По убеждению благочестивой Пульхерии, Феодосий отправил в Иерусалим много денег для раздачи бедным и золотой крест с дорогими каменьями для водружения его на лобном месте. Признательный архиепископ послал царю правую руку архидиакона Стефана. Когда мощи были в Халкидоне, Первомученик является во сне Пульхерии и говорит: «Вот, молитва твоя услышана, и я уже в Халкидоне». Царевна и царь вышли навстречу мощам, и Пульхерия построила в столице великолепный храм Первомученику, где и положены были мощи его.
Сколько Патриарх Несторий ни был силен связями своими с вельможами империи, как ни ловко действовал он для своей пользы, в 431 году составился в Ефесе Вселенский Собор; долго длился Собор по интригам защитников Нестория; Феодосий вовлекаем был в распоряжения несправедливые: но учение Нестория осуждено было как ересь, и Несторий сослан в заточение. Защитой Православия служила благочестивая и умная Пульхерия.
Блаженная отдала почесть великому святителю Златоусту: мощи его (в 438 г.) перенесены были из заточения и торжественно положены были в столице, в храме Апостолов.
В следующем году землетрясение долго держало в ужасе столицу. За 20 дней до Пасхи совершали общественное моление: царь, царевна и Патриарх шли пешие по городу. Пением ангельской песни «Святый Боже» прекращено бедствие, и песнь введена в общественное и частное Богослужение.
В 444 году Пульхерия похоронила сестру свою Аркадию, сохранившую, по ее убеждению, девство до гроба.
При дворе место Анфима занял евнух Хризаф, которого все достоинство состояло в том, что, великан телом, был довольно способный полководец, иначе — это был человек без всяких правил и жадный до денег. Пульхерия останавливала Хризафа в его дурных делах. Хризаф возбудил в Евдокии зависть к власти Пульхерии. Евдокия и Хризаф стали действовать заодно против Пульхерии. Феодосий, добрый, но слабый и недальновидный, сперва не принимал участия в их плане, но потом был вовлечен в него. Он потребовал, чтобы Константинопольский Патриарх Флавиан посвятил Пульхерию в диакониссы. Святитель объявил, что он не может посвящать никого против его воли, да и счастье империи требует совсем другого. Император упорно настаивал на своем требовании. Св. Флавиан отвечал, что он явится ко двору в другое время. Он поспешил дать знать Пульхерии о злостных замыслах врагов ее. Она решилась удалиться в уединение и в 447 году удалилась от двора. В империи и в церкви по воле Хризафа начались дела одни других страшнее. Против Флавиана поднято гонение. Евтихий–еретик стал любимцем двора. Диодор и евтихиане стали производить злодейские насилия. На Ефесском Соборе 449 г. Флавиан был удавлен. Ересь Евтихия явилась под защитой императора. Хризаф злодействовал в империи, грабил и убивал.
Блаженная Пульхерия благодарила Бога за свою уединенную жизнь. Она не хотела и думать ни о неблагодарности Евдокии, которая всем ей должна, ни о непризнательности слабого брата, а еще менее думала о низком Хризафе. Она хотела забыть все и быть забытой всеми, занималась только молитвой, чтением книг, полезных для души, и подвигами покаяния.
Между тем бедствия увеличивались со дня на день. В разных частях империи поднимались волнения народа. Пульхерия видела это с глубокой скорбью. Ей тяжело было, что добрый брат ее завлечен в участие дел страшных. Она решилась попытаться помочь империи и церкви.
Явясь ко двору, просила она у императора дозволения видеться с ним. Ей не отказали. Тогда открыла она- глаза брату на состояние дел. Он с ужасом увидел бездну, на краю которой поставили его. Хризаф сослан был на остров и там по суду наказан смертью за свои злодейства. Евдокия, чувствуя свои грехи, с дозволения императора, отправилась на поклонение в Иерусалим. Пульхерия снова приняла участие в управлении империей. В 449 г. умерла девой сестра Пульхерии Марина, а в следующем году скончался император Феодосий.