Вместе с тем сама деятельность митрополита была противоречивой. Петр Могила поддерживал дружеские отношения с польским королем Владиславом IV и магнатами, но вместе с тем боролся против Католической и Униатской церквей. Кроме того, еще был жив предыдущий киевский митрополит Исайя Копинский, который не думал отказываться от своих прав и имел в Киеве многочисленных приверженцев. До 1635 г. Исайя Копинский находился в Киево-Михайловском Златоверхом монастыре, позднее жил на Полесье, поддерживал связи с монастырями Полтавщины и выступал против церковной политики Петра Могилы. Человек он был простой, искренне верующий, нововведений ни в религии, ни в образовании не воспринимал. Объединившиеся вокруг него православные священники и монахи консервативных взглядов обвиняли митрополита в нарушении канонов Православной церкви, предательстве и переходе под власть Римского папы.
Студенты Киево-Могилянской академии.
Фрагмент гравюры. 1698 г.
Как писал Николай Иванович Костомаров: «У (Петра) Могилы не было недостатка в недоброжелателях, таковы были неученые и не достойные своего сана попы, которых он удалил от мест в значительном количестве. Кроме того, недоброжелательствовали ему все сторонники Исайи Копинского, и последний, как видно, сам говорил о неправославии сместившего его с митрополии соперника. Дурное мнение о Могиле и его учебном заведении распространилось между казаками, всегда готовыми на суровую расправу с теми, кого считали врагами веры. И вот дело дошло до того, что однажды (в 1635 г.) толпа народа, предводительствуемая казаками, собиралась броситься на коллегию, сжечь ее и перебить наставников. «Мы, — писал потом один из наставников, Сильвестр Коссов, тогдашний префект киевской коллегии, — исповедовались и ожидали, что нами начнут кормить днепровских осетров, но, к счастью, Господь, видя нашу невинность и покровительствуя образованию народа русского, разогнал тучу предубеждений и осветил сердца наших соотечественников; они увидели в нас истинных сынов Православной церкви, и с тех пор жители Киева и других мест не только перестали нас ненавидеть, но стали отдавать к нам в большом количестве своих детей и величать нас Геликоном и Парнасом (горы в Греции, по мифологии, там жили богини-музы, покровительницы наук и искусства)».
Борьба Исайи Копинского и Петра Могилы была на руку противникам православия. Например, киевские иезуиты, действуя исподтишка, подливали масла в огонь. По некоторым данным, именно они распространяли по городу слухи, что в Киево-Могилянской коллегии все преподаватели неправославные и воспитывают учащихся «в латинском духе». Когда попытка спровоцировать православных жителей Киева на разгром коллегии провалилась, иезуиты с униатами послали жалобу королю, обвинив Киево-Могилянскую коллегию и протестантизме, и на этом основании потребовали ее за крыть. Но и эта попытка не удалась. В 1640 г. против коллегии была совершена провокация. В корчме был задержан один из студентов Киево-Могилянской коллегии, Его обвинили в «бесчинствах» и без особых разбирательств казнили по приказу киевского каштеляна. Все это было рассчитано на то, что студенты испугаются и покинут учебное заведение или, по крайней мере, умерят свой пыл в борьбе с католиками.
В феврале 1637 г. Петр Могила встретился с Исайей Копинским в Луцке, и они вроде бы помирились. Копинский официально признал Петра Могилу митрополитом и отказался от всех своих обвинений в его адрес. Однако примирение длилось недолго, уже в апреле противостояние продолжилось. Копинский подал жалобу на Могилу королю, а в 1638 г. из Полесья писал своим сторонникам в Лубенский и Густынский монастыри: «Митрополит Петр Могила от веры христианской ныне отпал, и благословлен от Папы Римского ныне в великой пост в патриархи… А присягал де он, Петр Могила, королю и всем панам радным (членам совета) и арцыбис-купам ляцким (архиепископам польским), что ему христианскую веру ученьем своим попрать и уставить всю службу церковную по повеленью Папы Римского римскую веру, и церкви христианские во всех польских и литовских городах превратить на костелы ляцкие, и книги русские все вывесть… Быть де в Киевском Печерском монастыре ляцким монахам бернардинцам, а в Никольском Киевском монастыре быть приговорено ляцким василианам, а в Михайловском монастыре быть доминиканцам (Орден святого Бернарда, Орден святого Доминика — католические монашеские Ордена; Орден святого Василия — униатский монашеский орден)».
Отсутствие единства среди православных церковных иерархов приводило к тому, что наступление на религиозные и национальные права украинцев и белорусов в Речи Посполитой не прекращалось. Если после легализации Православной церкви в 1633 г. положение униатов осложнилось, захваченные ими раньше православные соборы и монастыри возвращались законному хозяину, а верующие начинают переходить или в католичество, или в православие, или становятся протестантами, то положение Католической церкви укреплялось. По данным Гийома Левассера де Боплана (ок. 1595–1685) в 40-х годах XVII в. в Киеве у православных было около десяти храмов, в том числе Богоявленский Братский монастырь (в то время Киево-Печерский монастырь находился за пределами города). А у католиков в Киеве были: один кафедральный костел святого Николая в городском замке (чтобы его построить, по приказу киевского воеводы Яна Тышкевича снесли православную церковь) и три монастыря — Доминиканский, Бернардинский и Иезуитский. В 1635 г. король Владислав IV передал иезуитам Спасский монастырь в Новгород-Северске (Черниговская область Украины), на границе с Россией. Как свидетельствует «Летопись Самовидца» (начало XVIII в.): «Уже на Украине что ни городок, то костел стоит». Продолжался и переход православных магнатов и шляхты из православия в католицизм. Как писал тот же «Самовидец»: «Самые горькие насмешки и утеснения терпел народ русский от тех, кто из русской (православной) веры перешел в римскую (католическую) веру».
Характерным примером отступничества от православия может служить двоюродный племянник митрополита Петра Могилы князь Иеремия (Ярема) Вишневецкий (1612–1651) — сын православных родителей Михаила Вишневецкого и Раины (Ирины) Могилянки. Он учился в иезуитском коллегиуме во Львове, изучал военное дело в Италии, Голландии и Испании. По преданию мать перед смертью взяла с Иеремии клятву, что он не отступится от православной веры. Клятву сын не сдержал. В 1631 г., под влиянием иезуитов, принял католичество и начал строить в своих владениях католические костелы (в Прилуках, Ромнах, Лубнах, Белом Камне, Лохвице, Мошнах). С началом Национально-освободительной войны (1648–1657 гг.) перешел со своим отрядом на Правобережную Украину, где провел несколько карательных экспедиций против местного населения. Как писали современники, «жестокостью своей превосходил вместе взятых поляков, турок и татар». В 1649 г. возглавил магнатские круги, которые требовали жестокой расправы над восставшими. Получил славу первого героя панской Польши, а украинский народ заклеймил его жестокость и изуверство в своих думах и исторических песнях. Умер от дизентерии во время военного похода на Украину летом 1651 г. (по другим данным, был отравлен).
Во второй половине 30-х гг. XVII в. по инициативе правительства Речи Посполитой началась подготовка к принятию новой унии. В 1635 г. подольский воевода и киевский каштелян князь Адам Александр Сангушко (ок. 1590–1653) обратился к римскому папе с проектом примирения Православной и Униатской церквей путем создания «Киевского (Русского) патриархата» с непосредственным подчинением Риму Некоторые исследователи считают, что этот проект поддерживал и Петр Могила, которому предлагали должность патриарха. Другие уточняют, что новый патриархат создавался под эгидой римского папы в противовес Московскому патриархату и должен был перетянуть на свою сторону его сторонников. Третьи считают, что создаваемый патриархат должен был иметь двойное подчинение, как и прежде, Константинопольскому патриарху и римскому папе. Однако это только версии, никаких документальных подтверждений, что в этих проектах лично принимал участие митрополит Петр Могила, нет.