Od 1935 do 1937 roku był sekretarzem Departamentu Morskiego Ministerstwa Przemysłu i Handlu, a w latach 1937-1939 pierwszym kapitanem portu w nowo wybudowanym porcie we Władysławowie. Od wybuchu wojny do 1945 roku przebywał w niewoli hitlerowskiej w obozie Woldenberg. Od wyzwolenia do 1950 roku był organizatorem Departamentu Morskiego Ministerstwa Przemysłu i Handlu, a następnie Ministerstwa Żeglugi - jako naczelnik Wydziału Żeglugi oraz doradca żeglugowy. W 1948 roku - w roli przewodniczącego polskiej delegacji - wziął udział w Międzynarodowej Konferencji w Sprawie Bezpieczeństwa Życia na Morzu w Londynie. W latach 1950-1953 pełnił funkcję kierownika nauk na „Darze Pomorza” oraz kapitana żaglowca szkolnego,Janek Krasicki”. Od 1953 do 1957 roku był naczelnikiem Wydziału Portów w Urzędzie Morskim, a następnie - do 1961 roku - dyrektorem Szkoły Rybołówstwa Morskiego w Gdyni. Od 1961 do 1969 roku pływał jako kapitan na statkach Polskiej Żeglugi Morskiej.
Pomimo odejścia na własną prośbę na emeryturę pracuje na półetacie jako zastępca głównego nawigatora w PŻM, zastępując po kilka miesięcy kapitanów na statkach PŻM, w szczególności na dużych zbiornikowcach. Opracowuje jednocześnie program szkolenia załóg na zbiornikowcach. Jest również autorem książki „Zbiornikowce i ich eksploatacja”.
Bukiet
Podczas sztormowej pogody na Morzu Północnym fale piętrzyły się nad dziobem naszego transatlantyka „Kościuszko” i okryte białą pianą przetaczały przez jego pokład dziobowy. W przeciwieństwie do naszych dwóch innych transatlantyków - „Polonii” i „Pułaskiego” - „Kościuszko” miał nieprzerwany pokład od dziobu do rufy. Drugą właściwością „Kościuszki” była zdolność, z jaką unikał zalania dziobu, nawet na dużych falach oceanicznych.
Właściwość tę wykorzystał w sposób osobliwy kapitan Eustazy Borkowski, by zaćmić kapitanów dwóch tamtych transatlantyków, Mamerta Stankiewicz i Zdenka Knoetgena, oraz wszystkich innych kapitanów na świecie - jako jedyny w tym zawodzie ZAKLINACZ FAL. Po długich „studiach” nad zachowaniem się „Kościuszki” na fali doszedł do doskonałości w ocenie, która fala i kiedy przewali się przez dziób, a która nie wejdzie. Obliczył także czas, w którym można bez obawy przejść przez pokład od nadbudówki salonu i mostku do przedniego masztu oraz wrócić „suchą stopą” - pomimo sztormu i fali.
Przy sprzyjającej, słonecznej pogodzie, z wiatrem i falą z dziobu, kapitan Eustazy przyprowadzał pasażerów w zaciszne miejsce za nadbudówką, jako wyjściowe na dziób, i po krótkim zaznajomieniu pasażerów - ściślej mówiąc: pasażerek - ze swoim DAREM ZAKLINANIA FAL, proponował sprawdzenie skuteczności jego zaklęć. W tym celu należało z pełnym zaufaniem wziąć go pod rękę i udać się na przechadzkę po zalewanym przed chwilą falami pokładzie. Pań nie dosięgała ani jedna kropla wody!
Ściskając ramieniem rękę przepełnionej wiarą w jego czarodziejstwo pasażerki, ruszał z nią w wyliczonym przez siebie momencie w kierunku dziobu i piętrzących się nad nim fal. Wysoko wznosił swą prawicę, jak gdyby błogosławił wzburzone fale, głośno mówiąc: CICHO, MATKA MORZE! CICHO, MATKA MORZE! CICHO, MATKA MORZE! To trzykrotnie wymawiane zaklęcie służyło mu do obliczenia momentu, w którym trzeba było wyruszyć do obranego punktu przy maszcie. Uroczyście i bardzo wolno, jak gdyby kroczył w procesji, prowadził nieprzytomną z podziwu dla niego damę po pokładzie, przez który przed chwilą przeszła szalejąca fala.
Nie dające się opisać zachwyty i zdumienie pasażerów objawiały się najpierw zbiorowym westchnieniem ulgi, gdy kapitan, trzymając pod rękę panią nawet nie muśniętą bryzgami fali, odprowadzał ją, jak gdyby była królową, ku początkowi WYCZAROWANEJ przez niego podróży. Największy jednak entuzjazm wybuchał wówczas, gdy olbrzymia fala hucząc wchodziła na pokład, zalewając „nie wystygłe” jeszcze ślady stóp TAKIEGO KAPITANA i wyznawczyni jego czarodziejskiej mocy.
W 1936 roku do służby na linii Europa - Nowy Jork w dniu 18 maja wszedł siostrzany statek „Piłsudskiego” - motorowiec „Batory”. Sława zaklinacza fal na „Kościuszce”, spotęgowana legenda, otoczyła kapitana Eustazego również na „Batorym”, gdzie znalazły się osoby, które miały już za sobą kilka podróży na „Kościuszce” pod jego dowództwem,
W końcu maja wszedł do służby na tej linii największy statek zbudowany przez Anglików, RMS „Queen Mary”.
Na „Batorym” tematem nieustających rozmów wśród pasażerów były nowoczesne statki pasażerskie, których „wielkość” łączono z „wielkością” kapitana Eustazego. Pomimo całej dumy narodowej z posiadania dwóch najbardziej nowoczesnych statków, „Piłsudskiego” i „Batorego”, uważali oni, że sprawią Eustazemu wielką przyjemność, jeżeli uznają go za jedynie godnego dowodzenia takimi statkami, jak „Ojieen Mary”. Jednocześnie dzielono się wyczytanymi wiadomościami o największych transatlantykach. I tak na przykład wysokość „Queen Mary” oceniano w zestawieniu ze Statuą Wolności w Nowym Jorku... Mostek „Queen Mary” był na wysokości jej wyciągniętej ręki. Przez każdy z kominów mogły przejść, idąc równolegle, TRZY NAJWIĘKSZE LOKOMOTYWY angielskie. Trzysta tysięcy robotników było zatrudnionych przy budowie przyszłej „Queen Mary”. Dla dobrania odpowiedniego kształtu do rejsów przez Północny Atlantyk, wykonano przeszło siedem tysięcy eksperymentów z mnóstwem modeli. Każdy z nich w basenach doświadczalnych przebył tysiąc mil. Dla sprawnej obsługi dwóch tysięcy pasażerów i tysiąca pięćdziesięciu ludzi załogi, dla szybkiego ich przerzucania przez 11 pokładów było 11 wind. Każda kotwica tego olbrzyma ważyła 16 ton. Największe, jakie dotychczas skonstruowano. Prędkość 28 węzłów.
Chętnie widziano by kapitana Eustazego jako dowódcę „Normandie”, a to z powodu zdobycia przez nią Błękitnej Wstęgi Oceanu. Największa prędkość, jaką statek osiągnął, wynosiła 31,37 węzłów. Z Southampton do Nowego Jorku przeciętna wynosiła 29,53. W drodze do Europy - 30,34. „Normandie” mogła zaokrętować łącznie 3317 pasażerów i 1345 członków załogi. Ze względów bezpieczeństwa podzielona była na wodoszczelne przedziały, z których 32 było zamykanych hydraulicznie, a 29 ręcznie. Prędkość zawdzięczała swym 160 tysiącom koni mechanicznych. Ton rejestrowych liczyła 79 283; miała 12 pokładów, by nie mówić już o luksusie i pięknej dekoracji sal. Wodowana była 29 października 1932 roku.