Высказанные Меноккио воззрения на проблемы церковной жизни и религии недвусмысленно изобличают его довольно хорошее, хотя и без всякого порядка осуществленное, знакомство с разного рода реформационными учениями и идеями склонных к религиозному вольнодумству гуманистов, имевшими хождение в образованных слоях итальянского общества. Близость Меноккио к неортодоксальным, с точки зрения католической веры, религиозным течениям была вполне угадана его слушателями, которые, по словам одного из них, «говорят, что он из последышей Лютера». Конечно, в первую очередь, к лютеранству его современники должны были возвести критику папства и церковных властей, обращение к Библии в переводе на итальянский язык, экземпляр которой он хранил у себя, отказ от почитания священных образов и реликвий. На самом же деле Меноккио держался взглядов, гораздо более радикальных, чем могла допустить приверженность лютеранскому вероучению. Он не признавал, например, все таинства, видел в них «барышничество», уловку духовенства, с помощью которой оно эксплуатирует народ, обогащаясь за его счет. Вполне логично и то, что, отвергая в числе прочих и таинство священства, он признавал право быть священником за каждым, кто учился, поскольку, как он утверждал, «дух божий есть во всех людях». Он проповедовал идею церкви, не имеющей привилегий и богатств, не отделенной от верующих; смысл религии, по Меноккио, не в следовании определенным, строго установленным догматам, но в вере в Бога, в добродетельной жизни и любви к ближнему. Не считаясь ни с какими вероисповедными различиями, он подчеркивал близость всех людей к Богу, возможность каждого из них, будь то «христианин, еретик, турок, иудей», обрести спасение. Уникальность христианства, таким образом, стирается в провозглашенном равенстве всех вер, в безразличии к их культовой стороне.
Сам Меноккио считал себя христианином и желал таковым оставаться, но только потому, что христианство — вера его предков. Не признавая христианство единственно истинной религией, он очень вольно обращался с его догматикой, видел в Христе «одного из божьих детей», ибо «все мы дети и того же свойства, что и распятый», который «родился от Иосифа и Марии-девы». Таким образом, оказывается, что Христос — всего лишь человек, отличающийся от других людей разве что своей праведностью и святой жизнью. Акцент на моральной стороне религии («он... говорил, что верит только в добрые дела», — сказано в свидетельском показании), отрицание важности для дела спасения следования определенной догматике и принятым церковным установлениям вполне закономерно приводили Меноккио либо к отвержению Священного Писания как еще одного поповского средства обманывать людей, либо к мысли о том, что божественное откровение, выраженное в кратких словах, замутнено в Писании последующими добавлениями людей.
Не стоит спешить с утверждением, будто «взгляды Меноккио не образовывали какой-либо системы»*. В них есть последовательность, очень напоминающая логику, свойственную учению анабаптистов и других родственных им радикальных течений Реформации. Гинзбург не мог не заметить и не подчеркнуть эту близость взглядов Меноккио к позициям анабаптистов, которые также, как и он, настаивали на простоте слова Божьего, на неприемлемости культовых изображений, церемоний и таинств, не признавали Христа Богом, настаивали на преимуществе практической религиозности и дел благочестия перед чистой верой, обличали недопустимую роскошь церковной жизни, проповедовали веротерпимость. В данной связи Гинзбург ссылается на исследования, показывающие распространение анабаптизма в Венецианской области, в частности, во Фриули, и допускает, что Меноккио, который начал проповедовать свои мысли задолго до первого ареста, вполне мог в молодые годы поддерживать контакт с одной из анабаптистских групп. И все же Гинзбург отказывается отнести этого мельника-«еретика» к числу анабаптистов, ссылаясь, в частности, на то, что для них, почитавших единственным источником истины только Священное Писание, была неприемлема та разнородность текстов, на которые он ссылался, объясняя свои религиозные идеи, немыслимы какие-либо положительные высказывания о папе, о мессе, об индульгенциях, звучавшие из уст Меноккио. Действительно, Меноккио не был анабаптистом в том смысле, что он не принадлежал к их церковной (или, если угодно, сектантской) организации и не держался строго и точно всех их взглядов. Однако Гинзбург идет еще дальше и считает, что и своим происхождением религиозные идеи Меноккио обязаны не этому движению и вообще не Реформации, а некоему «вполне независимому течению крестьянского радикализма, которое много старше Реформации и которое бури этой эпохи лишь вынесли на поверхность». Именно к нему, укорененному в «прочной традиции народной культуры», итальянский исследователь стремился возвести весь круг представлений фриульского мельника, не только религиозных, но и социально-политических, натурфилософских, космогонических. Следует, однако, сказать, что эта связь идей Меноккио с глубинными установками народного сознания в работе Гинзбурга в большей мере утверждается, нежели аргументируется, в частности, материалами источников.