Достичь такой любви можно только на пути самоотречения, очищения своей души. «Какое чистое сердце, чуждое всякого житейского пристрастия, должен иметь священник, чтобы быть ему вместилищем и носителем Божественной любви, любви святой, пламенной ко всему человечеству… чтобы приносить Богу бескровную жертву о всем мире».
Отец Иоанн неоднократно напоминал о нравственных требованиях к священнику: «Ты представитель веры и Церкви, о иерей, ты представитель Самого Христа Бога, ты должен быть образцом кротости, чистоты, мужества, твердости, терпения, возвышенного духа. Ты делаешь дело Божие, и ни перед чем не должен падать духом, никому не должен мстить, раболепствовать, а считать дело свое выше всех дел человеческих».
В редкие минуты отдыха отец Иоанн брал в руки перо и изливал на бумаге все, чем жила и дышала его душа. «Моя жизнь во Христе» – так называл он свой дневник. «Все содержащееся в нем есть не что иное, как благодатное озарение души, которого я удостоился от всепросвещающего Духа Божия в минуту глубокого к себе внимания и самоиспытания, особенно во время молитвы. Когда мог, я записывал эти благодатные мысли и чувства, и из этих записей многих годов составилась теперь книга».
Отец Иоанн был глубоким мыслителем, великим духовным пастырем и учителем Церкви. Его творения составляют около 4,5 тысяч печатных страниц.
Вера отца Иоанна была живой, деятельной; она влекла к бедному, нуждающемуся люду, побуждая его помогать бедным не только словом молитвенного и нравственного ободрения, но и материальными средствами. Горя любовью к Богу и ближним, он с самого начала своего священства служил делу благотворения – сначала в малой степени, без определенной системы, давая все, что имел. Он не разбирал, что привело человека к нищете и падению, а подавал потому, что человек нуждался.
Раздавая бедным все свои средства, отец Иоанн скоро убедился, что такая благотворительность недостаточна, чтобы удовлетворить нуждающихся, и бессильна в борьбе с общей бедностью. Поэтому в 1874 году он основал при Андреевской церкви православное христианское братство «Попечительство святого апостола Андрея Первозванного».
В 1872 году в «Кронштадтском вестнике» были напечатаны два воззвания к жителям Кронштадта. Отец Иоанн просил помочь бесприютным беднякам: «Подкрепим их нравственно и материально; не откажемся от солидарности с ними как с людьми и нашими братьями и докажем, что человеколюбие еще живо в нас и эгоизм еще нас не погубил. Как было хороню, если бы ради всех этих причин мы создали Дом трудолюбия. Тогда многие из бедных могли бы обращаться в этот дом с просьбой дать им определенную работу за вознаграждение, которое давало бы им средства для пропитания. И тогда наши бедняки трудились бы, жили мирно, благодарили бы Бога и своих благодетелей».
Люди приняли это воззвание и с радушием деятельно откликнулись на просьбу своего пастыря. Так отец Иоанн положил начало организованной благотворительности: в Доме трудолюбия нуждающийся отвлекался от тунеядства, получал помощь по труду. До конца дней своих щедрой рукою отец Иоанн оказывал помощь всем и каждому в отдельности просившему бедняку. Отец Иоанн всех любил, на всех у него хватало нравственной и материальной помощи; никому не было тесно в его сердце.
По одному могущественному слову и примеру отца Иоанна, а нередко и без всякого его слова почитатели его несли, посылали ему денежные средства, создавали благотворительные учреждения. По примеру отца Иоанна помогали бедным, учреждали стипендии в учебных и благотворительных заведениях, строили храмы, богадельни, школы, приюты.
В 1882 году открылся Дом трудолюбия – в 4 этажа, прекрасно оборудованный, с домовой церковью во имя святого Александра Невского. Здесь были устроены мастерские, в которых работали в течение года до 25 тысяч человек, женские мастерские, школа на 300 детей, детский сад, загородный летний дом для детей, сиротский приют, бесплатное призрение бедных женщин, народная столовая с небольшой платой и благотворительными обедами в праздники, огороды для снабжения живущих и работающих, библиотека, бесплатная лечебница, воскресная школа и многое другое. В 1888 году заботами и трудами отца Иоанна был построен ночлежный дом, а в 1891 году странноприимный дом. Помощь оказывалась всем нуждающимся, независимо от их социальной и религиозной принадлежности. Дом трудолюбия в Кронштадте стал образцом для учреждения таких же домов в столице и во многих провинциальных городах.