еще в детстве согрело мое сердце любовью к Богу? Это – Святое Евангелие. У родителя моего было Евангелие на славяно-русском языке. Любил я читать эту чудную книгу, когда приезжал домой на вакационное время, а слог ее и простота речи был доступны моему детскому разумению. Я читал и услаждался ею, и находил в этом чтении высокое и незаменимое училище. Могу сказать, что Евангелие было спутником моего детства, моим наставником, руководителем, утешителем, с которым я сроднился с ранних лет».
В последние годы, проведенные в Семинарии, Сергиев увлеченно изучал богословие. От торопился запастись знаниями, еще не зная, когда и где придется ему приложить их. Особенно часто останавливалась его мысль на тайне искупления, домостроительстве спасения. В юноше росло сознательное религиозное чувство.
В 1851 году он с отличием окончил семинарский курс, и местное духовное начальство определило его на казенный счет в Петербургскую Духовную Академию; в то время это означало признание необычайного успеха.
Столица и Академия не изменили Иоанна Сергиева: он оставался так же религиозен, сосредоточен на внутренней жизни.
Когда в 1851 году скончался отец, Иоанн Сергиев в ущерб занятиям принял предложенное место письмоводителя в Академии с жалованием 9 рублей в месяц; все деньги он отсылал осиротевшим матери и сестрам. Кроме жалования, он получил еще и уединение. Письмоводитель, в отличие от студентов, пользовался «своей» комнатой, и контора стала местом его молитвенных и подвижнических трудов.
На заработок от переписи чьего-то профессорского сочинения он купил Толкование Иоанна Златоуста на Евангелие от Матфея и радовался покупке как «сокровищу из сокровищ».
Его товарищ по Академии, впоследствии протоиерей, Л. П-ов писал: «Чаще всего Сергиев беседовал со мной о смирении». «Смирение, – говорил он, – что может ему противится, какая злоба его победит, какая сила пойдет преградой против него?.. Когда остановишься перед преградой легкой и задашь себе вопрос, как сломить ее: силой или смиренной любовью, всегда отвечай себе: возьму смиренной любовью – и победишь».